Wikipedie

SARS-CoV-2: Porovnání verzí

Interaktivně procházet historii
← Přejít na předchozí porovnáníPřejít na další porovnání →
Smazaný obsah Přidaný obsah
VizuálníWikitext
Mutace viru z oddílu Příznaky nakažení "povýšeny" do samostatného oddílu
Řádek 1 402:
}}</ref>
 
=== Mechanismus nakažení ===
Virus vstupuje do buňky prostřednictvím vazby na peptidázu [[Angiotenzin konvertující enzym|angiotensin konvertáza]] (ACE2), který je silně exprimován na epiteliálních buňkách typu II [[Plicní sklípek|plicních alveol]] a řasinkovém epitelu průdušinek. [[Angiotenzin konvertující enzym|Angiotensin konvertáza]] je dimer (ACE2) a tvoří komplex s dalším proteinem B0AT1, který slouží jako transmembránový přenašeč aminokyselin. Dimer ACE2 je vlastním vazebným místem pro virový glykoprotein S, jehož trimer tvoří výběžky (spike) obalu koronaviru SARS-CoV-2.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Yan
Řádek 1 602:
| doi = 10.1128/AAC.01043-16
}}</ref>
 
=== Významné varianty a mutace SARS-CoV-2 ===
Virus během šíření v populaci přirozeně mutuje s frekvencí 1–2 mutace/měsíc<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Duchene
| jméno1 = Sebastian
| příjmení2 = Featherstone
| jméno2 = Leo
| příjmení3 = Haritopoulou-Sinanidou
| jméno3 = Melina
| příjmení4 = Rambaut
| jméno4 = Andrew
| příjmení5 = Lemey
| jméno5 = Philippe
| příjmení6 = Baele
| jméno6 = Guy
| titul = Temporal signal and the phylodynamic threshold of SARS-CoV-2
| periodikum = Virus Evolution
| ročník = 6
| číslo = 2
| datum_vydání = 2020-07-01
| strany = veaa061
| url = https://academic.oup.com/ve/article/6/2/veaa061/5894560
| datum_přístupu = 2020-12-28
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1093/ve/veaa061
}}</ref> a dominantní se stávají linie s vyšší transmisí. V únoru 2020 se objevila mutace D614G a rychle se stala dominantní,<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Korber
| jméno1 = Bette
| příjmení2 = Fischer
| jméno2 = Will M.
| příjmení3 = Gnanakaran
| jméno3 = Sandrasegaram
| příjmení4 = Yoon
| jméno4 = Hyejin
| příjmení5 = Theiler
| jméno5 = James
| příjmení6 = Abfalterer
| jméno6 = Werner
| příjmení7 = Hengartner
| jméno7 = Nick
| příjmení8 = Giorgi
| jméno8 = Elena E.
| příjmení9 = Bhattacharya
| jméno9 = Tanmoy
| příjmení10 = Foley
| jméno10 = Brian
| příjmení11 = Hastie
| jméno11 = Kathryn M.
| příjmení12 = Parker
| jméno12 = Matthew D.
| příjmení13 = Partridge
| jméno13 = David G.
| příjmení14 = Evans
| jméno14 = Cariad M.
| příjmení15 = Freeman
| jméno15 = Timothy M.
| příjmení16 = de Silva
| jméno16 = Thushan I.
| příjmení17 = McDanal
| jméno17 = Charlene
| příjmení18 = Perez
| jméno18 = Lautaro G.
| příjmení19 = Tang
| jméno19 = Haili
| příjmení20 = Moon-Walker
| jméno20 = Alex
| příjmení21 = Whelan
| jméno21 = Sean P.
| příjmení22 = LaBranche
| jméno22 = Celia C.
| příjmení23 = Saphire
| jméno23 = Erica O.
| příjmení24 = Montefiori
| jméno24 = David C.
| příjmení25 = Angyal
| jméno25 = Adrienne
| příjmení26 = Brown
| jméno26 = Rebecca L.
| příjmení27 = Carrilero
| jméno27 = Laura
| příjmení28 = Green
| jméno28 = Luke R.
| příjmení29 = Groves
| jméno29 = Danielle C.
| příjmení30 = Johnson
| jméno30 = Katie J.
| příjmení31 = Keeley
| jméno31 = Alexander J.
| příjmení32 = Lindsey
| jméno32 = Benjamin B.
| příjmení33 = Parsons
| jméno33 = Paul J.
| příjmení34 = Raza
| jméno34 = Mohammad
| příjmení35 = Rowland-Jones
| jméno35 = Sarah
| příjmení36 = Smith
| jméno36 = Nikki
| příjmení37 = Tucker
| jméno37 = Rachel M.
| příjmení38 = Wang
| jméno38 = Dennis
| příjmení39 = Wyles
| jméno39 = Matthew D.
| titul = Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus
| periodikum = Cell
| ročník = 182
| číslo = 4
| datum_vydání = 2020-08
| strany = 812–827.e19
| url = https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30820-5
| datum_přístupu = 2020-12-28
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1016/j.cell.2020.06.043
}}</ref> a epidemiologická data ji nejčastěji spojují se ztrátou čichu.<ref>{{Citace periodika
| příjmení = Butowt
| jméno = Rafal
| příjmení2 = Bilinska
| jméno2 = Katarzyna
| příjmení3 = Von Bartheld
| jméno3 = Christopher S.
| titul = Chemosensory Dysfunction in COVID-19: Integration of Genetic and Epidemiological Data Points to D614G Spike Protein Variant as a Contributing Factor
| periodikum = ACS Chemical Neuroscience
| datum vydání = 2020-10-21
| ročník = 11
| číslo = 20
| strany = 3180–3184
| issn = 1948-7193
| pmid = 32997488
| doi = 10.1021/acschemneuro.0c00596
| jazyk = en
| url = https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acschemneuro.0c00596
| datum přístupu = 2021-02-25
}}</ref>
 
