Wikipedista:ShakhN/BLOSUM

Matrice BLOSUM62, aminokyseliny byly seskupeny a obarveny na základě klasifikačního schématu Margaret Dayhoffové . Kladné a nulové hodnoty byly zvýrazněny.^[1]

V bioinformatice, matrice BLOSUM (angl. BLOcks SUbstitution Matrix) je substituční matrice, používaná pro alignment proteinů. Matrice BLOSUM se používá pro porovnání evolučně odlišných proteinových sekvencí. Jsou založeny na lokálních alignmentech. Matrice BLOSUM byly poprvé představeny v článku Stevena Henikoffa a Jorji Henikoffa v roce 1992^[1], kde oni prohledali databázi BLOCKS (již neexistuje, ale byla na adresehttp://blocks.fhcrc.org) pro velmi konzervované oblasti proteinových rodin (které nemají mezery v alignmentu) a poté spočítali relativní frekvence aminokyselin a jejich pravděpodobnosti jejich substituce. Potom vypočítali log-odds skóre pro každý z 210 možných substitučních párů 20 standardních aminokyselin. Všechny matrice BLOSUM jsou založeny na pozorovaných porovnáních; nejsou extrapolovány ze srovnání blízce příbuzných proteinů jako PAM Matrices.^[1]

[[Kategorie:Matice]] [[Kategorie:Biochemické metody]] [[Kategorie:Genetika]] [[Kategorie:Bioinformatika]]

↑ ^a ^b ^c HENIKOFF, S.; HENIKOFF, J. G. Amino acid substitution matrices from protein blocks. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 1992-11-15, roč. 89, čís. 22, s. 10915–10919. PMID: 1438297 PMCID: PMC50453. Dostupné online [cit. 2023-04-28]. ISSN 0027-8424. DOI 10.1073/pnas.89.22.10915. PMID 1438297.

[henikoff-1] HENIKOFF, S.; HENIKOFF, J. G. Amino acid substitution matrices from protein blocks. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 1992-11-15, roč. 89, čís. 22, s. 10915–10919. PMID: 1438297 PMCID: PMC50453. Dostupné online [cit. 2023-04-28]. ISSN 0027-8424. DOI 10.1073/pnas.89.22.10915. PMID 1438297.

[1]