Jeho působení na ČVUT bylo poznamenáno korupční aférou ředitele kolejí a menz SÚZ Zdeňka Zmrzlíka,<ref>{{Citace elektronického periodika|periodikum = Česká pozice|titul = Práce pro policii: Jak se hospodařilo na ČVUT|url = http://ceskapozice.lidovky.cz/prace-pro-policii-jak-se-hospodarilo-na-cvut-fza-/tema.aspx?c=A130315_114342_pozice_103864|datum vydání = 2013-03-19}}</ref><ref>{{Citace elektronického periodika|periodikum = Televize Nova|titul = Kam tečou miliony na ČVUT|url = http://tn.nova.cz/zpravy/tv-archiv/na-vlastni-oci/na-vlastni-oci-jak-vypada-zivot-s-jakyllem-a-hydem-pod-jednou-strechou.html|datum vydání = 2013-23-05}}</ref> který byl přijat předchozím rektorem. Následující rektor Petr Konvalinka k těmto aférám Václava Havlíčka uvedl: „Byl jsem vždy pro to, aby se vůči bývalému řediteli Zmrzlíkovi postupovalo razantně, ale mělo se postupovat ještě razantněji.<ref>{{Citace periodika|titul = Tuneláž vysokoškolských kolejí: policie si přehazuje spis a ztratila dokumenty|periodikum = Lidové noviny, str. 2|datum = |url = http://www.lidovky.cz/cvut-hleda-viniky-tunelovani-koleji-v-hledacku-policie-je-exreditel-zmrzlik-1va-/zpravy-domov.aspx?c=A140621_110514_ln_domov_ele}}</ref> Václav Havlíček na konci svého funkčního období řediteli Zmrzlíkovi výpověď a na žádost Akademického senátu podal také tři trestní oznámení. Proti neplatnosti této výpovědi se Zdeněk Zmrzlík odvolal u soudu a ten se protáhnul za konec druhého funkčního období Václava Havlíčka.<ref>{{Citace elektronické monografie|titul=Lidovky.cz|url=http://ceskapozice.lidovky.cz/cvut-hleda-viniky-rozkradani-menz-a-koleji-fjq-/tema.aspx?c=A140701_134751_pozice-tema_paja|vydavatel=Lidovky.cz|datum vydání=2014-07-03|datum přístupu=2016-05-30}}</ref> Podaná trestní oznámení na Zdeňka Zmrzlíka se, jak prohlásil rektor Petr Konvalinka, který nastoupil po Václavu Havlíčkovi, táhnou a vlečou, dokonce jedno se přesunulo z Prahy do Středočeského kraje a zpět do Prahy, mezitím se k němu ztratila dokumentace.“ <ref name=":0">{{Citace elektronického periodika|periodikum = Česká pozice - Lidové noviny|titul = ČVUT hledá viníky rozkrádání menz a kolejí|url = http://ceskapozice.lidovky.cz/cvut-hleda-viniky-rozkradani-menz-a-koleji-fjq-/tema.aspx?c=A140701_134751_pozice-tema_paja|datum vydání = 2014-07-03}}</ref> Václav Havlíček v příloze Lidových novin - Česká pozice (v článku nazvaném "ČVUT hledá viníky rozkrádání kolejí a menz") k aféře uvedl: „Dostávali jsme na jeho Zmrzlíkovu činnost anonymní stížnosti, které jsme asi podcenili“.<ref name=":0" />
