Viroidy se replikují v [[buněčné jádro|jádru]] buňky, nejvíce se jich nachází v [[jadérko|jadérku]]. Replikace se provádí metodou '''rolujícíhovalivé kruhukružnice''', tj. opakovaným přepisem cyklického viroidu do komplementární lineární multimerní RNA. Tento přepis katalyzuje buněčná [[RNA polymeráza]] II. Multimery se autokatalicky stříhají na jednotlivé monomery. Ligací monomerů vznikají ''minus'' antiviroidy, podle nichž [[RNA polymeráza]] I v jadérku syntetizuje ''plus'' viroidy.
