'''Fylogeneze''' (z [[řečtina|řec.]] ''fylé'', = kmen a ''genesis'', = zrození, původ) nebo také '''fylogenetický vývoj''' znamená vývoj [[druh (biologie)|druhů]] [[organismus|organismů]]. Fylogeneze je historický proces, který většinou nelze přímo pozorovat, ale musí se rekonstruovat na základě [[evoluční teorie]]. Protějškem fylogeneze je ontogeneze (morfogeneze), pravidelný vývoj jedince k dospělosti. Věda zkoumající fylogenezi se nazývá [[fylogenetika]]. Grafickým znázorněním vzájemných vztahů mezi skupinami organismů jsou [[fylogenetický strom|fylogenetické stromy]].