Prostředím pro častější vznik mutací jsou např. pacienti s oslabenou imunitou, u kterých onemocnění covid-19 může probíhat po dobu několik měsíců. Při léčbě konvalescentní plasmou pak dochází k selekci mutantních kmenů, které vykazují vyšší rezistenci vůči protilátkám díky kombinaci delecí a záměn aminokyselin ve spike-proteinu (D796H a ΔH69/ΔV70).<ref>[https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.05.20241927v2 Kemp s a et al., Neutralising antibodies drive Spike mediated SARS-CoV-2 evasion, MedXriv, 19.12.2020]</ref>
Podle generálního ředitele [[WHO]] [[Tedros Adhanom Ghebreyesus|Tedrose Adhanoma Ghebreyesuse]] se jedná o běžný a očekávaný jev a rychlost mutací koronaviru je stále nižší než u viru [[Chřipka|chřipky]] a jeho infekčnost je nižší než u [[Příušnice|příušnic]]. Jedinou cestou ke snížení frekvence mutací je omezení šíření viru v populaci.<ref>{{Citace elektronického periodika
| titul = WHO says no need for major alarm over new virus strain
| periodikum = rte.ie
| url = https://www.rte.ie/news/coronavirus/2020/1221/1185682-coronavirus-europe/
| jazyk = anglicky
| příjmení1 = Connelly
| jméno1 = Tony
| datum_vydání = 2020-12-21
| datum_přístupu = 2020-12-28
}}</ref> Řada expertů potvrzuje, že mutacemi získaná vyšší infekčnost virů je obvykle provázena nižší patogenitou a úmrtností.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení2 = Fox
| jméno2 = Kara
| titul = What we know -- and what we don't -- about the UK coronavirus variant
| periodikum = [[CNN]]
| url = https://edition.cnn.com/2020/12/21/uk/coronavirus-variant-uk-intl/index.html
| jazyk = anglicky
| příjmení1 = Rahim
| jméno1 = Zamira
| datum_vydání = 2020-12-23
| datum_přístupu = 2020-12-28
}}</ref>
 
