Žlábek (DNA): Porovnání verzí

[[Soubor:Homeodomain-dna-1ahd.png|thumb|left|[[Homeodoména]] ve vazbě na DNA: Důležitou součástí je [[alfa-helix]], který je v kontaktu s velkým žlábkem. V rámci homeodomény se však vyskytuje i další stabilizační raménko, které kontaktuje [[malý žlábek]] DNA.<ref name="pollard">{{citace monografie| titul= Cell Biology| jméno=Thomas D| příjmení=Pollard| jméno2= William C| příjmení2= Earnshaw| vydání=2|vydavatel=Saunders| rok=2007| isbn=1416022554| strany=928}}</ref>]]

[[B-DNA]] je převažujícím typem dvoušroubovice nacházejícím se v buňkách a proto jsou standardně popisovány žlábky právě v B-DNA. V dvoušroubovici se střídá tzv. '''velký žlábek''' s '''malým žlábkem''', které se (jak název napovídá) liší svou šířkou a hloubkou. Je to způsobeno [[asymetrie|asymetrickým]] uspořádáním [[komplementární pár|párů bází]] na [[cukr-fosfátová kostra|cukr-fosfátových kostrách]] řetězců DNA.<ref name="king">{{citace monografie| titul = A Dictionary of Genetics, Seventh Edition | jméno= Robert C.| příjmení=King| jméno2=William D. | příjmení2=Stansfield| jméno3=Pamela K.| příjmení3=Mulligan | vydavatel = Oxford University Press| rok=2006}}</ref> [[glykosidová vazba|Glykosidické vazby]] totiž vždy vychází z obou dvou [[nukleová báze|nukleových bází]] komplementárního páru na jednu stranu dvoušroubovice, takže na jedné straně je vytvořena větší brázda než na straně opačné.<ref name="duke">{{citace monografie| příjmení=Duke| jméno=Tom, et al| titul = Multiple aspects of DNA and RNA: from Biophysics to Bioinformatics| editoři = Didier Chatenay, et al|vydavatel=Elsevier| rok=2005| isbn = 0-444-52081-3| }}</ref> Velký žlábek je 12 [[Ångström|Å]] široký a 8,5 Å hluboký, malý žlábek je 6 Å široký a 7,5 Å hluboký.<ref name="king" />

Tzv. velký žlábek (G^M)<ref name="king" /> je ten, ve kterém je úhel C_(1')–osa šroubovice–C_(1') větší než 180°.<ref name="voet">{{citace monografie| příjmení = Voet | jméno=Donald |příjmení2= Voet |jméno2=Judith | titul = Biochemie | vydání = 1. | vydavatel=Victoria Publishing| místo=Praha| rok= 1995| isbn= 80-85605-44-9}}</ref> Do velkého žlábku vyčnívají zejména různé skupiny na pozici 6, tzn. [[aminoskupina]] [[adenin]]u, [[ketoskupina]] [[guanin]]u, ale i třeba aminoskupina [[cytosin]]u, ketoskupina a [[methyl]]ová skupina [[thymin]]u a dusík 7 [[purin]]ů. Nachází se tam tedy většina funkčních skupin, které umožňují rozeznání jednotlivých nukleových bází od sebe. Je to zřejmě jeden z důvodů, proč se [[DNA-vazebný protein|DNA-vazebné proteiny]] vážou obvykle do velkého žlábku: je zde spousta míst, s nimiž může protein vytvářet např. [[vodíkový můstek|vodíkové můstky]].<ref name="lehninger" />

Malý žlábek (G^m)<ref name="king" /> je ten, ve kterém je úhel C_(1')–osa šroubovice–C_(1') menší než 180°.<ref name="voet" /> Vyčnívá do něj například aminoskupina [[guanin]]u nebo ketoskupina [[cytosin]]u, ale celkově je v malém žlábku nabídka funkčních skupin chudší.<ref name="lehninger" />

Žlábky u ostatních helikálních forem, zejména u A-DNA a Z-DNA, mají jiné parametry, ale ze zvyku se označují opět jako velký a malý žlábek.<ref name="duke" /> V [[Z-DNA]] je velký žlábek stěží patrný, malý žlábek je úzký a hluboký. V [[A-DNA]] je velký žlábek velmi hluboký, malý žlábek naopak výrazně mělký.<ref name="lehninger">{{citace monografie | jméno = David L. | příjmení= Nelson| jméno2= Michael M.|příjmení2= Cox| titul = Lehninger principles of biochemistry | vydání = 5 | rok = 2008 | vydavatel = W. H. Freeman and Company | místo = New York | isbn = 978-0-7167-7108-1}}</ref>