Light sheet mikroskopie

metoda fluorescenční mikroskopie

Light sheet mikroskopie (light sheet mikroskop, LSM) je metoda fluorescenční mikroskopie, při které je vzorek osvětlován pomocí excitačního paprsku vytvarovaného do plochy, procházející vzorkem kolmo k objektivu. Díky tomu dochází k detekci signálu pouze z roviny ostrosti.[1] Vzorek je tak možné postupně nasnímat ve více rovinách (tzv. optické řezání) a následně jej analyzovat, provádět 3D rekonstrukce či vytvářet časosběrná videa.

V literatuře se lze setkat s množstvím termínů či zkratek označujících přístroje či metody založené na principu light sheet mikroskopie, nejčastěji jsou to: LSM z light sheet microscopy, LSFM z light sheet fluorescence microscopy případně SPIM z single/selective plane illumination microscopy, ve starší literatuře pak OPFOS z orthogonal plane fluorescence microscopy či ultramicroscopy.

HistorieEditovat

Jako množství jiných objevů, i LSM byla známa dlouho před svým širokým rozšířením v poslední dekádě. Siedentopf a Zsigmondy už v roce 1902 publikovali v Analen der Physik návrh mikroskopu, který pracoval na principu osvětlení vzorku kolmo na rovinu pozorování.[2] Vzhledem ke svému fyzikálně-chemickému zaměření přístroj vyvinuli a následně úspěšně využili k pozorování koloidního zlata, respektive ke stanovení velikosti zlatých nanočástic, které byly s rozměry okolo 70 nm hluboko pod difrakčním limitem.

Pro biologii byla tato metoda znovuobjevena až v roce 1993 kdy ji Voie a kol. zkombinovali s fluorescenční mikroskopií a detailně s ní zmapovali aparát vnitřního ucha.[3] Zdokonalením théta konfokální mikroskopie pak byla výzkumnou skupinou Ernsta Stelzera vyvinuta SPIM, jejíž publikace[1] v roce 2004 vzbudila široký zájem o tuto metodu. Velkou zásluhu na tom pravděpodobně měl i dobře zvolený modelový systém. Nasnímáním embryí medaky a octomilky autoři demonstrovali výhody, které oproti ostatním metodám LSM poskytuje. Jsou to zejména rychlost a malá fototoxicita, díky kterým je vhodná právě pro in vivo zobrazování, nezbytné v oblasti vývojové biologie.

Princip a základní konstrukce mikroskopuEditovat

Při LSM je vzorek osvětlován paprskem světla, který je pomocí cylindrických čoček vytvarován do tenké plochy či listu (anglicky sheet¸ odtud název metody). Tento světelný list prochází vzorkem kolmo na optickou osu a zároveň v rovině ostrosti mikroskopu.[4] Dochází pouze k excitaci fluoroforů v rovině ostrosti a nikoliv těch mimo ni. To přináší následující výhody:

  • díky selektivní excitaci pochází veškerý signál pouze z roviny ostrosti,
  • díky excitaci světelným listem je možné najednou detekovat signál z celého zorného pole pomocí kamery (wide-field detekce),
  • díky wide-field detekci je snímání LSM velmi rychlé a vzorek je vystaven mnohem menšímu množství světla.

Vzorek je zobrazován s využitím objektivů s dlouhou pracovní vzdáleností a ve speciální komůrce. Ta může být naplněna jak médiem s optimálním indexem lomu pro zobrazování fixovaných či projasněných vzorků,[5][6] tak využita k udržování ideálních podmínek při pozorování živých preparátů (rostliny, embrya),[7][8] případně může být do mikroskopu uchyceno sklíčko či malá nádobka pro analýzu kapalných vzorků.[9]

Popsané dispozice mikroskopu byly dále modifikovány množstvím laboratoří v závislosti na oblasti výzkumu a pozorovaném objektu.

