Dne [[19. říjen|19. října]] [[2000]] si vzala herce [[Scott Foley|Scotta Foleyho]], se kterým se setkala v roce [[1998]] při natáčení seriálu ''Felicity''. Po oddělenírozchodu s Foleym v březnu 2003 podala v květnu 2003 GarnerGarnerová žádost o rozvod, kde citovalauvedla jako důvod neslučitelné rozdíly a oficiálně se rozvedli [[30. březen|30. března]] [[2004]]. Po jejím oddělenírozvodu chodila od dubna [[2003]] do března [[2004]] s kolegou ze seriálu ''[[Alias (seriál)|Alias]]'', [[Michael Vartan|Michaelem Vartanem]].
V polovině roku [[2004]] začala chodit se svým kolegou sz filmu [[Daredevil]], [[Ben Affleck|Benem Affleckem]]. Poprvé se spolu na veřejnosti objevili jako pár v říjnu 2004 na prvním zápase sezóny [[Boston Red Sox]]. Již od začátku vztahu s Affleckem, prvněnejprve jako přítelkyně potéa později jako manželka, se Garner objevilaobjevovala v mnoha [[bulvár]]ních médiích. V roce 2009 řekla: "Ben mě naučil, že ty věci nemůžetenemám číst, že je to jed." PřiV den jejích 33. narozenináchnarozenin ji Affleck požádal o ruku s 4,5 [[karát]]ovým (900 mg) [[diamant]]ovým prstýnkem od Harryho Winstona. Affleck se oženil s GarnerGarnerovou, která byla v té době ve třetím měsíci těhotenství, napři soukromém obřadu v [[Karibik]]u dne [[29. červen|29. června]] [[2005]]. Mají spolu tři děti, dcery Violet Anne Affleck (* [[1. prosinec|1. prosince]] [[2005]]) a Seraphinu Rose Elizabeth Affleck (* [[6. leden|6. ledna]] [[2009]]) a syna Samuela Garnera Afflecka (* [[27. únor]]a [[2012]]).
