}}</ref> V září 2019 však bylo Městským státním zastupitelstvím v Praze stíhání proti všem obviněným zastaveno. Podle zdůvodnění tohoto rozhodnutí farma v době podání žádosti splňovala podmínky dotace, tudíž k žádnému protiprávnímu jednání nedošlo.<ref name="zastavení stíhání" /> Nejvyšší státní zástupce [[Pavel Zeman]] byl však oprávněn rozhodnutí pražských státních zástupců zrušit a obnovit trestní stíhání, což v případě Andreje Babiše a další obviněné učinil.<ref name="obnovení stíhání" /> 9. ledna 2023 byli Andrej Babiš a Jana Nagyová Městským soudem v Praze zproštěni obžaloby, podle zdůvodnění při budování Farmy Čapí hnízdo k dotačnímu podvodu nedošlo.<ref>{{Citace elektronického periodika | titul = Nevinen. Andrej Babiš dotační podvod za 50 milionů nespáchal, vynesl verdikt soud | periodikum = Aktuálně.cz | datum_vydání = 2023-01-09 | url = https://zpravy.aktualne.cz/domaci/nevinen-andrej-babis-dotacni-podvod-za-50-milionu-nespachal/r~f6f729368cea11ed9ae20cc47ab5f122/}}</ref>
