Klasifikace virů: Porovnání verzí
Smazaný obsah Přidaný obsah
m →„Megavirales“: typo |
aktualizace + ref |
||
Řádek 3:
Nejstarší klasifikační systémy virů vycházely z klasifikace napadaných organismů. Byla to například '''Holmesova klasifikace''' z r. 1948, aplikující linnéovskou [[Binominální nomenklatura|binominální nomenklaturu]] a členící viry na fágy (napadající [[bakterie]]), fytofágy (napadající [[rostliny]]) a zoofágy (napadající [[živočichové|živočichy]]).
Později se viry začaly klasifikovat podle strukturních fyzikálních a chemických vlastností, jako je nosič genetické informace ([[RNA]] nebo [[DNA]]), velikost, tvar a symetrie [[kapsid]]u apod. K takovým klasifikačním systémům patří např. hierarchická '''[[Klasifikace virů#Systém LHT|klasifikace LHT]]''' z roku 1962
V současnosti se stále používá zjednodušená klasifikace podle nosiče genetické informace a způsobu jejího přepisu, tak zvaná '''[[Klasifikace virů#Baltimorova klasifikace|Baltimorova klasifikace]]''' z r. 1971.
Aktuální snahou biologických klasifikačních systémů je přirozenost z hlediska fylogenetické příbuznosti. O tu se snaží podrobný, každoročně aktualizovaný '''[[Klasifikace virů#Systém ICTV|systém Mezinárodního výboru pro taxonomii virů (ICTV)]]'''.
Vzhledem k tomu, že není známo příliš typů subvirových činitelů ([[viroid]]y a virové satelity včetně [[virofág]]ů a [[virusoid]]ů), klasifikují se zpravidla pouze podle nosiče genetické informace, případně i její velikosti. Výjimkou je '''[[Klasifikace virů#Klasifikace viroidů|klasifikační systém viroidů podle Florese]]''' z roku 1998, používající čeledi a rody.
==Systém ICTV==
Mezinárodní komise pro klasifikaci virů (International Committee on Taxonomy of Viruses - ICTV) klasifikuje viry podobně jako buněčné organismy do řádů, čeledí a rodů. Snahou je přitom respektovat fylogenetickou příbuznost, tedy na základě genetické informace sdružovat [[taxon]]y dané úrovně do skupin, u kterých lze předpokládat společného předka. Nejistota u fylogenetické příbuznosti však vede k existenci mnoha nezařazených taxonů.
Řádek 19 ⟶ 21:
Podle názvoslovného kódu ICTV se názvy všech těchto taxonů píší stejně jako jména druhů kurzívou.<ref>The International Code of Virus Classification and Nomenclature. Kapitola IX, odstavec 3.36. ICTV, únor 2013. [http://www.ictvonline.org/codeOfVirusClassification.asp Dostupné online] (anglicky)</ref>
Aktuální klasifikace (ratifikovaná v březnu r.
