Hlavním úkolem první mise Voyager bylo vypátrat plavidlo vzbouřených MakistuMaqvitů (posádkou Maqvitské lodi byl komandér Chakotay, poručík B´elana Torresová, Seska, Tabor a v té době poručík Tuvok, který byl na tajné misi, aby získal informace o nové Kardasianské zbrani. Byl však neznámoupřenesen siloupomocí přenesenneznámé technologie, která vytvářela subprostorový neotachyonový rift na druhý konec naší galaxie do [[delta kvadrant]]u zhruba 70 000 světelných let od domova (Alfa kvadrant).
Na své cestě se Voyager nevyhnul kontaktu s [[Borg]]y, kteří ovládají 2/3 delta kvadrantu. Ten však neskončil asimilací, ale naopak ziskem nového člena posádky ([[Sedmá z devíti|Sedmé z devíti]]) (vlastním jménem Annika Hansen a bogrsképo asimilaci Sedmá z devíti - terciální doplněk unimatice nula jedna) borgské technologie. Významnou modernizaci v podobě energetického brnění a transfázových torpéd Voyager prodělal těsně před návratem na [[Země|Zemi]], díky příchodu admirála Janewayové z alternativní budoucnosti a její pomoci, když obětovala sebe, aby Voyager, který použil tranwarpový uzel, mohl zničit uzel zničit a borgové jej nemohli dále používat v Delta kvadrantu. Admirál Janewayová se nechala asimilovat borgskou královnou, přičemž ji nakazila neurotoxickým patogenem, smrtícím pro Borgy. Štíty, které chránily konstrukce transwarpovéhu uzlu byly smrtí královny destabilizovány a Voyager je mohl zničit transfázovými torpédy. Během cesty byl voyager vtažen do borgské koule a po dosažení Alfa kvadrantu ji rozstřelil zevnitř. Kapitán Janewayová přijímá videohovor od Admirála Parise (otec Toma Parise) a pak dává rozkaz komandéru Chakotayovi k odletu na Zem.
