Klasifikace rostlin

Klasifikace rostlin (Archeaplastida), zejména nižších zelených rostlin („zelených řas“) prošla v posledních desetiletích, podobně jako klasifikace nadřazené úrovně Eukaryota, důkladnou revizí na základě fylogenetických studií, které pomohly odhalit vzájemné příbuzenské vztahy jednotlivých taxonů.

Změnilo se vymezení tradiční rostlinné říše (sinice byly přeřazeny do domény Bacteria, většina „barevných řas“ byla přeřazena do říše Chromista, krásnoočka do říše Excavata).

Do rostlin patří dle současných představ 3 hlavní vývojové linie – glaukofyty, ruduchy a zelené rostliny. Recentní ruduchy pak mají dvě vývojové větve – Cyanidiophyta a Rhodophyta v užším smyslu. Zelené rostliny mají taktéž dvě vývojové větve, z nichž jedna je tvořena pouze zelenými řasami (Chlorophyta), zatímco do druhé (Streptophyta) spadají vedle řas i vyšší rostliny. V roce 2019 byla objevena nepočetná čtvrtá základní, ruduchám blízká, vývojová linie – Rhodelphidia, tvořená volně pohyblivými jednobuněčnými predátory, kteří ztratili schopnost fotosyntézy.

České názvosloví je založené na databázi BioLib.[1]; k většině taxonů mořských řas však z pochopitelných důvodů nepotřebnosti české ekvivalenty chybějí.

SystémEditovat

Níže uvedený systém dobře navazuje např. na uznávané systémy eukaryot (a protože obsahuje aspoň ve své části i taxonomické úrovně, vhodně rozšiřuje například Systém dle Cavaliera-Smithe).

Říše: PLANTAE=ARCHAEPLASTIDA[pozn. 1]

  • Podříše: Glaucophyta=Glaucocystophyta – glaukofyty (někdy též „modrozelené řasy“)
  • Podříše: Rhodophytaruduchy (zastarale „červené řasy“)
  • Podříše: Viridiplantae=Chloroplastidazelené rostliny
  • Kmen: Rhodelphidia

Glaucophyta jsou nepočetnou skupinou (3 rody: Cyanophora, Glaucocystis, Gloeochaete) nevyžadující podrobné členění. Rhodelphidia mají pouze jediný rod Rhodelphis; jakožto predátoři bez schopnosti fotosyntézy se zpravidla klasifikují jako samostatný protistní kmen). Ruduchy již mají poměrně ustálený systém, představený v jim věnovaném článku. Dříve byly glaukofyty a ruduchy řazeny do společné podříše Biliphyta, molekulární analýzy však ukázaly bližší příbuznost ruduch a zelených rostlin, a proto přestal být taxon Biliphyta v tomto smyslu používán.[pozn. 2]

Tento článek se proto soustředí na zelené rostliny, a to zejména na jejich fylogenetický základ – tedy tzv. „nižší rostliny“. Dvě fylogenetické větve zelených rostlin — Chlorophyta a Streptophyta — jsou v tomto systému označené jako infraříše. Systematika řas byla tradičně zkoumána odděleně od systematiky vyšších rostlin (o čemž svědčí i odlišné přípony názvů tříd a podtříd), což v současnosti přináší jisté problémy v návaznosti obou klasifikací, má-li se důsledně dodržovat hledisko fylogenetického původu a příbuznosti. Klasifikace vyšších rostlin je proto pouze naznačena a podrobné zpracování ponecháno na samostatných článcích.

RuduchyEditovat

Jeden z používaných systémů, podle Saunderse, drobně aktualizovaný:[3][4][5]

„Zelené řasy“Editovat

Následující systém zelených řas včetně naznačené návaznosti vyšších rostlin je zpracován podle databáze AlgaeBase[6], která je odborníky na fykologii průběžně aktualizována a proto odráží současné poznatky o příbuznosti jednotlivých skupin. Zatím v systému přetrvává parafyletická třída Prasinophyceae.

Jsou zohledněny i některé nově definované taxony, do databáze dosud nezahrnuté.[7] Systém tak odráží stav aktuální přibližně k začátku roku 2013 s některými aktualizacemi k r. 2016 (s řádkovými referencemi).

