V průběhu druhé světové války došlo (stejně jako u mnoha podobných případů česko-německých národnostních enkláv v době Protektorátu) k růstu národnostního napětí. Jeden z největších konfliktů byl hned v březnu 1939, kdy německy mluvící obyvatelé napadli a zdevastovali českou základní školu v Dobroníně a pokusili se přitom lynčovat českého učitele, čemuž zabránili rychle se sběhnuvší čeští sedláci. Po tomto konfliktu byla tato česká škola zrušena. Dobronín poté místní nacisté označili za „bolševickou vesnici“ a mnoho údajných „komunistů“ skončilo v koncentračních táborech. Tvrzení o "bolševické vesnici" je výsledkem práce poválečné politické propagandy a není doloženo historickýmí dokumenty.
K dalšímu růstu napětí přispěla vedlejší vesnice Bergersdorf (dnes [[Kamenná (okres Jihlava)|Kamenná]]), které v roce 1943 udělil generál a Obergruppenführer SS Gottlob Berger titul "vzorové vesnice SS" - jako vůbec jediné obci nacistické říše, mj. proto, že z 246 obyvatel Bergersdorfu vstoupilo do jednotek SS 46 osob. Po skončení války, konkrétně dne 19. května 1945, pak mělo být na louce zvané [[Budínka|„Budínka“]] (mezi obcí Dobronín a místní částí [[Nové Dvory (Polná)|Nové Dvory]] města [[Polná]]) zavražděno až 17 občanů německé národnosti. Tuto [[Masakr u Dobronína|událost]] dokládá deska ve farním kostele ve [[Ždírec (okres Jihlava)|Ždírci]], kde je pod velkým křížem (jenž přežil několik požárů) umístěna pamětní deska s nápisem ''„Památce a vzpomínce našim otcům, kteří zemřeli v květnu 1945. Příbuzní“''. Tuto událost již od poloviny roku [[2009]] prošetřuje Krajské [[státní zastupitelství]] v [[Brno|Brně]], od roku [[2010]] vede vyšetřování události Krajské ředitelství Policie ČR se sídlem v Jihlavě.<ref>Michal Kolařík, Miroslav Mareš; [http://jihlavsky.denik.cz/zlociny-a-soudy/ukryva-louka-u-dobronina-masovy-hrob20090723.html Louka u Dobronína ukrývá masový hrob], jihlavsky.denik.cz, 23. července 2009</ref><ref>[http://www.jihlavske-listy.cz/clanek4759-tajemstvi-budinky-ceska-louka-nemecky-hrob.html Tajemství Budínky: česká louka, německý hrob], jihlavske-listy.cz, 26. října 2009</ref>. V srpnu 2010 došlo na označeném místě k archeologicko-kriminalistickému odkrytí zeminy a skutečně byly nalezeny lidské ostatky, ovšem jen šesti těl. V prosinci 2010 antropologický průzkum zvýšil počet obětí na nejméně 13 osob ve věku 30-60let, všichni muži.<ref>Eliška Kolínková, [http://jihlava.idnes.cz/v-masovem-hrobe-u-dobronina-lezelo-nejmene-13-lidi-zni-zaver-antropologu-1n1-/jihlava-zpravy.asp?c=A101203_133116_jihlava-zpravy_bor V masovém hrobě leželo nejméně 13 lidí], idnes.cz, 3. prosince 2010</ref>
Současný Dobronín vznikl 14. prosince 1948 spojením dvou původně německých vesnic – Dobronína (Dobrenz) a [[#Německý Šicendorf|Německého Šicendorfu]] (Deutsch Schützendorf).<ref name="Prchal"/>
