V květnu [[1945]] se H. Píka vrátil do Prahy, kde byl jmenován náměstkem náčelníka generálního [[štáb]]u [[Československá armáda|Československé armády]]. V tomto období byl oceněn i dvěma sovětskými vyznamenáními.
Po [[Únor 1948|únoru]] [[1948]] byl zatčen a obviněn z vlastizrady a ve [[vykonstruovaný proces|vykonstruovaném soudním procesu]] byl odsouzen k trestu smrti oběšením, který byl vykonán [[21. červen|21. června]] [[1949]] na dvoře [[plzeň]]ské [[věznice Bory]].
Tělo generála se po pitvě "ztratilo" nepohřbeno a dosud nebylo nalezeno.
Ve stejné věznici, kde H. Píka čekal smrt, byl ve vazbě i jeho syn [[Milan Píka|Milan]], který byl za [[Druhá světová válka|války]] u [[Royal Air Force|Britského královského letectva]]. Jeho pronásledování bylo však na nátlak L. Svobody pro nedostatek důkazů zastaveno.