  • Infraříše/kmen: Chlorophyta
    • Třída: Bryopsidophyceae
      • Řád: Bryopsidales
        • Čeledi: Bryopsidaceae, Caulerpaceae, Chaetosiphonaceae, Codiaceae, Derbesiaceae, Dichotomosiphonaceae, Halimedaceae, Ostreobiaceae, Pseudocodiaceae, Rhipiliaceae, Udoteaceae
    • Třída: Dasycladophyceae
      • Řád: Dasycladales
        • Čeledi: Dasycladaceae, Polyphysaceae
    • Třída: Pedinophyceae
      • Řád: Pedinomonadales
        • Čeleď: Pedinomonadaceae
      • Řád: Scourfieldiales
        • Čeleď: Scourfieldiaceae
    • Třída: Pleurastrophyceae
      • Řád: Pleurastrales
        • Čeleď: Pleurastraceae
    • Podkmen: Prasinophytina
      • Třída: Chloropicophyceae[8]
        • Řád: Chloropicales
          • Čeleď: Chloropicaceae
      • Třída: Mamiellophyceae
        • Řád: Dolichomastigales
          • Čeledi: Crustomastigaceae, Dolichomastigaceae
        • Řád: Mamiellales
          • Čeledi: Bathycoccaceae, Mamiellaceae
        • Řád: Monomastigales
          • Čeleď: Monomastigaceae
      • Třída: Nephroselmidophyceae
        • Řád: Nephroselmidales
          • Čeleď: Nephroselmidaceae
      • Třída: Palmophyllophyceae[9]
        • Řád: Palmophyllales
          • Čeleď: Palmophyllaceae
        • Řád: Prasinococcales
          • Čeleď: Prasinococcaceae
      • Třída: (Prasinophyceae)
        • Řád: Pseudoscourfieldiales
          • Čeleď: Pycnococcaceae
        • Řád: Pyramimonadales
          • Čeledi: Polyblepharidaceae, Pterospermataceae, Pyramimonadaceae
        • incertae sedis Prasinophyceae
          • Čeleď: Pterosphaeridiaceae
      • Třída: Picocystophyceae[8]
        • Řád: Picocystales
          • Čeleď: Picocystaceae
    • Podkmen: Tetraphytina
      • Třída: Chlorodendrophyceae
        • Řád: Chlorodendrales
          • Čeledi: Chlorodendraceae, Halosphaeraceae
      • Třída: Chlorophyceaezelenivky
        • Řád: Chaetopeltidales
          • Čeleď: Chaetopeltidaceae
        • Řád: Chaetophorales
          • Čeledi: Aphanochaetaceae, Barrancaceae[10], Chaetophoraceae, Schizomeridaceae, Uronemataceae[10]
        • Řád: Chlamydomonadales
          • Čeledi: Chlamydomonadaceae, Haematococcaceae
        • Řád: Chlorococcales
          • Čeledi: Actinochloridaceae, Characiosiphonaceae, Chlorochytriaceae, Chlorococcaceae, Coccomyxaceae, Cylindrocapsaceae, Dictyosphaeriaceae, Endosphaeraceae, Golenkiniaceae, Hormotilaceae, Hypnomonadaceae, Micractiniaceae, Nautococcaceae, Protosiphonaceae, Rhopalosolenaceae, Scotiellocystoidaceae, Sorastraceae, Sphaerodictyaceae, Sphaeropleaceae, Treubariaceae
        • Řád: Dunaliellales
          • Čeledi: Asteromonadaceae, Dunaliellaceae, Raciborskiellaceae
        • Řád: Microsporales
          • Čeleď: Microsporaceae
        • Řád: Oedogoniales
          • Čeleď: Oedogoniaceae
        • Řád: Sphaeropleales
          • Čeledi: Ankistrodesmaceae, Bracteacoccaceae, Characiaceae, Chlorosarcinaceae, Hydrodictyaceae, Neochloridaceae, Radiococcaceae, Scenedesmaceae, Selenastraceae
        • Řád: Tetrasporales
          • Čeledi: Characiochloridaceae, Chlorangiellaceae, Gloeocystaceae, Gloeodendraceae, Palmellaceae, Palmellopsidaceae, Sphaerocystidaceae, Tetrasporaceae
        • Řád: Volvocales
          • Čeledi: Carteriaceae, Dangeardinellaceae, Goniaceae, Phacotaceae, Spondylomoraceae, Tetrabaenaceae, Volvocaceae
        • incertae sedis Chlorophyceae
          • Čeledi: Chlorangiopsidaceae, Tetracystaceae
      • Třída: Siphonocladophyceae
        • Řád: Siphonocladales
          • Čeledi: Boodleaceae, Siphonocladaceae, Valoniaceae
      • Třída: Trebouxiophyceae
        • Řád: Chlorellales
          • Čeledi: Chlorellaceae, Ctenocladaceae, Eremosphaeraceae, Leptosiraceae, Oocystaceae
        • Řád: Ctenocladales
          • Čeleď: Ctenocladaceae
        • Řád: Microthamniales
          • Čeleď: Microthamniaceae
        • Řád: Prasiolales
          • Čeledi: Koliellaceae, Prasiolaceae
        • Řád: Trebouxiales
          • Čeledi: Botryococcaceae, Choricystidaceae, Trebouxiaceae
      • Třída: Ulvophyceae
        • Řád: Cladophorales
          • Čeledi: Anadyomenaceae, Cladophoraceae, Okellyaceae, Pithophoraceae, Pseudocladophoraceae, Wittrockiellaceae
        • Řád: Oltmannsiellopsidales
          • Čeleď: Oltmannsiellopsidaceae
        • Řád: Scotinosphaerales[7]
          • Čeleď: Scotinosphaeraceae
        • Řád: Trentepohliales
          • Čeleď: Trentepohliaceae
        • Řád: Ulotrichales
          • Čeledi: Borodinellaceae, Chlorocystidaceae, Collinsiellaceae, Gayraliaceae, Gloeotilaceae, Gomontiaceae, Ulotrichaceae
        • Řád: Ulvales
          • Čeledi: Bolbocoleonaceae, Capsosiphonaceae, Cloniophoraceae, Jaoaceae, Kornmanniaceae, Phaeophilaceae, Ulvaceae, Ulvellaceae
  • Infraříše: Streptophyta[pozn. 3]
    • Kmen: Charophyta
      • Třída: Charophyceae
        • Řád: Charales – parožnatky
          • Čeledi: Aclistocharaceae, Characeae, Clavatoraceae, Porocharaceae
      • Třída: Coleochaetophyceae
        • Řád: Coleochaetales
        • Čeleď: Coleochaetaceae
      • Třída: Klebsormidiophyceae
        • Řád: Klebsormidiales
          • Čeledi: Elakatotrichaceae, Klebsormidiaceae
      • Třída: Mesostigmatophyceae
        • Řád: Chaetosphaeridiales
          • Čeleď: Chaetosphaeridiaceae
        • Řád: Mesostigmatales
          • Čeleď: Mesostigmataceae
      • Třída: Zygnematophyceaespájivky
        • Řád: Desmidiales
          • Čeledi: Closteriaceae, Desmidiaceae, Gonatozygaceae, Peniaceae
        • Řád: Zygnematales
          • Čeledi: Mesotaeniaceae, Zygnemataceae
    • Kmen: Embryophyta

