VJan mladší Pluh z Rabštejna se rozhodl pro stav duchovní a po vysvěcení získal nejprve faru v Českých Budějovicích. Dále začal studovat v Římě, kde se stal doktorem práv (některé prameny uvádějí v Bonnonii, tedy Bologna), apoštolským protonotářem a kanovníkem u sv. Víta. Litoměřickým proboštem jej jmenoval papež v roce 1447, protože jeho předchůdce Jakub z Nymburka v Římě zemřel. Podle tehdejších církevně právních předpisů náleželo jmenování litoměřického probošta za těchto okolností přímo papeži. Jeho bratr Prokop z Rabštejna byl v letech 1453-1463 nejvyšším kancléřem a oddaným stoupencem krále Jiřího z Poděbrad. Měl přímý vztah k Aeneáši Sylviovi Piccolominimu, s nímž vyjednával přípravy k basilejskému koncilu, za jehož přípravu byl odměněn.
Protože litoměřický probošt Jan Pluh z Rabštejna toužil po dalším vzdělávání i hodnostech, rezignoval před slavnostní korunovací krále Ladislava (28. října 1453) na litoměřické proboštství a přešel jako jmenovaný probošt na Vyšehrad. Jako tamní probošt se více věnoval svým humanistickým cílům. Král Jiří z Poděbrad ho pro jeho schopnosti posílal na důležitá diplomatická jednání. Roku 1459 jel s poselstvím do Říma k papeži,. Patřil ke straně mírných. Za své služby byl povýšen do panského stavu roku [[1463]]. V roce 1473 byl od krále pověřen důležitým jednáním ve Slezsku ve Vratislavi, ale 19. listopadu téhož roku náhle v uherském Budíně zemřel. Jan Pluh byl jako vyšehradský probošt posledním českým kancléřem, který byl podle staré přemyslovské tradice duchovním. Jeho nástupcem ve funkci kancléře se stal jeho bratr [[Prokop z Rabštejna]], ale ten byl již laikem.