Klasifikace ICTV zahrnuje také viroidy (nezařazené čeledi ''Avsunviroidae'' a ''Pospiviroidae'') a
V následujícím přehledu jsou navíc pro úplnost uvedeny i dosud neuznané navrhované taxony, vždy označené závorkou "(neuznaný/á)". Návrh plyne z uvedené reference (zpravidla vědeckého periodika nebo
===Caudovirales===
*'''Řád: ''Caudovirales''''' (3 čeledi)
**Čeleď: ''Myoviridae'' (
**:*Nezařazený rod: ''Bcep781likevirus''
**:*Nezařazený rod: ''Bcepmulikevirus''
Řádek 40 ⟶ 42:
**:*Nezařazený rod: ''Punalikevirus''
**:*Nezařazený rod: ''Viunalikevirus''
***Podčeleď: ''Eucampyvirinae'' (2 rody)
****Rod: ''Cp220likevirus''
****Rod: ''Cp8unalikevirus''
***Podčeleď: ''Peduovirinae'' (2 rody)
****Rod: ''Hpunalikevirus''
Řádek 49 ⟶ 54:
****Rod: ''Schizot4likevirus''
****Rod: ''T4likevirus''
**Čeleď: ''Podoviridae'' (2 podčeledi, 8 nezařazených rodů)
**:*
**:*Nezařazený rod: ''Bppunalikevirus''
**:*Nezařazený rod: ''Epsilon15likevirus''
**:*Nezařazený rod: ''F116likevirus''
**:*Nezařazený rod: ''Luz24likevirus''
**:*Nezařazený rod: ''N4likevirus''
**:*Nezařazený rod: ''P22likevirus''
**:*Nezařazený rod: ''Phieco32likevirus''
***Podčeleď: ''Autographivirinae'' (3 rody)
****Rod: ''Phikmvlikevirus''
Řádek 68 ⟶ 70:
****Rod: ''Ahjdlikevirus''
****Rod: ''Phi29likevirus''
**Čeleď: ''Siphoviridae'' (
***Rod: ''3alikevirus''
***Rod: ''77likevirus''
***Rod: ''Andromedalikevirus''
***Rod: ''Barnyardlikevirus''
***Rod: ''Bignuzlikevirus''
***Rod: ''Bronlikevirus''
***Rod: ''C2likevirus''
***Rod: ''C5likevirus''
***Rod: ''Charlielikevirus''
***Rod: ''Che8likevirus''
***Rod: ''Che9clikevirus''
***Rod: ''Chilikevirus''
***Rod: ''Cjwunalikevirus''
***Rod: ''Corndoglikevirus''
***Rod: ''D3112likevirus''
***Rod: ''D3likevirus''
***Rod: ''Halolikevirus''
***Rod: ''Hk578likevirus''
***Rod: ''Iebhlikevirus''
***Rod: ''Jerseylikevirus''
***Rod: ''L5likevirus''
***Rod: ''Lambdalikevirus''
***Rod: ''N15likevirus''
***Rod: ''Omegalikevirus''
***Rod: ''P23likevirus''
***Rod: ''Pbiunalikevirus''
***Rod: ''Pgonelikevirus''
***Rod: ''Phic3unalikevirus''
***Rod: ''Phicbklikevirus''
***Rod: ''Phie125likevirus''
***Rod: ''Phietalikevirus''
***Rod: ''Phifllikevirus''
***Rod: ''Phijlunalikevirus''
***Rod: ''Psimunalikevirus''
***Rod: ''Reylikevirus''
***Rod: ''Sap6likevirus''
***Rod: ''Sfi1unalikevirus''
***Rod: ''Sfi21dtunalikevirus''
***Rod: ''Skunalikevirus''
***Rod: ''Spbetalikevirus''
***Rod: ''T5likevirus''
***Rod: ''Tm4likevirus''
***Rod: ''Tp2unalikevirus''
***Rod: ''Tunalikevirus'' (navržen zařadit do zatím neuznané podčeledi ''Tunavirinae'' spolu s neuznanými rody ''Tlslikevirus'', ''Kp36likevirus'', ''Rtplikevirus'' a ''Jk06likevirus'')<ref name="Niu 2014">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Niu
Řádek 102 ⟶ 139:
| jazyk = anglicky
}}</ref>
***Rod: ''Wbetalikevirus''
***Rod: ''Xp10likevirus''
***Rod: ''Yualikevirus''
***Rod (neuznaný): ''Jk06likevirus''<ref name="Niu 2014" />
***Rod (neuznaný): ''Kp36likevirus''<ref name="Niu 2014" />
***Rod (neuznaný): ''
| příjmení = Adriaenssens
| jméno = Evelien M.
| příjmení2 = Edwards
| jméno2 = Rob
| příjmení3 = Nash
| jméno3 = John H. E.
| spoluautoři = MAHADEVAN, Padmanabhan; SETO, Donald; ACKERMANN, Hans-Wolfgang; LAVIGNE, Rob; KROPINSKI, Andrew M.
