Mezi věřícími občany města převažují [[Protestantismus|protestantéprotestanti]], třetina obyvatelstva je ovšem bez konfese. Ve městě je největší protestantská komunita v Sasku: církevní obec [[Chrám svatého Petra (Budyšín)|sv. Petra]], která má asi 5800 členů.<ref>{{Citace elektronické monografie | příjmení = Mahling | jméno = Jan | titul = Aus der Geschichte der Ev.-Luth. Kirchgemeinde St. Petri in Bautzen | url = http://www.kirche-bautzen.de/pages/geschichte/geschichte_stpetri.pdf | datum vydání = 2002 | datum přístupu = 2018-04-27 | vydavatel = Ev.-Luth. Kirchgemeinde St. Petri in Bautzen | jazyk = de}}</ref> Z ní vzešla komunita „Bautzen-Gesundbrunnen“, která se v roce 1994 stala nezávislou protestantskou [[farnost]]í. Dvojjazyčná [[Katolicismus|katolická]] farnost svatého Petra patří se svými asi 5000 členy k největším svého druhu v [[Diecéze drážďansko-míšeňská|drážďansko-míšeňské diecézi]]. Obě křesťanské komunity sdílejí Chrám svatého Petra, který je nejstarším [[Simultánní kostel|simultánním kostelem]] v Německu a zároveň jedním z největších tohoto typu.<ref>{{Citace monografie | příjmení = Bensch | jméno = Andreas | titul = Chronologie der Stadt Bautzen 1002–2001 | vydavatel = Lausitzer Dr.- und Verl.-Haus | místo = Bautzen | rok = 2001 | vydání = 1 | počet stran = 62 | strany = 18 | isbn = 978-3-930625-31-4 | jazyk = de}}</ref>