Modifikace a využitíEditovat

Optimalizaci rozlišení se věnuje skupina vědců okolo Erica Betziga, kteří využili osvětlení vzorku paprskem excitačního světla, který je skrz vzorek jen minimálně rozptylován (tzv. Bessel beam).[10] Rychlým pohybem paprsku (pomocí galvanometrických zrcátek) v ose kolmé na objektiv je vytvořena zdánlivá plocha excitačního světla, kterou lze skenovat vzorek. V kombinaci se strukturovanou iluminací lze dosáhnout rozlišení 230 x 370 nm při stech snímcích za sekundu a nafilmovat například interakci dvou buněk a tvorbu imunologické synapse či migraci buněk skrz extracelulární matrix.[11] Stejným principem lze zkonstruovat LSM se superrezolučním rozlišením (150 x 280 nm). Obdobně lze využít principu deplece stimulovanou emisí (STED-SPIM) či multifotonové excitace ke zlepšení rozlišení LSM.[4]

Další modifikace jsou zaměřeny na zobrazování objemných vzorků, jako jsou rostoucí embrya či celé orgány z dospělců modelových organismů (D. melanogaster, D. rerio, M. musculus). Při zobrazování větších vzorků je excitované světlo při průchodu vzorkem rozptylováno a ve světelném listu vznikají rozdíly v intenzitě (stíny) za rozhraními s výraznými rozdíly v indexech lomu (typicky za lipidovými strukturami). Tomu lze zabránit použitím dvou světelných listů, které osvětlují vzorek z protilehlých stran.[12] Taková konstrukce navíc umožňuje nasnímat dvakrát větší vzorek při zachování stejného rozlišení. Jinou možností je drobná změna úhlu světelného listu čímž se rovnoměrně excitují i zastíněné oblasti.[13] Obdobně je možné se zbavit artefaktů a navíc dosáhnout i lepšího rozlišení s využitím rotace vzorku a nasnímání více rovin, ze kterých se pak složí výsledný obraz.[1] S využitím těchto přístupů byl například nasnímán jedenáctihodinový vývoj embrya octomilky při němž je možné označit a sledovat pohyb každé jednotlivé buňky.

K dalším modifikací patří využití adaptivní optiky,[14][15] či využití synchronizace detekce a iluminace[16] kdy je citlivá jen část snímače odpovídající oblasti vzorku osvětlené excitačním paprskem. Jinou možností je upravit mikroskop tak, aby skrz něj mohl proudit vzorek vody ve kterém je poté možné analyzovat procházející fytoplankton.[17] Další skupiny se zaměřili na co nejjednodušší konstrukci LSM, s využitím pouze jednoho objektivu, který slouží zároveň k iluminaci vzorku i detekci signálu.[18][19] Pro zobrazování vzorků bez nutnosti řešit jejich umístění a fixaci v zobrazovací komůrce, byl vyvinutý invertovaný LSM, ve kterém je vzorek umístěný na stolku jako v běžném invertovaném mikroskopu.[20] K rozšíření LSM a rozvoji mnoha jejích variant významně přispěl OpenSPIM projekt:[21] open-source platforma openspim.org poskytující návod ke stavbě vlastního mikroskopu, který je možné na rozdíl od komerčních řešení libovolně modifikovat pro specifické vzorky.

Z výhod LSM začíná těžit čím dál větší množství oborů. Od pokračujícího využívání ve vývojové biologii,[22][23][8] kde je výhodou hlavně z nízká fototoxicita a velká rychlost umožňující několikahodinové nepřetržité zobrazování vývojových procesů zahrnující detekci jednotlivých buněk a analýzu jejich pohybu během vývoje. Přes morfologické,[24] funkční i klinicky zaměřené[25] studie nervové soustavy kde se využívá možnosti snímat i několikamilimetrové vzorky při zachování submikrometrového rozlišení.[26] Až k aplikacím v onkologickém výzkumu,[27][28] či přímo k využití LSM při peroperační diagnostice.[29]