Jiný alternativní přístup klasifikace, nepoužívající klasické taxonomické ranky, nabízí systém dle Adla a kol..

„Vyšší rostliny“Editovat

Podrobnější informace naleznete v článku Vyšší rostliny.

Členění vyšších rostlin není ustálené, co se týče biologických ranků. Zpravidla jsou jejich skupiny označovány jako oddělení – což je i případ wikipedie. U některých systémů se však systematika pokouší navázat na jiné botanické systémy, ve kterých již sama Embryophyta mají úroveň vyšší či, mnohem častěji, nižší. Příkladem může být snaha navázat systém krytosemenných rostlin APG III na nižší cévnaté rostliny: V návrhu Chase a Reveala je celá skupina odpovídající embryofytům postavena na úroveň třídy, pro kterou je navrženo jméno Equisetopsida, a tradiční oddělení mají úroveň podtříd.[12] Christenhusz a kol. v tomto smyslu rozpracovali a aktualizovali systém recentních kapraďorostů[13][14] a nahosemenných[15].


Následující přehled je proto úmyslně bez taxonomických ranků a jednotlivé skupiny uvádí pod jmény zakončenými tradiční příponou oddělení (-phyta), případně třídy (-opsida), pod kterými zpravidla vystupují v samostatných článcích wikipedie. Nadřazenost je vyjádřena pouhým odsazením. Závorkou vyznačené „tradiční“ skupiny v mnoha moderních systémech jako samostatné klasifikační úrovně nevystupují a fylogenetickou analýzou není dostatečně potvrzena jejich monofyletičnost či je dokonce naznačena jejich parafyletičnost.

Fylogenetické stromyEditovat

Pomocí fylogenetických stromů lze vhodně zobrazit současné představy o původu a příbuznosti jednotlivých linií rostlin. U recentních druhů pak mohou být podpořeny molekulárními analýzami jaderného a mitochondriálního genomu.

Navíc je v níže uvedených stromech naznačen původ sekundárních a terciárních plastidů v souladu s endosymbiotickou teorií.

Bazální větvení a ruduchyEditovat

Současné (začátek r. 2013) představy o fylogenetické příbuznosti základních rostlinných skupin[17] i ruduch[5][18] jsou poměrně ustálené:

Archaeplastida

Glaucophyta

ruduchy

Cyanidiophyceae

Compsopogonophyceae

Stylonematophyceae

Porphyridiophyceae

Rhodellophyceae

[19]

plastid chromist

Bangiophyceae

Florideophyceae

Hildenbrandiophycidae

Nemaliophycidae

Corallinophycidae

Ahnfeltiophycidae

Rhodymeniophycidae

zelené_rostliny

Některé novější analýzy naznačují, že by se uvnitř superskupiny Archaeplastida mohly odvětvovat skrytěnky a jim blízce příbuzná chromistní eukaryota.[20] Potvrzení takové hypotézy by si vyžádalo revizi nejen výše uvedeného schématu (ruduchy by pak mohly být bazální větví), ale i celého fylogenetického stromu kortikátní linie eukaryot.

