Při '''endomykorhize''' neboli '''endotrofní mykorhize''' pronikají [[hyfa|houbová vlákna]] dovnitř do [[kořen]]ových buněk [[rostliny]]. Známe několik druhů endomykorhizy. Jejich názvy jsou často odvozené od skupiny rostlin, v níž se daná mykorhiza vyskytuje. Nejčastější houboví symbionti jsou z oddělení ''[[Glomeromycota]]''. Endomykorhiza zahrnuje výhradně specializované symbiotické houby, které jsou na svých hostitelích natolik závislé, že bez jejich podpory už nejsou schopny přežívat (a to většinou ani v umělých kulturách).<ref>{{Citace elektronické monografie
| příjmení = Korčáková
| jméno = Hana
| odkaz na autora =
| titul = BIOLOGICKÁ OLYMPIÁDA 46. ročník školní rok 2011-2012