Hlavním úkolem první mise Voyager bylo vypátrat plavidlo vzbouřených Maqvitů (posádkou Maqvitské lodi byl komandér Chakotay, poručík B´elana Torresová, Seska, Tabor a v té době poručík Tuvok, který byl na tajné misi, aby získal informace o nové Kardasianské zbrani. Byl však přenesen pomocí neznámé technologie, která vytvářela subprostorový neotachyonový rift na druhý konec naší galaxie do [[delta kvadrant]]u zhruba 75 000 světelných let od domova (Alfa kvadrant).
Na své cestě se Voyager nevyhnul kontaktu s [[Borg]]y, kteří ovládají 2/3 delta kvadrantu. Ten však neskončil asimilací, ale naopak ziskem nového člena posádky ([[Sedmá z devíti|Sedmé z devíti]]) (vlastním jménem Anika Hansen a po asimilaci Sedmá z devíti - terciálníterciární doplněk unimatrice nula jedna) borgské technologie. Významnou modernizaci v podobě ablativního pancéřování (v angličtině ablative armor) a transfázových torpéd (maskovací technologie nebyla kompatibilní) Voyager prodělal těsně před návratem na [[Země|Zemi]], díky příchodu admirála Janewayové z alternativní budoucnosti a její pomoci, když obětovala sebe, aby Voyager, který použil tranwarpový uzel, mohl zničit uzel zničit a borgové jej nemohli dále používat v Delta kvadrantu. Admirál Janewayová se nechala asimilovat borgskou královnou, přičemž ji nakazila neurotoxickým patogenem, smrtícím pro Borgy. Štíty, které chránily konstrukce transwarpovéhu uzlu byly smrtí královny, která regulovala jejich energii, destabilizovány a Voyager je mohl zničit transfázovými torpédy. Během cesty byl Voyager vtažen do borgské koule a po dosažení Alfa kvadrantu ji rozstřelil zevnitř. Kapitán Janewayová přijímá videohovor od Admirála Parise (otec Toma Parise) a pak dává rozkaz komandéru Chakotayovi k odletu na Zem.
