Isabella d'Este se narodila ve Ferraře Eleonoře a Ercolovi d´'Este ([[Estenští]] patřili mezi nejstarší a nejtradičnější severoitalské rodiny). Isa, znamená „stejně“ a bella „krásná“. „Stejně krásná“, elegantní a šarmantní měla zůstat celý život. Měla o rok mladší sestru Beatrice a bratra Alfonsa. Děti po matce podědily lásku k hudbě – po večeři muzicírovala obě děvčátka na clavichord při světle svící se svou matkou – ta hrála na harfu. Isabela měla přirozený talent pro veškerý druh pohybu – především pro tanec. Po celý život byla známa vytříbenou grácii, kterou neztrácela ani ve stáří.
Isabela se vdala za Francesca Gonzagu – markrabího v Mantově, generála v benátské armádě.
