Ioannes se narodil okolo roku 1193 jako syn jistého Basileia Vatatza. Byl velmi vzdělaný, ale kromě toho byl také dobrým vojevůdcem. Roku [[1212]] se oženil s dcerou nikajského císaře [[Theodoros I. Laskaris|Theodora I. Laskarida]] Irenou a Theodoros určil Ioanna za svého nástupce, jímž se po tchánově smrti roku 1222 stal. Zpočátku se však musel vypořádat s odbojnými bratry zesnulého císaře, kteří byli ale Ioannem odraženi. Ioannes pokračoval v protilatinské politice nastoupené Theodorem I. a roku [[1225]] získal všechno latinské území v [[Malá Asie|Malé Asii]], některé řecké ostrovy a část [[Balkán|Balkánu]]u. Dobytí [[Konstantinopol]]e se mohlo zdát být otázkou času. Jenže o dobytí ''Města měst'' usilovali i [[Seznam vládců Bulharska|bulharský car]] [[Ivan Asen II.]] a [[Epirský despotát|epirský despota]] Theodoros Angelos, který se roku [[1224]] nechal korunovat ''císařem římanů'' a stal se Ioannovým významným protivníkem, ale roku [[1230]] byl poražen a zajat Ioannovým spojencem Ivanem Asenem II. v bitvě u Klokotnice. S Ivanem Asenem udržoval Ioannes Dukas přátelské styky, roku [[1234]] uzavřeli oba císaři spojenectví proti latinům a také byl zasnouben Ioannův syn a pozdější nástupce [[Theodoros II. Laskaris|Theodoros]] s Asenovou dcerou Helenou (Elenou). Kromě toho Ioannes a nikajský patriarcha svolili k založení bulharského ortodoxního patriarchátu nezávislého na Byzanci. Roku [[1235]] se Ioannes a Ivan Asen snažili dobýt Konstantinopol, ale byli odraženi stařičkým regentem [[Jan z Brienne|Janem z Brienne]]. Následujícího roku pokus zopakovali, opět byl ale úspěšnější energický regent. Roku [[1237]] ale Ivan Asen rozvázal spojenectví s Ioannem Vatatzem a zrušil zasnoubení Heleny a Theodora. Ne však nadlouho. V bulharském hlavném městě [[Tarnovo|Tarnovu]] vypukl mor a Asen to vzal jako boží varování a obnovil jednak spojenectví s Ioannem a taky vzájemné zasnoubení dětí. Roku [[1241]] však Ivan Asen II. zemřel a Ioannes III. tím přišel o spojence proti latinům, ale zároveň na Bulharsku získal celou [[Makedonie (region)|Makedonii]] a [[Thrákie|Thrákii]].
[[Soubor:JohnIIIVatatzesGoldHyperpyronMagnesia.jpg|thumb|right|Zlatý hyperpyron s vyobrazením Ioanna III.]]