UniProt: Porovnání verzí
Smazaný obsah Přidaný obsah
m robot: přidáno {{Autoritní data}}; kosmetické úpravy |
úprava referencí |
||
Řádek 10:
=== Organizace UniProt databází ===
UniProt se skládá ze čtyř databází: the [[UniProt Knowledgebase]] (UniProtKB)<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Magrane
| jméno1 = Michele
| titul = UniProt Knowledgebase: a hub of integrated protein data
| periodikum = Database
| ročník = 2011
| datum_vydání = 2011-03-29
| url = https://academic.oup.com/database/article/doi/10.1093/database/bar009/463132
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1093/database/bar009
}}</ref>, the [[UniProt Archive]] (UniParc)<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Leinonen
| jméno1 = R.
| příjmení2 = Diez
| jméno2 = F. G.
| příjmení3 = Binns
| jméno3 = D.
| příjmení4 = Fleischmann
| jméno4 = W.
| příjmení5 = Lopez
| jméno5 = R.
| příjmení6 = Apweiler
| jméno6 = R.
| titul = UniProt archive
| periodikum = Bioinformatics
| ročník = 20
| číslo = 17
| datum_vydání = 2004-11-22
| strany = 3236–3237
| url = https://academic.oup.com/bioinformatics/article/20/17/3236/185740
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1093/bioinformatics/bth191
}}</ref>, the [[UniProt Reference Clusters]] (UniRef)<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Suzek
| jméno1 = B. E.
| příjmení2 = Wang
| jméno2 = Y.
| příjmení3 = Huang
| jméno3 = H.
| příjmení4 = McGarvey
| jméno4 = P. B.
| příjmení5 = Wu
| jméno5 = C. H.
| titul = UniRef clusters: a comprehensive and scalable alternative for improving sequence similarity searches
| periodikum = Bioinformatics
| ročník = 31
| číslo = 6
| datum_vydání = 2015-03-15
| strany = 926–932
| url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4375400/pdf/btu739.pdf
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1093/bioinformatics/btu739
| pmid = 25398609
}}</ref> a [[The UniProt Metagenomic and Environmental Sequences]] (UniMes).
==== UniProtKB ====
Řádek 25 ⟶ 78:
UniRef poskytuje seskupený soubor sekvencí z UniProtKB a vybrané záznamy z UniParc. UniRef100 seskupuje všechny identické sekvence a [[subfragment]]y s 11 nebo více zbytky do jednoho záznamu. UniRef50 a UniRef90 jsou sestaveny na bázi UniRef100.
==== UniMes<ref>{{Citace elektronické monografie
| titul = UniProt Metagenomic and Environmental Sequences (UniMES)
| url = https://www.uniprot.org/help/unimes
| vydavatel = uniprot.org
| datum_aktualizace = 2018-04-10
| datum_přístupu = 2022-01-16
| jazyk = anglicky
}}</ref> ====
UniMes slouží jako úložiště metagenomických a environmentálních údajů.
Řádek 34 ⟶ 94:
UniProt je jedna z nejlépe anotovaných proteinových databází současnosti. U vyhledaných struktur je možné najít mnoho informací o funkci, regulaci, umístění v [[Buňka|buňce]], patologických projevech souvisejících s proteinem a konkrétní příklady [[Mutace|mutací]], které je způsobují. Dále se zde nachází informace o [[posttranslační modifikace|posttranslačních modifikacích]] a interakcích, na kterých se protein podílí. Je zde možno nalézt odkazy na konkrétní PDB struktury. Nezbytnou součástí databáze jsou informace o jednotlivých doménách a proteinové rodině. Také se zde nachází sekvence, kterou je možné stáhnout ve formátu [[FASTA]] a mnoho dalších.
<references />
* [http://www.uniprot.org/help/about Informace o databázi na stránkách UniProt]
* [http://www.uniprot.org/docs/uniprot_flyer.pdf Leták s rozšířenými informacemi o databázi]
| |||