| titul = Integration of genomic and proteomic analyses in the classification of the ''Siphoviridae'' family
| periodikum = Virology
| rok vydání = 2014
| měsíc vydání = listopad
| den vydání = 14
| ročník = 477
| typ ročníku = svazek
| číslo =
| strany = 144–154
| url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0042682214004711
| dostupnost2 =
| url2 =
| issn = 0042-6822
| doi = doi:10.1016/j.virol.2014.10.016
| pmid = 25466308
| jazyk = anglicky
}}</ref>
***Rod (neuznaný): ''Likalikevirus''<ref name="Adriaenssens_2015" />
***Rod (neuznaný): ''R4likevirus''<ref name="Adriaenssens_2015" />
***Rod (neuznaný): ''Rtplikevirus''<ref name="Niu 2014" />
***Rod (neuznaný): ''Tlslikevirus''<ref name="Niu 2014" />
===Herpesvirales===
Řádek 185 ⟶ 213:
===Mononegavirales===
*'''Řád: ''[[:Kategorie:Mononegavirales|Mononegavirales]]''''' (5 čeledí, 1 nezařazený neuznaný rod)
*Nezařazený rod (neuznaný): ''Dichorhavirus''<ref>ICTV: [http://talk.ictvonline.org/files/proposals/taxonomy_proposals_plant1/m/plant01/4890.aspx Taxonomy Proposals]</ref><ref>ICTV: [http://talk.ictvonline.org/files/proposals/taxonomy_proposals_vertebrate1/m/vert01/4891.aspx Taxonomy Proposals]</ref>
**Čeleď: ''Bornaviridae'' (1 rod)
***Rod: ''Bornavirus''
Řádek 248 ⟶ 277:
**Čeleď: ''Marnaviridae'' (1 rod)
***Rod: ''Marnavirus''
**Čeleď: ''[[Picornaviridae]]'' (
***Rod: ''[[Virus slintavky a kulhavky|Aphthovirus]]''
***Rod: ''Aquamavirus''
Řádek 262 ⟶ 291:
***Rod: ''Hunnivirus''
***Rod: ''Kobuvirus''
***Rod: ''Kunsagivirus''
***Rod: ''Megrivirus''
***Rod: ''Mischivirus''
Řádek 270 ⟶ 300:
***Rod: ''Passerivirus''
***Rod: ''Rosavirus''
***Rod: ''Sakobuvirus''
***Rod: ''Salivirus''
***Rod: ''Sapelovirus''
***Rod: ''Senecavirus''
***Rod: ''Sicinivirus''
***Rod: ''Teschovirus''
***Rod: ''[[Aviární encefalomyelitida|Tremovirus]]''
Řádek 311 ⟶ 343:
===„Megavirales“===
*'''Řád (neuznaný): ''Megavirales''''' (7 čeledí, 3 neuznané čeledi, 1
| příjmení = Colson
| jméno = Philippe
Řádek 347 ⟶ 379:
***Rod (neuznaný): ''Lausannevirus''
***Rod (neuznaný): ''Tunisvirus''
**Nezařazená čeleď (neuznaná): ''Megaviridae'' (1 neuznaný rod; v případě ztotožnění s neuznanou čeledí ''Mimiviridae'' 2 rody a 3 neuznané rody){{#tag:ref|Vzhledem k příbuznosti je navrhováno vyčlenění čeledí ''Ascoviridae'', ''Asfarviridae'', ''Iridoviridae'', ''Marseilleviridae'', ''Megaviridae'', ''Mimiviridae'', ''Phycodnaviridae'' a ''Poxviridae'' do zvláštního řádu '''''Megavirales'''''.<ref name="Moumouvirus" /><ref name="Colson_2013" /><ref>ICTV: [http://talk.ictvonline.org/files/proposals/taxonomy_proposals_fungal1/m/fung02/4649.aspx Taxonomy Proposals]</ref> Pracovní skupina ICTV Poxviridae Study Group zatím neodsouhlasila zařazení poxvirů do navrhovaného řádu. Do řádu by pravděpodobně také náležely navrhované čeledi ''Pandoraviridae'' (vzhledem k blízkosti k čeledi ''Phycodnaviridae'')<ref name="Yutin_2013">{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Yutin
| jméno = Natalya
