Manuel byl celkově až devátým potomkem portugalského infanta [[Ferdinand Portugalský (1433–1470)|Ferdinanda]] (Fernanda), [[vévoda|vévody]] z [[Beja|Beji]] a [[Viseu]] a adoptivního syna [[Jindřich Mořeplavec|Jindřicha Mořeplavce]], a [[Beatrice,Beatrix vévodkyněPortugalská z Viseu(1430–1506)|Beatrix Portugalské]], vnučky portugalského krále [[Jan I. Portugalský|Jana I.]] Tato skutečnost z něj rozhodně nečinila možného pretendenta trůnu. Přesto na něj v důsledku předčasných úmrtí pěti svých bratrů, svého bratrance a švagra v jedné osobě [[Jan II. Portugalský|Jana II.]] a jeho syna [[Alfons Portugalský|Alfonse]] nakonec usedl. Tato souhra náhod jej utvrdila v tom, že je k vládě nezvratně vyvolen Bohem. O tom mělo koneckonců vypovídat i jeho jméno – ''Emanuel'' znamená „Bůh s námi“. Svoji výlučnost si utvrdil během dospívání skrze své vychovatele, kteří byli spojeni s [[řád menších bratří|řádem františkánů observantů]]. Spiritualita této kongregace, jež vycházela od mystika [[Jáchym z Fiore|Jáchyma z Fiore]], Manuela silně ovlivnila.<ref name="Noronha86–101">{{Citace monografie | příjmení = Noronha | jméno = Maria Adelaide | odkaz na autora = | příjmení2 = Rosinha | jméno2 = Maria do Rosário | odkaz na autora2 = | spoluautoři = a kol. | titul = A monarquia portuguesa : reis e rainhas na história de um povo | vydavatel = Selecções do Reader's Digest | místo = Lisboa | rok = 1999 | počet stran = 399 | strany = 86–101 | isbn = 972-609-261-2 | jazyk = portugalsky}}</ref>
[[Soubor:Armillary sphere.png|150px|thumb|left|Armilární sféra, tedy přístroj znázorňující Zeměkouli a její ekliptiku, byla osobním emblémem Manuela I.]]