Stromy zelených rostlinEditovat

Strom „nižších rostlin“Editovat

Nadále problematické zůstává bazální větvení skupiny Chlorophyta a dále korunových skupin u Streptophyta.[21][22][23] Na bázi chlorofyt se podle studie z r. 2016 pravděpodobně nejdříve odvětvuje třída Palmophyllophyceae.[9] Co se týká korunových streptofyt, i na základě rozsáhlých aktuálních fylogenetických analýz není dosud rozhodnuto, která ze skupin Coleochaetophyceae, Charophyceae a Zygnematophyceae je sesterskou k vyšším rostlinám.[21][23][24][25][26] Aktuální (počátek r. 2014) analýzy se stále větší robustností podporují hypotézu, podle které jsou sesterskou skupinou embryofyt Zygnematophyceae samotní nebo ve společném kladu s Coleochaetophyceae.[27][28]

Fylogenetické stromy ukazují nepřirozenost některých stále používaných taxonů. Např. z parafyletických prasinofyt (Prasinophytina) bylo již dříve vyčleněno několika linií, jako monofyletickou ji však nelze v molekulárních analýzách identifikovat ani v minimalizovaném rozsahu (Prasinophyceae = Prasinococcales + Pycnococcaceae + Pyramimonadales), uváděném např. v systému dle Adla a kol. Nové analýzy také ukazují na bazálnější postavení Chlorellales (tradičně v Trebouxiophyceae), možná jako sesterské skupiny Pedinophyceae.[29]

zelené_rostliny
Chlorophyta
Palmophyllophyceae

Palmophyllales

Prasinococcales

[21]

plastid krásnooček

Pyramimonadales

Mamiellophyceae

Monomastigales

Dolichomastigales

Mamiellales

Bathycoccaceae

Mamiellaceae

Nephroselmidophyceae

Pycnococcaceae

Picocystophyceae[8]

Chloropicophyceae[8]

(P)

Pedinophyceae

Chlorellales[29]

Chlorodendrophyceae

[21]

plastid obrněnek rodu Lepidodinium

Trebouxiophyceae[29]

klad Pleurastrosarcina

klad Prasiola (Pabia, Prasiola, Raphidonema, Rosenvingiella, Stichococcus)

klad Parietochloris

Microthamniales

klad Xylochloris (Leptosira, Xylochloris)

Trebouxiales

klad Lobosphaera

klad Choricystis (Botryococcus, Choricystis)

klad Elliptochloris (Coccomyxa, Elliptochloris, Paradoxia)

klad Watanebea (Dictyochloropsis, Wataneba)

klad Geminella (Geminella, Gloeotilopsis)

klad Oocystis (Oocystis, Planctonema)

Ulvophyceae

klad Ignatius (Ignatius, Pseudocharacium)

[21]

plastid chlorarachniofyt rodu Bigelowiella

Oltmannsiellopsidales

Scotinosphaerales

Ulotrichales

Ulvales + Bolbocoleon + Phaeophila

klad "BCDT"

Cladophorales + Blastophysa

Bryopsidales

Dayscladales

Trentepohliales

Chlorophyceae

Sphaeropleales

Chlamydomonadales

Chaetopeltidales

Chaetophorales

Oedogoniales

Streptophyta

Mesostigmatales

Chlorokybales

Klebsormidiophyceae

Phragmoplastophyta

Charophyceae

[28]

Coleochaetophyceae

Zygnematophyceae

Embryophyta

Strom „vyšších rostlin“Editovat

Současné (k r. 2020) představy o fylogenetickém stromu recentních vyšších rostlin lze zobrazit následovně:[30][31][32][33][34][35][36][37][38][39][40]

Embryophyta
mechorosty

Anthocerotophytahlevíky

Setaphyta
Bryophyta – mechy

Marchantiophytajátrovky

Tracheophyta

Lycopodiophytaplavuně

Euphyllophyta
Monilophyta

Equisetopsidapřesličky

Polypodiopsida – kapradiny

Spermatophyta
nahosemenné
Cycadales – cykasotvaré

Cycadaceaecykasovité

Zamiaceaekejákovité[pozn. 4]

Ginkgoalesjinanotvaré

Coniferophyta – jehličnany[pozn. 8]
Gnetales – liánovcotvaré

Ephedraceaechvojníkovité

Gnetaceaeliánovcovité

Welwitschiaceaewelwitschiovité

Pinales – borovicotvaré

Pinaceae - borovicovité

Cupressales – cypřišotvaré[pozn. 7]

Araucariaceaeblahočetovité

Podocarpaceaenohoplodovité

Sciadopityaceaepajehličníkovité

Cupressaceaecypřišovité[pozn. 5]