Řádek 389 ⟶ 421:
| jazyk = anglicky
}}</ref>
**Nezařazená čeleď: ''Mimiviridae'' (2 rody, 2 neuznané rody; v případě ztotožnění s neuznanou čeledí ''Megaviridae'' 2 rody a 3 neuznané rody)<ref name="Megavirales" group="pozn." />
***Rod: ''Cafeteriavirus''
***Rod: ''[[Mimivirus]]''
Řádek 545 ⟶ 577:
*Nezařazená čeleď: ''Alvernaviridae'' (1 rod)
**Rod: ''Dinornavirus''
*Nezařazená čeleď: ''
**Rod: ''
*Nezařazená čeleď: ''Ampullaviridae'' (1 rod)
**Rod: ''Ampullavirus''
Řádek 561 ⟶ 593:
**Rod: ''Thetatorquevirus''
**Rod: ''Zetatorquevirus''
**(případně i rod: ''Gyrovirus'', dosud řazený v čeledi ''Circoviridae''<ref>ICTV: [http://talk.ictvonline.org/files/proposals/taxonomy_proposals_vertebrate1/m/vert01/4936.aspx Taxonomy Proposals]</ref>)
*Nezařazená čeleď: ''[[Arenaviridae]]'' (2 rody)
**Rod: ''Mammarenavirus''
**Rod: ''
*Nezařazená čeleď: ''Astroviridae'' (2 rody)
**Rod: ''Avastrovirus''
Řádek 613 ⟶ 645:
*Nezařazená čeleď: ''Carmotetraviridae'' (1 rod)
**Rod: ''Alphacarmotetravirus''
*Nezařazená čeleď: ''Caulimoviridae'' (
**Rod: ''Badnavirus''
**Rod: ''Caulimovirus''
**Rod: ''Cavemovirus''
**Rod: ''Petuvirus''
**Rod: ''Rosadnavirus''
**Rod: ''Solendovirus''
**Rod: ''Soymovirus''
Řádek 624 ⟶ 657:
**Rod: ''Chrysovirus''
*Nezařazená čeleď: ''Circoviridae'' (2 rody, 1 neuznaný rod)
**Rod: ''Circovirus''
**Rod: ''
**Rod (neuznaný): ''Cyclovirus
<!-- **Rod (neuznaný): ''Tornovirus''<ref name="STTV">{{Citace elektronického periodika
| příjmení =
| jméno =
| autor = Terry Fei Fan Ng
| příjmení2 = Manire
| jméno2 = Charles
| příjmení3 = Borrowman
| jméno3 = Kelly
| spoluautoři = LANGER, Tammy; EHRHART, Llewellyn; BREITBART, Mya.
| titul = Discovery of a Novel Single-Stranded DNA Virus from a Sea Turtle Fibropapilloma by Using Viral Metagenomics
| periodikum = Journal of Virology
| rok vydání = 2008
| měsíc vydání = prosinec
| den vydání = 30
| ročník = 83
| typ ročníku = svazek
| číslo = 6
| strany = 2500-2509
| url = http://jvi.asm.org/content/83/6/2500.abstract
| url2 = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2648252/
| issn = 1098-5514
| doi = 10.1128/JVI.01946-08
| pmid =
| jazyk = anglicky
}}</ref> -->
*Nezařazená čeleď: ''Clavaviridae'' (1 rod)
**Rod: ''Clavavirus''
Řádek 699 ⟶ 744:
**Rod: ''Avihepadnavirus''
**Rod: ''[[Virus hepatitidy B|Orthohepadnavirus]]''
*Nezařazená čeleď: ''Hepeviridae'' (
**Rod: ''
**Rod: ''Piscihepevirus''
*Nezařazená čeleď: ''Hypoviridae'' (1 rod)