Srovnání s dalšími metodami optického řezání vzorkuEditovat

Největší výhodou LSM jsou zmíněná rychlost a efektivní iluminace vzorku. U konfokální mikroskopie je excitovaná celá snímaná část vzorku a nežádoucí fluorescence (z nad a pod rovinou ostrosti) je odstíněná clonou umístěnou v dráze emitovaného světla mezi vzorkem a detektorem. To sice ve výsledku vede k detekci signálu pouze z roviny ostrosti, ovšem nijak to nesnižuje množství excitačního světla, kterému je vzorek vystaven. U silnějších preparátů, kde jsou pro trojrozměrnou rekonstrukci postupně snímány desítky až tisíce rovin je celý vzorek vystavovaný excitaci při snímání každé z nich.[30] Při LSM je už samotná excitace selektivní a celková fototoxicita, které je vzorek vystaven je řádově nižší (úměrně velikosti vzorku, respektive počtu snímaných rovin). Selektivní iluminace lze dosáhnout i pomocí multifotonové mikroskopie.[31] V porovnání s ní je však LSM řádově rychlejší, jelikož při konfokální i multifotonové mikroskopii je každá rovina ve vzorku skenovaná bod po bodu. Ve výsledku je snímání, opět v závislosti na velikosti vzorku, řádově rychlejší.[32][33][34]

Související technologieEditovat

Kromě samotného zobrazování, je předpokladem kvalitního výstupu i adekvátní příprava vzorku. Rozvoj LSM podnítil i vývoj nových histologických metod – tzv. projasňovacích (clearing) technik. Ty sjednocují index lomu ve vzorku a minimalizují tak rozptyl světla, který je jedním z hlavních omezení pro zobrazování vzorků větších než zlomky milimetru.[32] Spolu s rozvojem mikroskopie umožňující snímání velkých objemů jde ruku v ruce i vývoj nových způsobů přípravy vzorků. Výsledkem je několik nových metod projasňování a desítky publikovaných protokolů pro různé tkáně i způsoby barvení či snímání. Další práce se zaměřují na optimalizaci přípravy vzorků pro zobrazování živých preparátů jak živočichů,[35] tak rostlin.[7]

Výstupem ze snímání vzorků pomocí LSM jsou často data v řádech jednotek až desítek TB. Akvizice, přemisťování a skladování takto velkých objemů dat, vyžadují pro tyto účely optimalizovaný hardware a zároveň i přehodnocení přístupu k získaným datům a jejich kompresi.[36] Stejně tak samotné prohlížení, registrace a následná analýza vyžadují softwary přizpůsobené práci s takto objemnými daty.[37][38]

V posledních letech se začínají na trhu objevovat i komerční systémy pro LSM od firem Zeiss, Lavision, Leica a 3i, které se liší svou konstrukcí (počet objektivů, způsob uchycení a orientace vzorku) a primárním určením (zobrazování fixovaných a projasněných vzorků nebo celých organismů in vivo).

