Dle informací [[Jurij Zajcev|Jurije Zajceva]] existuje kromě veřejné sítě metra ještě jedna, která je hlouběji založena a slouží pro [[Armáda|vojenské]] účely a účely [[evakuace]].<ref>United States Department of Defense: ''Military Forces In Transition''. {{ISBN|0-16-035973-2}}. pp. [http://www.palal.net/metro2/311.jpg 40] {{Wayback|url=http://www.palal.net/metro2/311.jpg |date=20071010204114 }}, [http://www.palal.net/metro2/312.jpg 41](anglicky) {{Wayback|url=http://www.palal.net/metro2/312.jpg |date=20071006213410 }}</ref> [[KGB]] pro tento systém používá [[Krycí jméno|krycí název]] D6, obecně se síť označuje jako Metro 2. Podle některých zdrojů délka této tajné sítě může překračovat i tu u veřejné části.<ref>[http://www.moscowpass.ru/dir_eng/3006200303429/ Informace o moskevském metru na www.moscowpass.ru](anglicky){{Wayback|url=http://www.moscowpass.ru/dir_eng/3006200303429/ |date=20070112194714 }}</ref> Teoreticky by mohla být postavena v dobách SSSR pro případ [[Spojené státy americké|amerického]] útoku. Její hlavní tratě jsou jednokolejné a spojují [[Moskevský Kreml|Kreml]] a další důležitá místa. Metro 2 má mít čtyři linky.<ref>[http://www.metro.ru/map/secret_map.html Mapka Metra 2 podle Jurije Zajceva]{{Wayback|url=http://www.metro.ru/map/secret_map.html |date=20070914033852 }}</ref> Systém Metra 2 je jednokolejný, bez ventilačních šachet.
