Jeden z dřívějších problémyproblémů s Fibre Channel SAN byl, že karty a další hardware od různých výrobců nebyl zcela kompatibilní. Ačkoli základní skladovací protokoly [[FCP]] byly vždy jako standardy, některýněkteré z vyšších funkcí nepracovalinepracovaly korektně. Mnoho řešení byla na trh vydána ještě před dokončením standardů.
Kombinované úsilí členů [[Storage Networking Industry Association]] ([[SNIA]]) situaci zlepšilo. Ale I dnes nejdražší zařízení distributorů, s HBAS [[switch|switchem]] a diskovým úložištěm vykazují chyby s použítým [[hardware | hardwaru]] různých firem.