Taxaceaetisovité[pozn. 6]

krytosemenné

PoznámkyEditovat

  1. Plantae se mohou svým vymezením lišit; ve starších vymezeních obsahovala tato říše i fotosyntetizující chromisty a ještě dříve i houby a sinice, novější vymezení do nich zpravidla (na rozdíl od fylogeneticky přirozeně vymezených Archaeplastida) neřadí predátorská nefotosyntetizující Rhodelphidia.
  2. V současnosti se název Biliphyta někdy nevhodně používá jako synonymum pro nepočetnou skupinu chromistních mořských heterotrofních eukaryot Picozoa (dříve považovaných za autotrofní řasy a nazývaných Picobiliphyta či pouze Biliphyta).[2]
  3. V některých systémech, např. v systému dle Adla a kol., je tato infraříše nazývána Charophyta a termín Streptophyta je použit pro hypoteticky přirozenou skupinu tvořenou parožnatkami (Charales) a vyššími rostlinami (Embryophyta).[11]
  4. v širším smyslu včetně někdejší čeledi Stangeriaceae - stangeriovité
  5. v širším smyslu včetně někdejší čeledi tisovcovitých (Taxodiaceae)
  6. v širším smyslu včetně někdejší čeledi hlavotisovitých (Cephalotaxaceae)
  7. v širším smyslu včetně části někdejšího řádu Araucariales
  8. v širším smyslu včetně liánovcotvarých

