Velkým problémem, se kterým se ČZS potýká je fakt, že organizace vznikla před více než padesáti lety a do TRŽNÍ''tržní'' atmosféry došla bez větších změn v organizační struktuře. I proto v současnosti klesá počet členů a svaz nemá respekt orgánů státní správy, ani samotných zahrádkářů. Sama činnost, převládající na zahradách, se posunula od pěstování nedostatkového ovoce a zeleniny k rekreačnímu využití. Dříve se zahrady využívaly do posledního centimetru jako plantáže jahod, cibule, mrkve, apod. Dnes, kdy obchody nebízejí toto zboží celoročně, se více zahrádkářů věnuje trávníkům, ozdobným keřům a tropickým dřevinám, květinám. Ale po tomto úpadku pěstitelské činnosti musí zákonitě nastat obrat zpět, protože si každý uvědomuje chuťový a kvalitativní rozdíl mezi dováženým ovocem a vlstními výpěstky. A právě v tom spatřujeme význam ČZS do budoucnosti - poradit a naučit zahrádkáře pěstovat a pečovat o plodiny.