ReferenceEditovat

  1. a b c HUISKEN, Jan; SWOGER, Jim; BENE, Filippo Del. Optical Sectioning Deep Inside Live Embryos by Selective Plane Illumination Microscopy. Science. 2004-08-13, roč. 305, čís. 5686, s. 1007–1009. PMID: 15310904. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 0036-8075. DOI:10.1126/science.1100035. PMID 15310904. (anglicky) 
  2. SIEDENTOPF, H.; ZSIGMONDY, R. Uber Sichtbarmachung und Größenbestimmung ultramikoskopischer Teilchen, mit besonderer Anwendung auf Goldrubingläser. Annalen der Physik. 1902, roč. 315, čís. 1, s. 1–39. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 0003-3804. DOI:10.1002/andp.19023150102. (anglicky) 
  3. VOIE, A. H.; BURNS, D. H.; SPELMAN, F. A. Orthogonal-plane fluorescence optical sectioning: three-dimensional imaging of macroscopic biological specimens. Journal of Microscopy. 1993-6, roč. 170, čís. Pt 3, s. 229–236. PMID: 8371260. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 0022-2720. PMID 8371260. 
  4. a b ADAMS, Michael W.; LOFTUS, Andrew F.; DUNN, Sarah E. Light Sheet Fluorescence Microscopy (LSFM). Hoboken, NJ, USA: John Wiley & Sons, Inc. Dostupné online. ISBN 9780471142959. DOI:10.1002/0471142956.cy1237s71. S. 12.37.1–12.37.15. (anglicky) 
  5. EPP, Jonathan R.; NIIBORI, Yosuke; HSIANG, Hwa-Lin (Liz). Optimization of CLARITY for Clearing Whole-Brain and Other Intact Organs. eNeuro. 2015-05-01, roč. 2, čís. 3, s. ENEURO.0022–15.2015. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 2373-2822. DOI:10.1523/ENEURO.0022-15.2015. PMID 26464982. (anglicky) 
  6. ERTÜRK, Ali; BRADKE, Frank. High-resolution imaging of entire organs by 3-dimensional imaging of solvent cleared organs (3DISCO). Experimental Neurology. 2013-04, roč. 242, s. 57–64. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 0014-4886. DOI:10.1016/j.expneurol.2012.10.018. 
  7. a b OVEČKA, Miroslav; VAŠKEBOVÁ, Lenka; KOMIS, George. Preparation of plants for developmental and cellular imaging by light-sheet microscopy. Nature Protocols. 2015-07-23, roč. 10, čís. 8, s. 1234–1247. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 1754-2189. DOI:10.1038/nprot.2015.081. (anglicky) 
  8. a b TOMER, Raju; KHAIRY, Khaled; AMAT, Fernando. Quantitative high-speed imaging of entire developing embryos with simultaneous multiview light-sheet microscopy. Nature Methods. 2012-06-03, roč. 9, čís. 7, s. 755–763. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 1548-7091. DOI:10.1038/nmeth.2062. (anglicky) 
  9. WOHLAND, Thorsten; SHI, Xianke; SANKARAN, Jagadish. Single Plane Illumination Fluorescence Correlation Spectroscopy (SPIM-FCS) probes inhomogeneous three-dimensional environments. Optics Express. 2010-05-10, roč. 18, čís. 10, s. 10627–10641. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 1094-4087. DOI:10.1364/OE.18.010627. (anglicky) 
  10. PLANCHON, Thomas A; GAO, Liang; MILKIE, Daniel E. Rapid three-dimensional isotropic imaging of living cells using Bessel beam plane illumination. Nature Methods. 2011-03-04, roč. 8, čís. 5, s. 417–423. Dostupné online. ISSN 1548-7091. DOI:10.1038/nmeth.1586. PMID 21378978. 
  11. CHEN, Bi-Chang; LEGANT, Wesley R.; WANG, Kai. Lattice light-sheet microscopy: Imaging molecules to embryos at high spatiotemporal resolution. Science. 2014-10-24, roč. 346, čís. 6208, s. 1257998. PMID: 25342811. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 0036-8075. DOI:10.1126/science.1257998. PMID 25342811. (anglicky) 
  12. AHRENS, Misha B; ORGER, Michael B; ROBSON, Drew N. Whole-brain functional imaging at cellular resolution using light-sheet microscopy. Nature Methods. 2013-03-18, roč. 10, čís. 5, s. 413–420. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 1548-7091. DOI:10.1038/nmeth.2434. (anglicky) 