Velká Británie, která dodala do světové databáze více než polovinu všech známých sekvencí viru SARS-CoV-2, zveřejnila 26. ledna 2021 vládní výzvu pro ostatní země, aby využily její laboratorní kapacity a vytvořily tak ''Novou platformu pro hodnocení variant viru'' (New Variant Assessment Platform).<ref>{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Donnelly | jméno1 = Laura | titul = UK to help sequence mutations of Covid around world to find dangerous new variants | periodikum = Telegraph.co.uk | vydavatel = Telegraph Media Group | datum vydání = 2021-01-26 | url = https://www.telegraph.co.uk/news/2021/01/26/uk-help-sequence-mutations-covid-around-world-find-dangerous/ | url archivu = https://web.archive.org/web/20210127230601/https://www.telegraph.co.uk/news/2021/01/26/uk-help-sequence-mutations-covid-around-world-find-dangerous/ | datum archivace = 2021-01-27 | jazyk = en
}}</ref>
 
==== Varianta B.1.1.7 ====
Potvrzuje se, že evoluční tlak vede k takovým mutacím, které zvyšují afinitu k receptoru nebo usnadňují vstup viru do cílové lidské buňky. Na jihovýchodě Velké Británie byla identifikována varianta viru označovaná B.1.1.7 (SARS-CoV-2 [[VUI 202012/01]] dle klasifikace WHO, také označována 501Y.V1), která se velmi rychle šíří a byla prvně přenesena do Nizozemska, Dánska, Itálie a Austrálie.<ref>{{Citace elektronického periodika
| titul = Nový nakažlivější kmen koronaviru už se šíří Evropou
| periodikum = Seznam Zprávy
| odkaz na periodikum = Seznam Zprávy
| vydavatel = Seznam.cz
| odkaz na vydavatele = Seznam.cz
| datum_vydání = 2020-12-20
| url = https://www.seznamzpravy.cz/clanek/novy-rychlejsi-kmen-koronaviru-desi-svet-134568
| datum_přístupu = 2020-12-28
}}</ref> Varianta byla poprvé detekována v září a v prosinci 2020 a v Londýně odpovídala za dvě třetiny nových infekcí.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Gallagher
| jméno1 = James
| titul = New coronavirus variant: What do we know?
| periodikum = [[BBC News]]
| datum_vydání = 2020-12-20
| url = https://www.bbc.com/news/health-55388846
| datum_přístupu = 2020-12-28
| jazyk = anglicky
}}</ref> Počátkem roku 2021 byla tato vysoce infekční varianta viru rozšířena již do 33 zemí.<ref>[https://www.nytimes.com/2021/01/01/world/British-variant-Turkey-US-travel-restrictions.html Jason Gutierrez, Michael Wolgelenter, Andrea Kannapell, Citing incoming travelers, Turkey becomes the 33rd country to find the virus variant first identified in Britain., The New York Times, 1.1.2021]</ref> Nakažlivost mutantního viru demonstruje případ Irska, které dříve patřilo k nejméně postiženým zemím a v první dekádě ledna 2021 se stalo zemí s nejvyšším počtem nově nakažených na 100 000 obyvatel na světě. „Britská“ varianta viru tam byla nalezena téměř u poloviny nových případů infekce.<ref>{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Ferguson | jméno1 = Amanda | příjmení2 = Adam | jméno2 = Karla | titul = Ireland had one of the lowest coronavirus rates in Europe. It’s now highest in the world | periodikum = The Washington Post | odkaz na periodikum = The Washington Post | datum vydání = 2021-01-11 | url = https://www.washingtonpost.com/world/europe/ireland-covid-curve/2021/01/11/aeb08592-51cc-11eb-a1f5-fdaf28cfca90_story.html | jazyk = anglicky}}</ref> V Dánsku, kde je díky důslednému sekvenování velmi přesný přehled o nových případech nakažení, tato varianta odpovídá každý týden za 70 % zjištěných případů a bude dominantní už v polovině února 2021.<ref>[https://www.nature.com/articles/d41586-021-00065-4 David Cyranoski, Alarming COVID variants show vital role of genomic surveillance, Nature, 15.1.2021]</ref><ref>{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Michael | jméno1 = Birnbaum | příjmení2 = Sorensen | jméno2 = Martin Selsoe | titul = Denmark is sequencing all coronavirus samples and has an alarming view of the U.K. variant | periodikum = The Washington Post | odkaz na periodikum = The Washington Post | datum vydání = 2021-01-22 | url = https://www.washingtonpost.com/world/europe/uk-variant-covid-denmark/2021/01/22/ddfaf420-5453-11eb-acc5-92d2819a1ccb_story.html | jazyk = anglicky}}</ref> Také [[Centers for Disease Control and Prevention|CDC]] ve [[Spojené státy americké|Spojených státech]] varuje, že tato nová nakažlivější varianta viru bude dominantní už koncem března 2021.
 
