Po ukončení hráčské kariéry trénoval v Dynamu nejprve [[mládež]] a od roku 1990 působil jako asistent u A-týmu dospělých. Po odchodu [[Jindřich Dejmal|JindřchaJindřicha Dejmala]] se stal v roce [[1993]] hlavním trenérem. V sezoně 1996/1997 dovedl klub na historicky nejlepší umístění v první lize - 6. místo. Od 9. října [[1997]] působil ve [[SK Slavia Praha|Slavii Praha]], kde mu byla i přes úspěch v [[Pohár vítězů pohárů|PVP]] 26. dubna 1998 předčasně ukončena smlouva. Poté se vrátil do SK České Budějovice, které mezitím sestoupilo do druhé ligy. Poté co s klubem postoupil zpět do první ligy a v následující sezóně s ním obsadil 14. místo, odešel na jednu sezónu do [[FC Brno]]. Budějovický klub bez něj znovu sestoupil, a tak se stal jeho úkolem po jeho návratu opět postup do první ligy, což se mu podařilo. Na začátku sezóny 2004/05 byl od týmu odvolán a o několik týdnů později nastoupil jako hlavní trenér [[Marila Příbram|Marily Příbram]], kterou trénoval až do září 2006. V [[1. Gambrinus liga 2008/09|sezóně 2008/2009]] se znovu vrátil do českobudějovického Dynama, kde vystřídal [[Jan Kmoch|Jana Kmocha]]<ref>[http://fotbal.idnes.cz/fotbalove-budejovice-hlasi-trener-pavel-tobias-poctvrte-pef-/fotbal.asp?c=A080827_102143_fotbal_mn Fotbalové Budějovice hlásí: Trenér Pavel Tobiáš počtvrté!]</ref>, neboť týmu patřila po čtyřech kolech se ziskem jediného bodu poslední příčka. Pod jeho vedením tým zaznamenal sérii jedenácti zápasů bez porážky (téměř tak vyrovnal rekord ze sezóny 1993/94, kdy mužstvo neprohrálo dvanáctkrát za sebou<ref>[http://fotbal.idnes.cz/budejovicti-fotbaliste-na-podzim-uspeli-az-na-vypadek-s-bohemians-p95-/fotbal.asp?c=A081202_111810_fotbal_ald Budějovičtí fotbalisté na podzim uspěli. Až na výpadek s Bohemians]</ref>) a po podzimní části přezimoval s 18 body na 12. místě. V jarní části Dynamo své postavení ještě vylepšilo a celkově skončilo na 10. místě. Týmu se vydařil i vstup do [[1. Gambrinus liga 2009/10|sezóny 2009/10]] - po dvou kolech mu patřilo 2. místo, pak však přišlo pět porážek v řadě a po 8. kole pád na poslední příčku, na které setrvával i po 10. kole. Po debaklu se Spartou (0:5) v [[Ondrášovka Cup|poháru ČMFS]] byl trenér odvolán a nahradil jej [[Jaroslav Šilhavý]]<ref>[http://sport.ihned.cz/c1-38647690-kouc-fotbalistu-budejovic-tobias-byl-odvolan-nahradi-ho-silhavy Kouč fotbalistů Budějovic Tobiáš byl odvolán, nahradí ho Šilhavý]</ref>.
