* pro počáteční léčbu [[manie]] nebo akutní [[psychóza|psychózy]] (společně s léčivy první volby, jako je [[lithium]], [[haloperidol]] nebo [[risperidon]])<ref>{{Citace periodika | autor=Curtin F, Schulz P | periodikum=J Affect Disord | titul=Clonazepam and lorazepam in acute mania: a Bayesian meta-analysis | ročník=78 | číslo=3 | strany=201–8 | rok=2004 | pmid=15013244 | doi=10.1016/S0165-0327(02)00317-8}}</ref><ref>{{Citace periodika | autor=Gillies D, Beck A, McCloud A, Rathbone J, Gillies D | titul=Benzodiazepines alone or in combination with antipsychotic drugs for acute psychosis | periodikum=Cochrane Database Syst Rev | číslo=4 | strany=CD003079 | rok=2005 | pmid=16235313 | doi=10.1002/14651858.CD003079.pub2}}</ref>
* [[hyperekplexie]]<ref>{{Citace periodika | příjmení1 = Zhou | jméno1 = L. | příjmení2 = Chillag | jméno2 = KL. | příjmení3 = Nigro | jméno3 = MA. | titul = Hyperekplexia: a treatable neurogenetic disease. | periodikum = Brain Dev | ročník = 24 | číslo = 7 | strany = 669–74 | měsíc = Oct | rok = 2002 | pmid = 12427512 | doi = 10.1016/S0387-7604(02)00095-5}}</ref>
* mnoho forem [[parasomnie]]<ref>{{Citace periodika | příjmení1 = Schenck | jméno1 = CH. | příjmení2 = Arnulf | jméno2 = I. | příjmení3 = Mahowald | jméno3 = MW. | titul = Sleep and sex: what can go wrong? A review of the literature on sleep related disorders and abnormal sexual behaviors and experiences. | periodikum = Sleep | ročník = 30 | číslo = 6 | strany = 683–702 | měsíc = Jun | rok = 2007 | doi = | pmid = 17580590 | pmc = 1978350}}</ref>. [[Syndrom neklidných nohou]] lze léčit klonazepamem jako lékem třetí volby, protože vhodnost použití se stále ještě zkoumá.<ref>{{Citace periodika | titul = [Restless legs syndrome: diagnosis and treatment. Opinion of Brazilian experts] | periodikum = Arq Neuropsiquiatr | ročník = 65 | číslo = 3A | strany = 721–7 | měsíc = Sep | rok = 2007 | pmid = 17876423}}</ref><ref>{{Citace periodika | příjmení1 = Trenkwalder | jméno1 = C. | příjmení2 = Hening | jméno2 = WA. | příjmení3 = Montagna | jméno3 = P. | příjmení4 = Oertel | jméno4 = WH. | příjmení5 = Allen | jméno5 = RP. | příjmení6 = Walters | jméno6 = AS. | příjmení7 = Costa | jméno7 = J. | příjmení8 = Stiasny-Kolster | jméno8 = K. | příjmení9 = Sampaio | jméno9 = C. | titul = Treatment of restless legs syndrome: an evidence-based review and implications for clinical practice. | periodikum = Mov Disord | ročník = 23 | číslo = 16 | strany = 2267–302 | měsíc = Dec | rok = 2008 | doi = 10.1002/mds.22254 | url = http://www.movementdisorders.org/publications/ebm_reviews/treatmentofrls.pdf | formát = PDF | pmid = 18925578}}</ref> Krátkodobě na klonazepam reaguje také [[bruxismus]].<ref name="Huynh-">{{Citace periodika | příjmení1 = Huynh | jméno1 = NT. | příjmení2 = Rompré | jméno2 = PH. | příjmení3 = Montplaisir | jméno3 = JY. | příjmení4 = Manzini | jméno4 = C. | příjmení5 = Okura | jméno5 = K. | příjmení6 = Lavigne | jméno6 = GJ. | titul = Comparison of various treatments for sleep bruxism using determinants of number needed to treat and effect size. | periodikum = Int J Prosthodont | ročník = 19 | číslo = 5 | strany = 435–41 | pmid = 17323720 | rok = 2006}}</ref> [[Porucha chování vázaná na REM spánek]] dobře reaguje na malé dávky klonazepamu.<ref>{{Citace periodika | příjmení1 = Ferini-Strambi | jméno1 = L. | příjmení2 = Zucconi | jméno2 = M. | titul = REM sleep behavior disorder. | periodikum = Clin Neurophysiol | ročník = 111 Suppl 2 | strany = S136–40 | měsíc = Sep | rok = 2000 | pmid = 10996567}}</ref>
* léčba akutní a chronické [[akatizie]][http://smj.org.uk/1001/aka1001.htm][http://www3.interscience.wiley.com/journal/120003401/abstract?CRETRY=1&SRETRY=0]
