V roce 1988 se na Miru vystřídalo 12 kosmonautů. Mezi nimi i první [[Afghánistán|afghánský]] kosmonaut [[Abdul MohmandMómand]]. Práce pokračovaly především na vědeckých experimentech: příprava [[polovodič]]ových materiálů, geofyzikální experimenty, dálkový průzkum Země, fotografování oblohy v [[ultrafialové záření|ultrafialové oblasti spektra]], sledování zdravotního stavu a pracovních schopností kosmonautů a jiné. 26. února, 3. června a 20. října proběhly výstupy do otevřeného prostoru. Poslední z výstupů byl zajímavý tím, že skafandry kosmonautů [[Vladimir Titov]] a [[Musa Manarov]] nebyly v automatickém režimu, ale byly připojeny na palubní systém zabezpečení životních podmínek. Třetí člen posádky [[Valerij Poljakov]] byl během výstupu v návratovém modulu lodě [[Sojuz TM-6]]. Kdyby nastala nějaká havárie, mohl se okamžitě oddělit od stanice a přistát. Tento postup byl v případě nebezpečných operací použit vícekrát.
V období od 26. dubna do 7. září 1989 byla stanice opět bez posádky, protože se zdržela výroba dalších vědeckých modulů. Během tohoto období zásobovací loď Progress 41 navedla Mir na vyšší oběžnou dráhu. Samotné lodi již však nezbýval dostatek pohonných hmot na řádné navedení do atmosféry a tak po čtyřech dnech vstoupila do zemské atmosféry neřízeně.<ref>Přibyl (2001), str. 42.</ref>