**Rod: ''Hypovirus''
Řádek 718 ⟶ 764:
*Nezařazená čeleď: ''Megabirnaviridae'' (1 rod)
**Rod: ''Megabirnavirus''
*Nezařazená čeleď: ''Metaviridae'' (3 rody
**Rod: ''Errantivirus''
**Rod: ''Metavirus''
Řádek 744 ⟶ 790:
*Nezařazená čeleď: ''Ophioviridae'' (1 rod)
**Rod: ''Ophiovirus''
*Nezařazená čeleď: ''[[Orthomyxoviridae]]'' (6 rodů, 1 neuznaný rod)
**Rod: ''[[Chřipkový virus A|Influenzavirus A]]''
**Rod: ''Influenzavirus B''
**Rod: ''Influenzavirus C''
**Rod (neuznaný): ''Influenzavirus D''<ref>ICTV: [http://talk.ictvonline.org/files/proposals/taxonomy_proposals_vertebrate1/m/vert01/4954.aspx Taxonomy Proposals]</ref>
**Rod: ''Isavirus''
**Rod: ''Quaranjavirus''
Řádek 869 ⟶ 916:
**Rod: ''Rymovirus''
**Rod: ''Tritimovirus''
*Nezařazená čeleď: ''Pseudoviridae'' (3 rody
**Rod: ''Hemivirus''
**Rod: ''Pseudovirus''
Řádek 903 ⟶ 950:
**Podčeleď: ''Spumaretrovirinae'' (1 rod)
***Rod: ''Spumavirus''
*Nezařazená čeleď
**Rod
**Rod
**Rod: ''Gammasphaerolipovirus''
*Nezařazená čeleď: ''Spiraviridae'' (1 rod)
**Rod: ''Alphaspiravirus''
Řádek 913 ⟶ 961:
**Rod: ''[[Alphavirus]]''
**Rod: ''[[Rubivirus]]''
*Nezařazená čeleď: ''Tombusviridae'' (
**Rod: ''Alphanecrovirus''
**Rod: ''Aureusvirus''
Řádek 925 ⟶ 973:
**Rod: ''Panicovirus''
**Rod: ''Tombusvirus''
**Rod: ''Umbravirus''
**Rod: ''Zeavirus''
**Rod (neuznaný): ''Pelarspovirus''<ref>ICTV: [http://talk.ictvonline.org/files/proposals/taxonomy_proposals_plant1/m/plant01/4997.aspx Taxonomy Proposals]</ref>
*Nezařazená čeleď: ''Totiviridae'' (5 rodů)
**Rod: ''Giardiavirus''
Řádek 943 ⟶ 992:
**Rod: ''Tobravirus''
*Nezařazené rody (
==Baltimorova klasifikace==
Řádek 961 ⟶ 1 010:
| url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC378387/pdf/bactrev00075-0012.pdf
| issn = 0005-3678
}}</ref> Jedná se o
* '''Skupina I.: [[dsDNA viry]]''', tedy viry s dvouvláknovou DNA
Řádek 998 ⟶ 1 047:
*:**Nezařazená čeleď: ''Polydnaviridae''
*:**Nezařazená čeleď: ''Polyomaviridae''
*:**Nezařazená čeleď
*:**Nezařazená čeleď: ''Tectiviridae''
*:**Nezařazená čeleď: ''Turriviridae''
Řádek 1 058 ⟶ 1 107:
*:*Nezařazená čeleď: ''Tombusviridae''
*:*Nezařazená čeleď: ''Virgaviridae''
*:*Nezařazené rody: ''Cilevirus'', ''Higrevirus'', ''Idaeovirus'', ''Ourmiavirus'', ''Polemovirus'', ''Sobemovirus
* ''' Skupina V.: [[ssRNA viry s negativní polaritou]]''', tedy viry s jednovláknovou RNA přepisovanou do mRNA opačné polarity
Řádek 1 071 ⟶ 1 120:
* ''' Skupina VI.: [[ssRNA viry s reverzní transkriptázou]]''', tedy viry s jednovláknovou RNA reverzně přepisovanou do DNA
*:Patří sem:
*:*Nezařazená čeleď: ''Metaviridae''
*:*Nezařazená čeleď: ''Pseudoviridae''
*:*Nezařazená čeleď: ''Retroviridae''
|