U varianty se očekává vyšší počet úmrtí v důsledku exponenciálního růstu počtu nemocných,<ref>{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Mandavilli | jméno1 = Apoorva | příjmení2 = Rabin | jméno2 = Roni Caryn | titul = C.D.C. Warns the New Virus Variant Could Fuel Huge Spikes in Covid-19 Cases | periodikum = The New York Times | odkaz na periodikum = The New York Times | vydavatel = The New York Times Company | datum vydání = 2021-01-15 | datum aktualizace = 2021-02-09 | url = https://www.nytimes.com/2021/01/15/health/covid-cdc-variant.html | jazyk = en}}</ref> varianta také zřejmě způsobuje těžší průběh a vyšší smrtnost.<ref>{{Citace elektronického periodika
| titul = Update note on B.1.1.7 severity - 11 February 2021
| vydavatel = NERVTAG
| url = https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/961042/S1095_NERVTAG_update_note_on_B.1.1.7_severity_20210211.pdf
| datum vydání = 2020-02-12
| datum přístupu = 2020-02-25
}}</ref> Podle matematické analýzy, provedené vědci z London School of Hygiene and Tropical Medicine, infekce touto nakažlivější variantou způsobuje těžší průběh nemoci a vyšší smrtnost průměrně o 61 %.<ref>[https://www.nature.com/articles/s41586-021-03426-1 Nicholas G. Davies et al., Increased mortality in community-tested cases of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7, Nature, 15.3.2021]</ref>
 
Pravděpodobný záchyt britské mutace koronaviru ohlásila 16. ledna 2021 také Národní referenční laboratoř [[Státní zdravotní ústav|Státního zdravotního ústavu]].<ref>{{Citace elektronické monografie | příjmení1 = Jiřincová | jméno1 = Helena | titul = Mimořádná zpráva NRL pro chřipku a nechřipková virová respirační onemocnění - Britská mutace | url = http://www.szu.cz/podezreni-na-vyskyt-britske-varianty-vui-202012-01-20b-yv1-v | druh nosiče = PDF| vydavatel = Státní zdravotní ústav | odkaz na vydavatele = Státní zdravotní ústav | datum vydání = 2021-01-16}}</ref> Podle analýzy společnosti Diana Biotechnologies, která zpracovává asi čtvrtinu českých PCR testů, byla tato varianta v půli února 2021 v České republice již dominantní.<ref>{{Citace elektronické monografie
| titul = Britská varianta COVID-19 se rychle šíří i přes současná opatření. Nejspíš již dominuje v celé ČR – DIANA
| url = https://www.dianabiotech.com/for-media/britska_varianta_dominuje/
| datum přístupu = 2021-02-25
| jazyk = en-US
}}</ref>
 
