Ač v té době nebyly ještě zřejmé dopady pražské defenestrace, později bylose zřejméukázalo, že se stala bezprostřední roznětkou [[Třicetiletá válka|třicetileté války]]. Po nastolení stavovské vlády v Čechách byl Thurn jmenován generállajtnantem (což byla druhá nejvyšší hodnost podřízená polnímu maršálovi, přičemž maršálskou hodností byl pověřen [[Linhart Colona z Felsu]]) českého vojska spolu s [[Jiří Fridrich Hohenlohe|Jiřím Fridrichem Hohenlohe]], což způsobilo, že měla armáda dvě dosti autonomní velení. V čele armády bojoval především v jižních Čechách, kde na císařském generálu [[Karel Bonaventura Buquoy|Karlu Buquoyovi]] dobyl [[Český Krumlov]], a několikrát se mu podařilo přitáhnout k [[Vídeň|Vídni]]. Až později, po zvolení [[Fridrich Falcký|Fridricha]] králem, byl zvolen za vrchního velitele kníže [[Kristián I. Anhaltský|Kristián Anhaltský]]. Později, [[1. květen|1. května]] [[1620]], byl ještě Jindřich Matyáš jmenován vrchním velitelem stavovské armády v Čechách. Po [[Bitva na Bílé hoře|bitvě na Bílé hoře]], aby unikl jistému trestu, odešel spolu s několika dalšími pány a [[Fridrich Falcký|Fridrichem Falckým]] z Čech.
V zahraničí se až do své smrti snažil získávat přízeň všemožných nepřátel Habsburků. Při tomto počínání bojoval v bitvách na straně Fridricha Falckého, [[Gabriel Betlen|Gabriela Betlena]], [[Benátská republika|Benátské republiky]], [[Dánsko|Dánska]] a [[Švédsko|Švédska]]. Později se snažil přesvědčit [[Albrecht z Valdštejna|Albrechta z Valdštejna]], aby změnil stranu a stal se českým králem – tento plán však byl zmařen po Valdštejnově smrti v [[Cheb]]u. Na sklonku života Thurn nazřel, že žádnému z jeho spojenců nikdy nešlo o dobro českých stavů, ale jen o vlastní zájmy.
