Následně začal vyzývat Rusy, aby se spojili proti Putinovi, který se „pokusí ukrást vítězství“ v [[Ruské prezidentské volby 2012|prezidentských volbách v roce 2012]].<ref name="reuters.com">{{cite news |url=http://www.reuters.com/article/2011/12/21/us-russia-navalny-idUSTRE7BK05Z20111221 |title=Navalny challenges Putin after leaving Russian jail |author=Guy Faulconbridge |date=20. prosince 2011 |publisher=[[Reuters]] |accessdate=31. července 2012 |deadurl=no}}</ref> Uvedl, že sám kandidovat nebude, protože Kreml nepřipustí, aby volby byly spravedlivé.<ref name="reuters.com"/>
Poté, co byl Putin zvolen prezidentem, Navalnyj spoluvedl protestní pochod, kterého se účastnilo 14 až 20 tisíc lidí. Po demonstraci byl opět mezi zadrženými.<ref>{{cite news |title=Russia election: Police arrest 550 at city protests |url=http://www.bbc.co.uk/news/world-europe-17265820 | publisher=BBC News | date=5. března 2012 |accessdate=31. července 2012 |deadurl=no}}</ref> Po demonstraci při příležitosti Putinovy inaugurace byl znovu zadržen a opět odsouzen k 15 dnům vězení.<ref>{{cite news |url=http://news.yahoo.com/police-keep-anti-putin-protesters-run-175929367.html |title=Police keep anti-Putin protesters on the run |date=8. května 2012 |agency=Associated Press |publisher=[[Yahoo!]] News |accessdate=31. července 2012 |deadurl=no}}</ref> [[Amnesty International]] ho v této souvislosti označila za [[Svoboda svědomí#Vězeň svědomí|vězně svědomí]].,<ref name=RFE185>{{cite web |url=http://www.rferl.org/content/amnesty-navalny-udaltsov-prisoners-of-conscience/24584838.html |title=Amnesty Calls Navalny, Udaltsov 'Prisoners of Conscience' |date=18. května 2012 |work=[[Radio Free Europe]] |accessdate=18 May 2012 |deadurl=no}}</ref> avšak v únoru 2021 mu tento status s odvoláním na jeho „nenávistné výroky“ mj. vůči přistěhovalcům odebrala.<ref name= "mediazona">{{cite web |title=Amnesty International отказалась от признания Навального узником совести из‑за «высказываний середины 2000‑х годов» |url=https://zona.media/news/2021/02/23/navalhate |publisher=[[MediaZona]] |access-date=23 February 2021 |language=ru }}</ref> Jeden z ruských činitelů Amnesty International k tomu řekl, že aktivistům hnutí za lidská práva se zdá, že existuje koordinovaná kampaň s cílem diskreditovat Navalného mimo Rusko.<ref>{{Cite web|date=2021-02-23|title=Amnesty International rescinds Alexey Navalny’s ‘prisoner of conscience’ status because of past ‘hate speech,’ following rumored ‘campaign’ by individuals tied to Russia Today|url=https://meduza.io/en/news/2021/02/23/amnesty-international-rescinds-alexey-navalny-s-prisoner-of-conscience-status-because-of-past-hate-speech-following-rumored-campaign-by-individuals-tied-to-russia-today|access-date=2021-02-23|website=[[Meduza]]}}</ref>
V červnu 2012 byla v jehoNavalného bytě v Moskvě provedena 12hodinová domovní prohlídka.<ref>{{cite web |url=http://rt.com/politics/opposition-searches-protest-rally-571/ |title=Homes of Russian opposition figures searched ahead of rally deadurl=no}}. [[RT|RT.com]], 11. června 2012, staženo 14. června 2012.</ref> Nedlouho poté se jeho soukromé e-maily objevily na stránkách prokremelských aktivistů.<ref name="data release">{{cite news|title=Blogger strikes at Putin with data release |url=http://www.ft.com/intl/cms/s/0/70820f30-d736-11e1-a378-00144feabdc0.html#axzz21mf4ryTQ |publisher=[[Financial Times]] |author=Charles Clover |date=26 July 2012 |accessdate=31 July 2012 |deadurl=no}}</ref>
[[Soubor:Moscow rally 10 March 2012 5.JPG|náhled|Povolební protesty v Moskvě 10. března 2012]]
