Během prvního roku fungování úřadu se organizační struktura vyvíjela podle potřeb a plněných úkolů. SPÚ má svoji vlastní webovou stránku [http://www.pfcr.cz/spucr/page.aspx] i profil na Facebooku. V čele úřadu stojí ústřední ředitel (ÚŘ) (2013 - JUDr.Petr Šťovíček, od 6/2014 - Ing. Svatava Maradová, MBA). Základním pilířem struktury jsou 4 úseky v čele s náměstky a 1 odbor přímo řízený ústředním ředitelem. V rámci úseků fungují odbory řízené řediteli odborů (např. odbor řízení pozemkových úprav, odbor řízení restitucí, odbor řízení privatizace a převodu majetku, odbor řízení správy nemovitostí, odbor řízení krajských pozemkových úřadů, atd.). Posledním stavebním kamenem jsou oddělení a jejich vedoucí. V rámci Úseku řízení krajských pozemkových úřadů funguje 14 Krajských pozemkových úřadů (sídla v krajských městech) v čele s řediteli KPÚ. Jednotlivé KPÚ mají různý počet poboček, většinou v okresních městech. Počet všech pracovníků SPÚ se pohybuje okolo 1300.