ReferenceEditovat

  1. BioLib – Archaeplastida
  2. NOT, Fabrice; VALENTIN, Klaus; ROMARI, Khadidja, Connie Lovejoy, Ramon Massana, Kerstin Töbe, Daniel Vaulot, Linda K. Medlin. Picobiliphytes: A Marine Picoplanktonic Algal Group with Unknown Affinities to Other Eukaryotes. Science. 12. leden 2007, svazek 315, čís. 5809, s. 253–255. Dostupné online. ISSN 1095-9203. DOI:10.1126/science.1136264. (anglicky) 
  3. SAUNDERS, Gary W.; HOMMERSAND, Max H. Assessing red algal supraordinal diversity and taxonomy in the context of contemporary systematic data. S. 1494-1507. American Journal of Botany [online]. Říjen 2004 [cit. 2013-04-03]. Svazek 91, čís. 10, s. 1494-1507. Dostupné v archivu pořízeném dne 2009-12-05. PDF [1]. ISSN 1537-2197. (anglicky) 
  4. LE GALL, Line; SAUNDERS, Gary W. A nuclear phylogeny of the Florideophyceae (Rhodophyta) inferred from combined EF2, small subunit and large subunit ribosomal DNA: Establishing the new red algal subclass Corallinophycidae. Molecular Phylogenetics and Evolution. 26. listopad 2006, svazek 43, čís. 3, s. 1118-1130. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI:10.1016/j.ympev.2006.11.012. PMID 17197199. (anglicky) 
  5. a b Hwan Su Yoon, K. M. Müller, R. G. Sheath, F. D. Ott, D. Bhattacharya. Defining the major lineages of red algae (Rhodophyta). Journal of Phycology. 3. duben 2006, svazek 42, čís. 2, s. 482 - 492. Dostupné online [abstrakt, cit. 2010-01-21]. ISSN 0022-3646. DOI:10.1111/j.1529-8817.2006.00210.x. (anglicky) [nedostupný zdroj]
  6. AlgaeBase: Plantae
  7. a b ŠKALOUD, Pavel; KALINA, Tomáš; NEJMOVÁ, Katarína, De CLERK, Olivier; LELIAERT, Frederik. Morphology and phylogenetic position of the freshwater green microalgae Chlorochytrium (Chlorophyceae) and Scotinosphaera (Scotinosphaerales, ord. nov., Ulvophyceae). S. 115-129. Journal of Phycology [online]. 10. leden 2013. Svazek 49, čís. 1, s. 115-129. Dostupné online. PDF [2]. ISSN 1529-8817. DOI:10.1111/jpy.12021. (anglicky) 
  8. a b c d LOPES DOS SANTOS, Adriana; POLLINA, Thibaut; GOURVIL, Priscillia; CORRE, Erwan; MARIE, Dominique; GARRIDO, José Luis; RODRÍGUEZ, Francisco. Chloropicophyceae, a new class of picophytoplanktonic prasinophytes. Scientific Reports [online]. Springer Nature Limited, 2017-10-25, rev. 2020-04-17 [cit. 2021-03-10]. Svazek 7: 14019. Dostupné online. Dostupné také na: [3]. Dále dostupné na: [4]. ISSN 2045-2322. DOI:10.1038/s41598-017-12412-5. PMID 29070840. (anglicky) 
  9. a b LELIAERT, Frederik; TRONHOLM, Ana; LEMIEUX, Claude; TURMEL, Monique; DEPRIEST, Michael S.; BHATTACHARYA, Debashish; KAROL, Kenneth G., FREDERICQ, Suzanne; ZECHMAN, Frederick W.; LOPEZ-BAUTISTA, Juan M. Chloroplast phylogenomic analyses reveal the deepest-branching lineage of the Chlorophyta, Palmophyllophyceae class. nov.. S. 1-13. Scientific Reports [online]. 9. květen 2016. Svazek 6: 25367, s. 1-13. Dostupné online. PDF [5]. Dále dostupné na: [6]. ISSN 2045-2322. DOI:10.1038/srep25367. PMID 27157793. (anglicky) 
  10. a b CAISOVÁ, Lenka; REYES, Carolina Pérez; ÁLAMO, Virginia Cruz; QUINTANA, Antera Martel; SUREK, Barbara; MELKONIAN, Michael. Barrancaceae: A new green algal lineage with structural and behavioral adaptations to a fluctuating environment. S. 1482-1492. American Journal of Botany [online]. 7. září 2015 [cit. 2016-11-22]. Svazek 102, čís. 9, s. 1482-1492. Dostupné online. PDF [7]. ISSN 1537-2197. DOI:10.3732/ajb.1500199. PMID 26391710. (anglicky) 
  11. ADL, Sina M., et al. The Revised Classification of Eukaryotes. S. 429-514. Journal of Eukaryotic Microbiology [online]. 28. září 2012. Svazek 59, čís. 5, s. 429-514. Dostupné online. PDF [8]. ISSN 1550-7408. DOI:10.1111/j.1550-7408.2012.00644.x. PMID 23020233. (anglicky) 
  12. CHASE, Mark W.; REVEAL, James L. A phylogenetic classification of the land plants to accompany APG III. S. 122-127. Botanical Journal of the Linnean Society [online]. 8. říjen 2009. Svazek 161, čís. 2, s. 122-127. Dostupné online. ISSN 1095-8339. DOI:10.1111/j.1095-8339.2009.01002.x. (anglicky) 
  13. CHRISTENHUSZ, Maarten J. M.; ZHANG, Xian-Chun; SCHNEIDER, Harald. A linear sequence of extant families and genera of lycophytes and ferns. S. 7-54. Phytotaxa [online]. 18. únor 2011. Čís. 19 (speciální vydání Linear sequence, classification, synonymy, and bibliography of vascular plants: Lycophytes, ferns, gymnosperms and angiosperms, ISBN 9781869776510, editoři CHRISTENHUSZ, Maarten J. M., CHASE, Mark W., FAY, Michael F.), s. 7-54. Dostupné online. PDF [9]. ISSN 1179-3163. (anglicky) 
