Ostrovy objevil 4. března 1663 mořeplavec [[Barent Barentszoon Lam]], který je spatřil z [[Nizozemsko|nizozemské]] lodi ''Maerseveen''. Původně byly ostrovy pojmenovány ''Dina'' (ostrov Prince Edwarda) a ''Maerseveen'' (Marionský ostrov).<ref name="Marion">[http://archive.today/LELa Marion Island - history] {{en}}</ref> V roce 1772 připlul na ostrovy [[Marc-Joseph Marion du Fresne]], který sise mysleldomníval, že objevil [[Antarktida|Antarktidu]]. Ostrovy přejmenoval na ''Terre de l'Espérance'' (Marionský ostrov) a ''Ile de la Caverne'' (ostrov Prince Edwarda)<ref name="Marion" />. Po smrti kapitána Fresne se jeho nástupce [[Jules Crozet]] setkal s kapitánem [[James Cook|Jamesem Cookem]] v [[Kapské Město|Kapském městě]]. Cook chtěl ostrovy navštívit, ale kvůli nepřízni počasí jeho plány nevyšly. V roce 1849 u ostrovů ztroskotal se svou lodí Richard Dart. ZRybářská posádkyloď přežilozachránila pouze 10 lidí, které zachránila rybářská loď z celkového počtu 63 osob na palubě. Průzkumem ostrovu se prvněnejdříve zabýval [[George Nares]], před ním se zde zastavovali pouze velrybáři, lovci a rybáři, ale jekteré samotné ostrovy nezajímalinezajímaly. V roce 1908 ostrovy pronajala [[Spojené království|britská]] vláda [[William Newton|Williamu Newtonovi]], hlavně pro lov tuleňů. V témže roce si zde lovci založili malou vesnici. Pronájem byl ukončen v roce 1926. V roce 1947 Jihoafrická republika se souhlasem Spojeného království postavila na Marionském ostrově [[Meteorologická stanice|meteorologickou stanici]]. Stanice se postupně rozrostla a, kromě meteorologů stanici využívají i vědci zkoumající zdejší přírodu. Dne 22. září 1979 zaznamenal satelit z oběžné dráhy velký záblesk podobný jadernému výbuchu v okolí těchto ostrovů. Tento jev je do dnešních dnů neobjasněn. V letech 1947 až 1948 bylo dohodnuto, že ostrovy připadnou Jihoafrické republice.
