Příběh začíná roku [[1866]], kdy se v [[Anglie|anglických]] listech objevila zmínka o jakémsi mořském netvoru ohromných rozměrů, který napadá lodě. Tímto úkazem se zabývali i vědci. Jedni říkali, že je to [[ponorka]]nějaké podmořské plavidlo a druzí tvrdili, že se jedná o dosud neznámého tvora. Nakonec [[Spojené státy americké|Američané]] vyslali na moře [[fregata|fregatu]] ''Abraham Lincoln'', která měla za úkol záhadu vyjasnit. Výpravy se zúčastnil také [[Francie|francouzský]] přírodovědec profesor Aronnax se svým sluhou Conseilem, kteří se na lodi seznámili s harpunářem Nedem Landem. Výprava byla dlouho neúspěšná, až jednou večer spatřila posádka světelnou záři vycházející kousek od lodi. [[Fregata]] se pokusila tvora pronásledovat a harpunovat. Najednou se však obluda otočila a plula ohromnou rychlostí směrem k lodi, se kterou se vzápětí srazila. Profesor Arronax, jeho sluha Conseil a harpunář Ned Land spadli do širého moře. Zachránili se na hřbetě obludy, o které však brzy zjistili, že to opravdu není ryba, ale [[ponorka]]. Z té vylezli čtyři muži, vtáhli je dovnitř a uvěznili v tmavé komoře. Příští den je tam navštívil jakýsi muž, který se představil jako [[kapitán Nemo]], a oznámil jim, že se nacházejí v [[ponorka|ponorce]] ''[[Dvacet tisíc mil pod mořem#Popis ponorky Nautilus|Nautilus]]'', kterou nikdy nesmějí opustit, aby nevyzradili její tajemství. Jako nedobrovolní cestující prožili při podmořské plavbě neuvěřitelné příhody, poznali netušené krásy mořského dna a poučili se o přírodních zvláštnostech oceánů.
* Nedaleko [[Maroko|marockých]] břehů objevili zbytky starodávné [[Atlantida|Atlantidy]]. Profesor Aronnax spatřil zbytky vodovodu, několik chrámů a také pozůstatky přístavního mola. Zkázu [[Atlantida|atlantské]] civilizace zřejmě zavinila podmořská [[sopka]], doposud činná. Jejím vlivem zde zřejmě došlo i k mutaci mořských živočichů, neboť výprava kapitána Nema zde potkala četné mořské příšery.
