Lidské tělo bojuje s bakteriemi pomocí některých složek [[imunitní systém|imunitního systému]]. Je velký rozdíl, zda se ejdnájedná o bakterie žijící uvnitř nebo vně lidských buněk. Proti extracelulárním bakteriím (žijícím mimo lidské buňky; namátkou [[streptokok]]y či [[neisseria|neisserie]]) v těle bojují hlavně buňky [[neutrofilní granulocyt|neutrofily]]. K tomu jim však pomáhá i tzv. [[komplement (biologie)|komplement]] a různé [[protilátka|protilátky]], které [[opsonizace|opsonizují]] povrch bakterie a usnadní její [[fagocytóza|fagocytózu]].<ref name=ferencik>{{citace monografie| příjmení=Ferenčík|jméno=M| příjmení2=Rovenský|jméno2=J|příjmení3=Shoenfeld| jméno3=Y| příjmení4=Maťha | jméno4=V| titul=Imunitní systém; informace pro každého| vydavatel=Grada Publishing| místo=Praha| rok=2005| vydání=1. české}}</ref>
Vnitrobuněčné bakterie jsou cílem aktivovaných [[makrofág]]ů, vyšší stupeň obrany proti nim představují [[cytotoxický T-lymfocyt|T<sub>C</sub>-lymfocyty]].<ref name=ferencik />