  14. CHRISTENHUSZ, Maarten J. M.; SCHNEIDER, Harald. Corrections to Phytotaxa 19: Linear sequence of lycophytes and ferns. S. 50-52. Phytotaxa [online]. 14. září 2011. Čís. 28, s. 50-52. Dostupné online. PDF [10]. ISSN 1179-3163. (anglicky) 
  15. CHRISTENHUSZ, Maarten J. M.; REVEAL, James L.; FARJON, Aljos, GARDNER, Martin F.; MILL, Robert R.; CHASE, Mark W. A new classification and linear sequence of extant gymnosperms. S. 55-70. Phytotaxa [online]. 18. únor 2011. Čís. 19 (speciální vydání Linear sequence, classification, synonymy, and bibliography of vascular plants: Lycophytes, ferns, gymnosperms and angiosperms, ISBN 9781869776510, editoři CHRISTENHUSZ, Maarten J. M., CHASE, Mark W., FAY, Michael F.), s. 55-70. Dostupné online. PDF [11]. ISSN 1179-3163. (anglicky) 
  16. MAARTEN J. M. CHRISTENHUSZ; MARK W. CHASE. Trends and concepts in fern classification. S. 571-594. Annals of Botany [online]. 13. únor 2014. Svazek 113, čís. 4, s. 571-594. Dostupné online. ISSN 1095-8290. DOI:10.1093/aob/mct299. (anglicky) 
  17. RODRÍGUEZ-EZPELETA, Naiara, Henner Brinkmann, Suzanne C. Burey, Béatrice Roure, Gertraud Burger, Wolfgang Löffelhardt, Hans J. Bohnert, Hervé Philippe, B. Franz Lang. Monophyly of Primary Photosynthetic Eukaryotes: Green Plants, Red Algae, and Glaucophytes. S. 1325–1330. Current Biology [online]. 26. červenec 2005. Svazek 15, čís. 14, s. 1325–1330. Dostupné online. htm [12]. PDF [13]. DOI:10.1016/j.cub.2005.06.040. PMID 16051178. (anglicky) 
  18. VERBRUGGEN, Heroen; MAGGS, Christine A.; SAUNDERS, Gary W., Line Le Gall, Hwan Su Yoon, Olivier De Clerck. Data mining approach identifies research priorities and data requirements for resolving the red algal tree of life. S. 1–40. BMC Evolutionary Biology [online]. 20. leden 2010. Svazek 10, čís. 16, s. 1–40. Dostupné online. PDF [14]. ISSN 1471-2148. DOI:10.1186/1471-2148-10-16. (anglicky) 
  19. HOEF-EMDEN, Kerstin; MARIN, Birger; MELKONIAN, Michael. Nuclear and Nucleomorph SSU rDNA Phylogeny in the Cryptophyta and the Evolution of Cryptophyte Diversity. S. 161-179. Journal of Molecular Evolution [online]. Srpen 2002. Svazek 55, čís. 2, s. 161-179. Dostupné online. ISSN 1432-1432. DOI:10.1007/s00239-002-2313-5. (anglicky) 
  20. BURKI, Fabien; KAPLAN, Maia; TIKHONENKOV, Denis V., ZLATOGURSKY, Vasily; MINH, Bui Quang; RADAYKINA, Liudmila V.; SMIRNOV, Alexey; MYLNIKOV, Alexander P.; KEELING, Patrick J. Untangling the early diversification of eukaryotes: a phylogenomic study of the evolutionary origins of Centrohelida, Haptophyta and Cryptista. Proceedings of the Royal Society B [online]. 27. leden 2016. Svazek 283, čís. 1823. Dostupné online. ISSN 1471-2954. DOI:10.1098/rspb.2015.2802. PMID 26817772. (anglicky) 
  21. a b c d e LELIAERT, Frederik; SMITH, David R.; MOREAU, Hervé, HERRON, Matthew D.; VERBRUGGEN, Heroen; DELWICHE, Charles F.; De CLERCK, Olivier. Phylogeny and molecular evolution of the green algae. S. 1-46. Critical Reviews in Plant Sciences [online]. 14. únor 2012. Svazek 31, s. 1-46. Dostupné online. PDF [15]. ISSN 1549-7836. DOI:10.1080/07352689.2011.615705. (anglicky) 
  22. LAURIN-LEMAY, Simon; BRINKMANN, Henner; PHILIPPE, Hervé. Origin of land plants revisited in the light of sequence contamination and missing data. S. R593-R594. Current Biology [online]. 7. srpen 2012. Svazek 22, čís. 15, s. R593-R594. Dostupné online. DOI:10.1016/j.cub.2012.06.013. PMID 22877776. (anglicky) 
  23. a b TIMME, Ruth E.; BACHVAROFF, Tsvetan R.; DELWICHE, Charles F. Broad Phylogenomic Sampling and the Sister Lineage of Land Plants. S. 1-8. PLoS ONE [online]. 13. leden 2012. Svazek 7, čís. 1: e29696, s. 1-8. Dostupné online. ISSN 1932-6203. DOI:10.1371/journal.pone.0029696. PMID 22253761. (anglicky) 
  24. FINET, Cédric; TIMME, Ruth E.; DELWICHE, Charles F., MARLÉTAZ, Ferdinand. Multigene Phylogeny of the Green Lineage Reveals the Origin and Diversification of Land Plants (Erratum). S. 1456-1457. Current Biology [online]. 7. srpen 2012. Svazek 22, čís. 15, s. 1456-1457. Dostupné online. PDF [16]. DOI:10.1016/j.cub.2012.07.021. PMID 21145743. (anglicky) 
  25. MARIN, Birger. Nested in the Chlorellales or Independent Class? Phylogeny and Classification of the Pedinophyceae (Viridiplantae) Revealed by Molecular Phylogenetic Analyses of Complete Nuclear and Plastid-encoded rRNA Operons. S. 778-805. Protist [online]. 20. prosinec 2011. Svazek 163, čís. 5, s. 778-805. Dostupné online. ISSN 1434-4610. DOI:10.1016/j.protis.2011.11.004. PMID 22192529. (anglicky) 
  26. TURMEL, Monique; OTIS, Christian; LEMIEUX, Claude. Tracing the Evolution of Streptophyte Algae and their Mitochondrial Genome. S. 1-43. Genome Biology and Evolution [online]. 10. září 2013. S. 1-43. Online před tiskem. Dostupné online. PDF [17]. ISSN 1759-6653. DOI:10.1093/gbe/evt135. PMID 24022472. (anglicky) 
