[[Soubor:Kraków - Collegium Novum 01.JPG|thumb|250px|left|Collegium Novum.]]
Po třetím [[dělení Polska]] v roce [[1795]] a vstupu rakouských vojsk do [[Krakov]]aKrakova hrozilo univerzitě úplné zastavení činnosti. Teprve intervence některých profesorů ve [[Vídeň|Vídni]] umožnila škole další působení, i když dosti omezené. Situace se příliš nezměnila ani po porážce [[Rakousko|Rakouska]] ve válce s [[Francie|Francií]] v roce [[1809]], kdy se Krakov stal součástí [[Varšavské vévodství|Varšavského vévodství]]. Velkého významu nabyla univerzita v době tzv. [[KrakovskáSvobodné republikaměsto Krakov|Krakovské republiky]] v letech [[1815]]-[[1846]] ([[1848]]). V tomto období měla velký vliv na státní politiku (mj. měla právo jmenovat 3 zástupce do parlamentu a 2 do senátu). V roce 1817 byl oficiální název univerzity změněn na Jagellonská univerzita.
Po opětovném přičlenění [[Krakov]]aKrakova k [[Rakousko|Rakousku]] v roce [[1846]] nastalo další období [[germanizace]]. Určité ulehčení přišlo teprve po roce 1861, kdy získala [[Halič]] v rámci [[Rakouské císařství|Rakouského císařství]] autonomii, jež se ještě více rozšířila po vzniku [[Rakousko-Uhersko|Rakouska-Uherska]] v roce [[1867]]. V 70. letech 19. století se opět stala hlavním vyučovacím jazykem [[polština]].
Od roku [[1897]] mohly na univerzitě studovat také ženy, nejprve pouze [[farmacie|farmacii]]. V roce [[1918]] jim byla zpřístupněna jako poslední i fakulta právní.