  13. HUISKEN, Jan; STAINIER, Didier Y. R. Even fluorescence excitation by multidirectional selective plane illumination microscopy (mSPIM). Optics Letters. 2007-09-01, roč. 32, čís. 17, s. 2608–2610. PMID: 17767321. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 0146-9592. PMID 17767321. 
  14. BOURGENOT, Cyril; SAUNTER, Christopher D.; TAYLOR, Jonathan M. 3D adaptive optics in a light sheet microscope. Optics Express. 2012-06-04, roč. 20, čís. 12, s. 13252–13261. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 1094-4087. DOI:10.1364/OE.20.013252. (anglicky) 
  15. FAHRBACH, Florian O.; VOIGT, Fabian F.; SCHMID, Benjamin. Rapid 3D light-sheet microscopy with a tunable lens. Optics Express. 2013-09-09, roč. 21, čís. 18, s. 21010–21026. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 1094-4087. DOI:10.1364/OE.21.021010. (anglicky) 
  16. BAUMGART, Eugen; KUBITSCHECK, Ulrich. Scanned light sheet microscopy with confocal slit detection. Optics Express. 2012-09-10, roč. 20, čís. 19, s. 21805–21814. PMID: 23037300. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 1094-4087. PMID 23037300. 
  17. WU, Jianglai; CHAN, Robert K. Y. A fast fluorescence imaging flow cytometer for phytoplankton analysis. Optics Express. 2013-10-07, roč. 21, čís. 20, s. 23921–23926. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 1094-4087. DOI:10.1364/OE.21.023921. (anglicky) 
  18. MEDDENS, Marjolein B. M.; LIU, Sheng; FINNEGAN, Patrick S. Single objective light-sheet microscopy for high-speed whole-cell 3D super-resolution. Biomedical Optics Express. 2016-06-01, roč. 7, čís. 6, s. 2219–2236. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 2156-7085. DOI:10.1364/BOE.7.002219. PMID 27375939. (anglicky) 
  19. BOUCHARD, Matthew B.; VOLETI, Venkatakaushik; MENDES, César S. Swept confocally-aligned planar excitation (SCAPE) microscopy for high-speed volumetric imaging of behaving organisms. Nature Photonics. 2015-01-19, roč. 9, čís. 2, s. 113–119. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 1749-4885. DOI:10.1038/nphoton.2014.323. PMID 25663846. (anglicky) 
  20. WU, Yicong; GHITANI, Alireza; CHRISTENSEN, Ryan. Inverted selective plane illumination microscopy (iSPIM) enables coupled cell identity lineaging and neurodevelopmental imaging in Caenorhabditis elegans. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2011-10-25, roč. 108, čís. 43, s. 17708–17713. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. DOI:10.1073/pnas.1108494108. PMID 22006307. 
  21. PITRONE, Peter G; SCHINDELIN, Johannes; STUYVENBERG, Luke. OpenSPIM: an open-access light-sheet microscopy platform. Nature Methods. 2013-06-09, roč. 10, čís. 7, s. 598–599. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 1548-7091. DOI:10.1038/nmeth.2507. (anglicky) 
  22. AMAT, Fernando; LEMON, William; MOSSING, Daniel P. Fast, accurate reconstruction of cell lineages from large-scale fluorescence microscopy data. Nature Methods. 2014-07-20, roč. 11, čís. 9, s. 951–958. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 1548-7091. DOI:10.1038/nmeth.3036. (anglicky) 
  23. BELLE, Morgane; GODEFROY, David; COULY, Gérard. Tridimensional Visualization and Analysis of Early Human Development. Cell. 2017-03, roč. 169, čís. 1, s. 161–173.e12. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 0092-8674. DOI:10.1016/j.cell.2017.03.008. 
  24. ERTÜRK, Ali; MAUCH, Christoph P; HELLAL, Farida. Three-dimensional imaging of the unsectioned adult spinal cord to assess axon regeneration and glial responses after injury. Nature Medicine. 2011-12-25, roč. 18, čís. 1, s. 166–171. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 1078-8956. DOI:10.1038/nm.2600. (anglicky) 
  25. LIEBMANN, Thomas; RENIER, Nicolas; BETTAYEB, Karima. Three-Dimensional Study of Alzheimer’s Disease Hallmarks Using the iDISCO Clearing Method. Cell Reports. 2016-07, roč. 16, čís. 4, s. 1138–1152. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 2211-1247. DOI:10.1016/j.celrep.2016.06.060. PMID 27425620. 
