[[Abraham Lincoln|Lincoln]] byl nerad, že aby ztratitztratil Burnside zcela z armády a svěřil mu velení nad okruhem [[Ohio]] a jeho starým IX sborsborem. V Ohiu Burnside vydal kontroverzní všeobecný rozkaz číslo 38, dle kterékterého byl zločinec kdokoli, kdo vyjádřil jakýkoliv druh odporu vůči válce. Použil ho pak při zatčení bývalého kongresmana za stát [[Ohio]] a kandidáta na guvernéra Clementa Vallandighama, prominentníprominentního vůdce nespolehlivého mírového hnutí a vyšetřoval ho u vojenského soudu (navzdory skutečnosti, že to byl civilista).[13]<ref>McPherson, pp. 596-97. McPherson remarked that Burnside's "political judgment proved no more subtle than his military judgment at Fredericksburg."</ref> Jednal také s konfederačními "nájezdníky", jako byl John Hunt Morgan.
Při Knoxvillském tažení dorazil k Knoxville, stát [[Tennessee]], když nejprve obešel Cumberland Gap, držený Konfederací. Po zabrání Knoxville bez odporu poslal vojenské jednotky zpět na Cumberland Gap. Brigádní generál John W. Frazer, konfederační velitel, se odmítnulodmítl vzdát tváří v tvář pouze dvěma unionistickým brigádám a tak dorazil Burnside s třetí brigádou, čímž urychlil porážku Frazera a jeho 2,.300 konfederačních vojáků.[14]<ref>Korn, p. 104.</ref> Po porážce unionistického generálmajora Williama S. Rosecranse v bitvě o Chickamauga byl pronásledován generálporučíkem Jamesem Longstreetem, proti jehož vojenským jednotkám bojoval již na Marye's Heights. Obratně vymanévroval Longstreeta v bitvě u Campbelin Station a byl tak schopen dosáhnout opevnění a bezpečí v Knoxville, kde byl krátce obležen, dokud konfederační vojska nebyla poražena v bitvě u Fort Sanders mimo města. Vázáním Longstreetových sborů v Knoxville přispěl k porážce generála Braxtona Bragga od generálmajora Ulyssese[[Ulysses S. Grant|Ulysses S. Granta]] u Chattanoogy. Na pomoc mu pak přispěchaly vojenské jednotky pod velením generálmajora [[William Tecumseh Sherman|William T. Shermana]], ale obležení již bylo ukončeno, když se Longstreet stáhnul a nakonec se vrátil do Virginie.[12[Virginie]].<ref name=WWS/>
