Během války spolupracoval s [[Maffie|Maffií]]. 21. května 1915 byl spolu s [[Karel Kramář|Karlem Kramářem]] zatčen a vyšetřován ve [[Vídeň|Vídni]] kvůli protirakouské činnosti, poté ale propuštěn.<ref name=NarLis19320111a />
Měl podíl i na [[Vznik Československa|vzniku Československa]]. Nebyl jedním z „[[Muži„mužů 28. října|mužů 28. října]]“října“, ale podpořil jejich úsilí brannou mocí. Když došlo v Praze k vyhlášení samostatnosti, vypravil se místodržitel Českého království [[Max von Coudenhove]] urychleně z Vídně do Prahy, aby udržel celistvost monarchie. [[Vlastimil Tusar]] o tom z Vídně informoval Scheinera. Ten se skupinou Sokolů očekával místodržitele na nádraží, společně jej zadrželi a dopravili do jeho bytu, kde zůstal pod jejich dohledem v domácím vězení. Tím mu znemožnili zorganizovat vojenský odpor. Poté začal Scheiner shromažďovat důstojníky, s jejichž pomocí založil první české vojenské velitelství. 8. listopadu 1918, v den výročí [[Bitva na Bílé hoře|bitvy na Bílé hoře]], přijal na [[Staroměstské náměstí|Staroměstském náměstí]] první slavnostní přísahu československého vojska. U vojáků si vážil odbornosti, nikoho bezdůvodně nepodezíral z rakouských sympatií. Po vzniku Ministerstva národní obrany byl jmenován prvním inspektorem branné moci.<ref name=NarPol19320114>{{Citace periodika | příjmení = Kunz | jméno = Jaroslav | autor = | odkaz na autora = |titul = Náš první generalissimus | periodikum = Národní politika | odkaz na periodikum = | ročník = 50 | číslo = 14 | datum = 1932-01-14 | strany = 1 | url = http://kramerius.nkp.cz/kramerius/handle/ABA001/17525002 | datum přístupu = 2011-08-20 }}</ref> Úřad zastával od prosince 1918 do června 1919, poté se vrátil do Sokola.<ref name=NarLis19320111a /> Soukromě považoval své sesazení z armádních funkcí za nespravedlivé a byl z něj zklamaný.<ref name=NarLis19320112 />
V letech [[1918]]-[[1920]] byl poslancem [[Revoluční národní shromáždění|Revolučního národního shromáždění Republiky československé]] za [[Česká státoprávní demokracie|Českou státoprávní demokracii]], respektive z ní vzniklou [[Československá národní demokracie|Československou národní demokracii]].<ref>{{Citace elektronické monografie