  27. ZHONG, Bojian; Liang Liu; Zhen Yan, PENNY, David. Origin of land plants using the multispecies coalescent model. S. 492–495. Trends in Plant Science [online]. 24. květen 2013. Svazek 18, čís. 9, s. 492–495. Dostupné online. ISSN 1360-1385. DOI:10.1016/j.tplants.2013.04.009. PMID 23707196. (anglicky) 
  28. a b ZHONG, Bojian; Zhenxiang Xi; GOREMYKIN, Vadim V., FONG, Richard; McLENACHAN, Patricia A.; NOVIS, Philip M.; DAVIS, Charles C.; PENNY, David. Streptophyte Algae and the Origin of Land Plants Revisited Using Heterogeneous Models with Three New Algal Chloroplast Genomes. S. 177-183. Molecular Biology and Evolution [online]. 17. říjen 2013. Svazek 31, čís. 1, s. 177-183. Dostupné online. ISSN 1537-1719. DOI:10.1093/molbev/mst200. PMID 24136916. (anglicky) 
  29. a b c LEMIEUX, Claude; OTIS, Christian; TURMEL, Monique. Chloroplast phylogenomic analysis resolves deep-level relationships within the green algal class Trebouxiophyceae. S. 1-15. BMC Evolutionary Biology [online]. 1. říjen 2014. Svazek 14:211, s. 1-15. Dostupné online. PDF [18]. ISSN 1471-2148. DOI:10.1186/s12862-014-0211-2. (anglicky) 
  30. PALMER, Jeffrey D.; SOLTIS, Douglas E.; CHASE, Mark W. The plant tree of life: an overview and some points of view. S. 1437-1445. American Journal of Botany [online]. Říjen 2004. Svazek 91, čís. 10, s. 1437-1445. Dostupné online. ISSN 1537-2197. DOI:10.3732/ajb.91.10.1437. PMID 21652302. (anglicky) 
  31. WU, Chung-Shien; CHAW, Shu-Miaw; HUANG, Ya-Yi. Chloroplast Phylogenomics Indicates that Ginkgo biloba Is Sister to Cycads. S. 243–254. Genome Biology and Evolution [online]. 12. leden 2013. Svazek 5, čís. 1, s. 243–254. Dostupné online. PDF [19]. ISSN 1759-6653. DOI:10.1093/gbe/evt001. (anglicky) 
  32. HROUDA, Lubomír: Změny ve fylogenetické klasifikaci cévnatých rostlin. Dostupné online. BOTANY.cz, 21. srpen 2008
  33. Systematika vyšších rostlin. Stránka Katedry botaniky, Přírodovědecká fakulta Jihočeské Univerzity.
  34. ROTHFELS, Carl J.; LI, Fay-Wei; SIGE, Erin M.; HUIET, Layne; LARSSON, Anders; BURGE, Dylan O.; RUHSAM, Markus, DEYHOLOS, Michael; SOLTIS, Douglas E.; STEWART, C. Neal, Jr.; SHAW, Shane W.; POKORNY, Lisa; CHEN, Tao; DePAMPHILIS, Claude; DeGIRONIMO, Lisa; CHEN, Li; WEI, Xiaofeng; SUN, Xiao; KORA, Petra; STEVENSON, Dennis W.; GRAHAM, Sean W.; WONG, Gane K-S.; PRYER, Kathleen M. The evolutionary history of ferns inferred from 25 low-copy nuclear genes. S. 1089-1107. American Journal of Botany [online]. 16. červenec 2015. Svazek 102, čís. 7, s. 1089-1107. Dostupné online. ISSN 1537-2197. DOI:10.3732/ajb.1500089. (anglicky) 
  35. TESTO, Weston; SUNDUE, Michael. A 4000-species dataset provides new insight into the evolution of ferns. S. 200-211. Molecular Phylogenetics and Evolution [online]. 9. září 2016. Svazek 105, s. 200-211. Dostupné online. ISSN 1055-7903. DOI:10.1016/j.ympev.2016.09.003. (anglicky) 
  36. LEEBENS-MACK, James H.; BARKER, Michael S.; CARPENTER, Eric J., et al. (One Thousand Plant Transcriptomes Initiative). One thousand plant transcriptomes and the phylogenomics of green plants. S. 679–685. Nature [online]. Springer Nature Limited, 23. říjen 2019. Svazek 574, čís. 7780, s. 679–685. Dostupné online. Dostupné také na: [20]. Dále dostupné na: [21]. ISSN 1476-4687. DOI:10.1038/s41586-019-1693-2. PMID 31645766. (anglicky) 
  37. Setaphyta:A New Family Tree Given to Plants----Chinese Academy of Sciences. english.cas.cn [online]. [cit. 2020-09-03]. Dostupné online. 
  38. SCHNEIDER, Harald, et al. (The Pteridophyte Phylogeny Group). A community-derived classification for extant lycophytes and ferns. S. 563-603. Journal of Systematics and Evolution [online]. Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences & John Wiley & Sons, Inc., 7. listopad 2016 [cit. 2020-10-20]. Svazek 54, čís. 6, s. 563-603. Dostupné online. Dostupné také na: [22]. ISSN 1759-6831. DOI:10.1111/jse.12229. (anglicky) 
  39. COLE, Theodor C. H.; BACHELIER, Julien B.; HILGER, Hartmut H. Tracheophyte phylogeny poster - Vascular plants: systematics and characteristics. PeerJ Preprints [online]. 2019-02-21. Svazek 7: e2614v3. Dostupné online. Dostupné také na: [23]. DOI:10.7287/peerj.preprints.2614v3. (anglicky) 
  40. COLE, Theodor C. H.; HILGER, Hartmut H.; GOFFINET, Bernard. Bryophyte Phylogeny Poster (BPP). PeerJ Preprints [online]. 2019-05-24. Svazek 7: e27571v3. Dostupné online. Dostupné také na: [24]. DOI:10.7287/peerj.preprints.27571v3. (anglicky) 

Související článkyEditovat