Klub v sezónách 1999/2000 a 2000/2001 s přehledem vyhrává Východočeskou ligu a účasní se kvalifikace o 2. ligu, z níchžnichž ta druhá je úspěšná a opět postupuje do druhé ligy. V první rok se klub zachraňuje až v baráži, ale další roky se trvale zabydluje ve středu tabulky. V roce 2003 je vyčleněn A-tým, pro jeho "lepší financování". Od sezóny 2005/2006 se klub spojuje s týmem [[TJ Staré Jesenčany]], hrající východočeskou ligu a stává se z něho chrudimská farma. Od roku 2007 je tým ze starých Jesenčan přejmenován na Chrudim "B". Tento rok také klub dosahuje obroského úspěchu, když postupuje do 1. ligy. Nejvěšího úspěchu dosáhne v sezóně 2008/2009, kdy se klub umisťuje v základní části na skvělém 5. místě, ovšem nezvládne předkolo play-off s Benátkami nad Jizerou a prohrává 3:0 na zápasy. 1. liga se ale ukazuje jako finančně náročná soutěž a v důsledku nedostaku financí klub v sezóně 2010/2011 končí na posledním místě a a následná baráž je pro klub neúspěšná a a následuje sestup. Na druhou ligu ovšem nejsou sehnány potřebné finance a A-tým tak není přihlášen do žádné soutěže a zaniká. ve městě tak zůstávvá pouze B-tým, které spravuje sdružení, je vyškrtnuto označní B-týmu a dále se účastní Pardubického krajského přeboru.
