Metagenomika

Metagenomika studuje genetický materiál získaný z různých prostředí. Zatímco mikrobiologie, sekvenování DNA a genomika používají ke studiu kultivované vzorky mikroorganismů, ukázalo se,  že izolace organismů silně podhodnocuje skutečnou mikrobiální diversitu.[1] Současné metagenomické studie používají anonymní sekvenování DNA izolované ze studovaného prostředí.[2] Protože metagenomika nachází nové sekvence DNA a jejich prostřednctvím dosud nepoznané druhy organismů, vytváří prostor pro nové objevy.[3] S klesající cenou sekvenace DNA se metagenomické postupy aplikují na nové oblasti.

Metagenomika studuje sekvenováním DNA společenství mikroorganismů přítomných v libovolném prostředí. Na obrázku odpadová voda z povrhových dolů jako jedno z možných prostředí ke studiu.

Vývoj metagenomiky podpořily doklady o tom, že dosud nekultivované mikroorganismy představují převládající organismy ve většině prostředí na Zemi. Důkazem jsou analýzy genových sekvencí ribozomální RNA přímo v prostředí. Jde o přístup, který není závislý na kultivaci a který vedl k objevu ohromujících nových vazeb mikrobního světa.[4]

OdkazyEditovat

ReferenceEditovat

V tomto článku byl použit překlad textu z článku Metagenomics na anglické Wikipedii.

  1. HUGENHOLZ, P; GOEBEL BM; PACE NR. Impact of Culture-Independent Studies on the Emerging Phylogenetic View of Bacterial Diversity. J. Bacteriol. 1 September 1998, s. 4765–74. PMID 9733676. (anglicky) 
  2. EISEN, JA. Environmental Shotgun Sequencing: Its Potential and Challenges for Studying the Hidden World of Microbes. PLoS Biology. 2007, s. e82. DOI:10.1371/journal.pbio.0050082. PMID 17355177. (anglicky) 
  3. MARCO, Diana, ed. Metagenomics: Current Innovations and Future Trends. Norfolk, UK: Caister Academic Press, 2011. 295 s. ISBN 978-1-904455-87-5. 
  4. SPÍŽEK, Jaroslav a NOVOTNÁ, Jitka. Potřebujeme nová antibiotika? Hledání nových látek a nových zásahových míst. Vesmír [online]. 2010, roč. 89, č. 3, s. 160. 11. 3. 2010 [cit. 30. 11. 2018]. Dostupné z: https://vesmir.cz/cz/casopis/archiv-casopisu/2010/cislo-3/potrebujeme-nova-antibiotika.html