Katastr dnešního města byl osídlený už v pravěku. V době [[Římská říše|Římské říše]] zde v místě přístavu La Madrague vznikla rozsáhlá římská vila. Na jejích pozůstatcích se dnes nachází [[Muzeum Tauroentum v Saint-Cyr-sur-Mer|Muzeum Tauroentum]]. Ve 3. století byla vila opuštěna. V průběhu 5. a 6. století odešli i zdejší venkované, aby se uchránili před nájezdy pirátů. Jejich cílem bylo město Cathedra, dnes [[La Cadière]]. V 10. století měla Cathedra dva dceřinné přístavy: Saint-Cyr a [[Bandol]]. V roce [[1825]] se vesnice San-Céri (55 domů), Les Lecques (33 domů) a La Madrague (6 domů) od La Cadière oddělily a založily vlastní samosprávnou obec, nazvanou Saint-Cyr-de-Provence. Prezidentským dekretem z 21. října 1907 získala obec svůj dnešní název.<ref name="Saché">Saché, Ivan, [https://fotw.info/flags/fr-83-sc.html Presentation of Saint-Cyr-sur-Mer].</ref>
