Poté se Schnitzer oženil s vdovou po Ismailovi, ženou [[Řecko|řeckého]] původu, a odstěhoval se s ní a jejími dětmi zpět do Nisy. V září [[1875]] se vypravil do [[Egypt]]a a v roce [[1876]] se na žádost [[Charles George Gordon|Charlese George Gordona paši]], guvernéra [[súdán]]ské provincie [[Equatoria]], stal vrchním equatorijským lékařem. Přijal jméno ''Mehmed Emin'', avšak není jisté, zda konvertoval k [[islám]]u. Sbíral nejrůznější [[rostlinaRostliny|rostliny]] a [[živočich]]y, z nichž mnoho věnoval [[Evropa|evropským]] [[muzeum|muzeím]]. Diplomatická mise do [[Buganda|Bugandy]] a [[Bunyoro|Bunyora]] (dvou významných [[království]] na území dnešní [[Uganda|Ugandy]]), na niž Gordon paša Schnitzera vyslal, se setkala s úspěchem, mj. díky Schnitzerovu skromnému vystupování a skvělým znalostem jazyka [[Luganda]]. ''Mehmed Emin efendi'' navšívil [[jezero]] [[Ukerewe]], prozkoumal [[Somerset]] a podnikl cestu z [[Lado|Lada]] přes [[Dusile]], [[Magungo]], [[Masinsi]], [[Mruli]], řeku [[Kafur]] a [[Unyoro]] do [[Rubagha|Rubaghy]]. V roce [[1878]] ho egyptský [[místokrál]] jmenoval guvernérem Equatorie a daroval mu titul ''bej''. Poté se Schnitzer vypravil z Rubaghy k jezeru Ukerewe a přes Mruli a [[Fauvera|Fauveru]] zpět do Magunga. V Unyoru zjistil, že [[Beatricin záliv]] (objevený [[Henry Morton Stanley|Henrym Mortonem Stanleym]]) nepatří navzdory Stanleyho domněnce k [[Mwutan]]u, nýbrž k jižní mořské pánvi. V roce [[1879]] se vydal na neprozkoumaný západní břeh Mwutanu a o rok později navštívil [[Makraka|Makraku]]. V roce [[1881]] byly k jeho provincii připojeny oblasti [[Rohl]] a [[Amadi]], část území [[Niam-Niam]] a celé [[Monbuttu]]. Téhož roku vypuklo na severu [[Mahdího povstání]] a Equatoria byla odříznuta od okolního světa. V roce [[1884]] se [[Karam Allah]] vypravil dobýt Equatorii. ''Mehmed Emin bej'' se rozhodl zůstat v provincii. Na pomoc se mu vypravil Henry Morton Stanley a chystaly se i další záchranné expedice (např. z [[Spojené státy americké|USA]] či [[Německo|Německa]]), avšak ukázalo se, že Emin, mezitím jmenovaný ''pašou'', se nenachází v ohrožení.
Poté chtěl Schnitzer pokračovat ve svých cestách po [[Afrika|Africe]], a to ve službách [[Německá východoafrická společnost|Německé východoafrické společnosti]] (spolu s [[Franz Stuhlmann|Franzem Stuhlmannem]]), avšak byl v [[Kinena|Kineně]] [[vražda|zavražděn]] dvěma [[Arab]]y, pravděpodobně obchodníky s [[otrok]]y. Ferida, jeho šestiletá dcera z druhého [[manželství]], byla poté zajata a prodána do [[otrok|otroctví]].
