Mimo výše uvedené struktury, které jsou přítomné téměř ve všech eukaryotických buňkách, se v mnoha skupinách eukaryot vyvinuly i jiné specifické organely. Typickým příkladem jsou [[plastid]]y, [[semiautonomní organela|semiautonomní organely]], v nichž probíhá [[fotosyntéza]] a některé další pochody. Vyskytují se u [[rostliny|rostlin]] a mnohých [[protisté|protistů]]. Vznikly pravděpodobně v evoluční historii až určitou dobu po vzniku samotné eukaryotické buňky a samotné eukaryogeneze se neúčastnily. Přesto jsou však dalším dokladem [[endosymbiotická teorie|endosymbiotické teorie]].<ref name=mutualismus /> Na rozdíl od mitochondrií se plastidy vyvinuly u několika, často nepříbuzných skupin eukaryot. Tzv. primární plastidy však pochází z [[sinice|sinice]] a vznikly pravděpodobně pouze jednou, a to u rostlin, které v širším pojetí zahrnují nejen [[zelené rostliny]] (''Viridiplantae''), ale i [[ruduchy]] (''Rhodophyta'') a [[glaukofyty]] (''Glaucophyta'').<ref>{{citace periodika | autor = Hedges S. B., Blair J. E., Venturi M. L., Shoe J. L | titul = A molecular timescale of eukaryote evolution and the rise of complex multicellular life. | periodikum = BMC Evol Biol | rok=2004 |měsíc=Jan | pmid = 15005799 | číslo = 28;4:2. | url = http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=15005799 |jazyk=anglicky}}</ref> Plastidy u jiných druhů fotosyntetizujících eukaryot vznikly především sekundární endosymbiózou, tedy pohlcením jedné ze skupin rostlin. Pohlcením ruduchy vznikly plastidy (někdy kvůli svému původu zvané [[rhodoplast]]y) např. u různých [[heterokonta|heterokont]] (Heterokonta) a [[rozsivky|rozsivek]] (Bacillariophyceae), pohlcením zelené řasy vznikly plastidy u [[Chlorarachniophyta]], některých [[krásnoočka|krásnooček]] (Euglenozoa) a jedné [[obrněnky]].<ref name=mutualismus>{{Citace monografie | příjmení = Čepička | jméno = Ivan | příjmení2 = Kolář | jméno2 = Filip | příjmení3 = Synek | jméno3 = Petr | titul = Mutualismus, vzájemně prospěšná symbióza; Přípravný text – biologická olympiáda 2007–2008 | vydavatel = NIDM ČR | místo = Praha | rok = 2007| isbn = | strany = 87}}</ref>
