Komplexní intersexuál bývá také označován jako chromozomální intersexuál, je jedinec u kterého se nevyskytuje karyotyp XX ani XY. U komplexních intersexuálů nastává situace, kdy má jedinec o jeden chromozom navíc (např. XXY) nebo naopak𝓃ℯ𝒷𝓎𝓉 𝒷𝓁𝒷 𝒶 𝒽ℴ𝓎ℴ𝓋ℴ 𝓅𝒶𝓀 𝓆𝓁ℯnaopak o jeden méně (X0). Tato skupina intersexuálů se od předchozích tří liší v tom, že zde není rozpor mezi vnitřními a vnějšími pohlavními orgány člověka, avšak nadbytečný či chybějící chromozom může mít vliv na hladinu hormonů a pohlavní vývin jedince. V ojedinělém případě nastává situace, kdy se člověk klasifikovaný jako komplexní intersexuál rodí s různými chromozomy v jednotlivých buňkách v těle.<ref>Intersexuál: Komplexný Intersexuál. Intersexuál [online]. Bratislava: WordPress, 2014, 15. 2. 2015 [cit. 2015-12-10]. Dostupné z: http://intersexual.sk/podoby-intersexuality/komplexny-intersexual/ {{Wayback|url=http://intersexual.sk/podoby-intersexuality/komplexny-intersexual/ |date=20151128152954 }}</ref>
