Vize uskutečnění nanotechnologie samozřejmě hrozí i totální apokalypsou. Roboti by mohly přestat poslouchat a obrátit se proti nám! Nebo by lidé začli konstruovat nanorobotické [[vir]]y. Miliony množících se neviditelných robotků by svoji obětoběť mohly jednoduše rozebrat. Špionáž by také dostala doslova nové rozměry. Australský spisovatel '''[[Greg Egan]]''' ve svém ''[[Axiomat (sbírka povídek)|Axiomatu]]'' varuje před hypotetickou schopností nanostrojů měnit psychiku člověka jednoduchým přepojováním neuronů v mozku. Dokázaly by změnit naší sexuální orientaci, preference, povahu, pocity a „nalily“ nám do hlavy nové znalosti. A přimět nás uvěřit v cokoli a zapomenout.