Akbar zpočátku sídlil, stejně jako jeho předchůdci, v [[Dillí]], po roce 1660 však přesunul hlavní město říše do do [[Ágra|Agry]], kde vybudoval palác i další stavby. Roku 1669 založil Akbar nedaleko Ágry, v místech, kde sídlil súfijský světec Salím Čiští, nové palácové město [[Fátehpur-Síkrí]]. Uvádí se, že Akbar město založil z vděčnosti ke světci Čištímu, který vládci předpověděl narození dlouho očekávaných potomků. Fáthepúr Sikrí představuje jednu znejlepších ukázek mughalské architektury, jež se dochovala do současnosti. Akbar se osobně podlel na jeho projektování a dohlížel na stavební práce, údajně nějakou dobu pracoval přímo na stavbě mezi zedníky. Poloha města však nebyla příliš šťastně zvolena a Fátehpur od počátku trpěl nedostatkem vody. Potíže se zásobováním města vodou nakonec dosáhly takových rozměrů, že roku 1685 byla Akbar nucen pracně vybudované sídlo opustit. V posledních dvou desetiletích Akbarovy vlády se stal hlavním městem říše [[Láhaur]], jehož poloha byla strategicky velmi výhodná.
