Glykosidy se štěpí (hydrolyzují) pomocí zředěných minerálních kyselin nebo specifických [[enzym]]ů, tzv. ''[[glykosidasy|glykosidas]]''. Podle typu štěpené glykosidické[[glykosidová vazba|glykosidové vazby]] rozlišujeme α-glykosidasy a β-glykosidasy. Thioglykosidy se štěpí enzymem [[myrosináza]] ([[thioglukosidáza]]). Enzymy a glykosidy bývají v rostlině uložené odděleně a přijdou do styku až v případě porušení pletiva nebo následkem odumírání pletiva. Hydrolytický význam glykosidů ovlivňuje jejich farmakologickou účinnost - někdy jsou účinné pouze nerozštěpené glykosidy (např. v případě kardioaktivních glykosidů), jindy vznikají účinné látky až po rozštěpení glykosidu (např. v případě [[glukosinolát]]ů). Množství glykosidů v rostlině značně kolísá a závisí na metabolismu, který v ní probíhá. Například po sklizni v rostlině převažují pochody dýchání a glykosidy jsou spíše rozkládány.