  26. PAN, Chenchen; CAI, Ruiyao; QUACQUARELLI, Francesca Paola. Shrinkage-mediated imaging of entire organs and organisms using uDISCO. Nature Methods. 2016-08-22, roč. 13, čís. 10, s. 859–867. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 1548-7091. DOI:10.1038/nmeth.3964. (anglicky) 
  27. NOJIMA, Satoshi; SUSAKI, Etsuo A.; YOSHIDA, Kyotaro. CUBIC pathology: three-dimensional imaging for pathological diagnosis. Scientific Reports. 2017-08-24, roč. 7, čís. 1. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 2045-2322. DOI:10.1038/s41598-017-09117-0. PMID 28839164. (anglicky) 
  28. TANAKA, Nobuyuki; KANATANI, Shigeaki; TOMER, Raju. Whole-tissue biopsy phenotyping of three-dimensional tumours reveals patterns of cancer heterogeneity. Nature Biomedical Engineering. 2017-10, roč. 1, čís. 10, s. 796–806. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 2157-846X. DOI:10.1038/s41551-017-0139-0. (anglicky) 
  29. GLASER, Adam K.; REDER, Nicholas P.; CHEN, Ye. Light-sheet microscopy for slide-free non-destructive pathology of large clinical specimens. Nature Biomedical Engineering. 2017-06-26, roč. 1, čís. 7, s. 0084. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 2157-846X. DOI:10.1038/s41551-017-0084. PMID 29750130. (anglicky) 
  30. CHEN, Bi-Chang; LEGANT, Wesley R.; WANG, Kai. Lattice light-sheet microscopy: Imaging molecules to embryos at high spatiotemporal resolution. Science. 2014-10-24, roč. 346, čís. 6208, s. 1257998. PMID: 25342811. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 0036-8075. DOI:10.1126/science.1257998. PMID 25342811. (anglicky) 
  31. ZIPFEL, Warren R; WILLIAMS, Rebecca M; WEBB, Watt W. Nonlinear magic: multiphoton microscopy in the biosciences. Nature Biotechnology. 2003-11, roč. 21, čís. 11, s. 1369–1377. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 1087-0156. DOI:10.1038/nbt899. (anglicky) 
  32. a b RICHARDSON, Douglas S.; LICHTMAN, Jeff W. Clarifying Tissue Clearing. Cell. 2015-07, roč. 162, čís. 2, s. 246–257. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 0092-8674. DOI:10.1016/j.cell.2015.06.067. PMID 26186186. 
  33. ASWENDT, Markus; SCHWARZ, Martin; ABDELMOULA, Walid M. Whole-Brain Microscopy Meets In Vivo Neuroimaging: Techniques, Benefits, and Limitations. Molecular Imaging and Biology. 2016-09-02, roč. 19, čís. 1, s. 1–9. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 1536-1632. DOI:10.1007/s11307-016-0988-z. (anglicky) 
  34. TOMER, Raju; YE, Li; HSUEH, Brian. Advanced CLARITY for rapid and high-resolution imaging of intact tissues. Nature Protocols. 2014-06-19, roč. 9, čís. 7, s. 1682–1697. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 1754-2189. DOI:10.1038/nprot.2014.123. PMID 24945384. (anglicky) 
  35. KAUFMANN, Anna; MICKOLEIT, Michaela; WEBER, Michael. Multilayer mounting enables long-term imaging of zebrafish development in a light sheet microscope. Development. 2012-09-01, roč. 139, čís. 17, s. 3242–3247. PMID: 22872089. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 0950-1991. DOI:10.1242/dev.082586. PMID 22872089. (anglicky) 
  36. REYNAUD, Emmanuel G; PEYCHL, Jan; HUISKEN, Jan. Guide to light-sheet microscopy for adventurous biologists. Nature Methods. 2015-01, roč. 12, čís. 1, s. 30–34. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 1548-7091. DOI:10.1038/nmeth.3222. (anglicky) 
  37. PIETZSCH, Tobias; SAALFELD, Stephan; PREIBISCH, Stephan. BigDataViewer: visualization and processing for large image data sets. Nature Methods. 2015-06, roč. 12, čís. 6, s. 481–483. Dostupné online [cit. 2018-06-19]. ISSN 1548-7091. DOI:10.1038/nmeth.3392. (anglicky) 
  38. PREIBISCH, Stephan; SAALFELD, Stephan; SCHINDELIN, Johannes. Software for bead-based registration of selective plane illumination microscopy data. Nature Methods. 2010-06, roč. 7, čís. 6, s. 418–419. Dostupné online. ISSN 1548-7091. DOI:10.1038/nmeth0610-418.