Tato varianta kumuluje neobvyklé množství mutací, které odpovídají za 14 záměn aminokyselin ve virových proteinech. Z nich nejvýznamnější je mutace v jednom ze šesti klíčových kontaktních míst domény spike proteinu, která se váže na receptor ACE 2 a odpovídá za zvýšenou vazebnou afinitu (N501Y). Další mutace spike proteinu je delece (69–70del), která je spojována s únikem před imunitní odpovědí (oslabením imunogenicity). Další mutace (P681H) je v bezprostřední blízkosti domény spike proteinu, která se štěpí furinovou proteázou a hraje roli při vstupu viru do lidské buňky.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Rambaut
| jméno1 = Andrew
| příjmení2 = Loman
| jméno2 = Nick
| příjmení3 = Pybus
| jméno3 = Oliver
| příjmení4 = Barclay
| jméno4 = Wendy
| příjmení5 = Barrett
| jméno5 = Jeff
| příjmení6 = Carabelli
| jméno6 = Alesandro
| příjmení7 = Connor
| jméno7 = Tom
| příjmení8 = Peacock
| jméno8 = Tom
| příjmení9 = Robertson
| jméno9 = David L
| příjmení10 = Volz
| jméno10 = Erik
| titul = Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations
| periodikum = Virological
| datum_vydání = 2020-12-19
| url = https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563
| datum_přístupu = 2020-12-28
| jazyk = anglicky
}}</ref>
 
==== Varianta B.1.351 / 501.V2 ====
Další varianta viru, označovaná 501Y.V2 (také označována B.1.351) pochází z [[Jihoafrická republika|Jihoafrické republiky]] a během dvou měsíců se zde stala dominantní. Lékaře znepokojuje, že způsobuje kritická onemocnění u mladších a jinak zdravých pacientů,<ref>{{Citace elektronické monografie
| titul = Update on Covid-19 (18th December 2020)
| url = https://sacoronavirus.co.za/2020/12/18/update-on-covid-19-18th-december-2020/
| vydavatel = sacoronavirus.co.za
| datum_vydání = 2020-12-18
| datum_přístupu = 2020-12-28
| jazyk = anglicky
| kapitola = Statement on the 501.V2 Variant
}}</ref> a také napadá i některé pacienty, kteří již onemocnění prodělali.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Kupferschmidt
| jméno = Kai
| příjmení2 =
| příjmení3 =
| jméno3 =
| titul = New coronavirus variants could cause more reinfections, require updated vaccines
| periodikum = Science
| vydavatel = AAAS
| url = https://www.sciencemag.org/news/2021/01/new-coronavirus-variants-could-cause-more-reinfections-require-updated-vaccines
| datum vydání = 2021-01-15
| jazyk = en
| datum přístupu = 2021-02-25
}}</ref> Tato varianta byla zanesena do [[Spojené království|Velké Británie]], [[Německo|Německa]], [[Francie]], [[Švýcarsko|Švýcarska]], [[Belgie]] nebo [[Rakousko|Rakouska]].<ref name="irozhlas-2021-02-16">{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Kubátová | jméno1 = Eliška | titul = Evropské země se snaží obrnit před mutacemi z Brazílie a JAR. Co o nakažlivějších variantách víme? | periodikum = iRozhlas.cz | odkaz na periodikum = iROZHLAS | vydavatel = Český rozhlas | odkaz na vydavatele = Český rozhlas | datum vydání = 2021-02-16 | url = https://www.irozhlas.cz/zpravy-svet/jihoafricka-brazilska-mutace-varianty-koronaviru-jar-reinfekce-vakciny-imunita_2102160616_eku | datum přístupu = 2021-02-28}}</ref> Přítomnost této varianty byla v únoru 2021 potvrzena také v České republice.<ref>{{Citace elektronického periodika
| autor = sob
| titul = V Česku byla potvrzena nakažlivější jihoafrická varianta koronaviru
| periodikum = ČT24
| odkaz na periodikum = ČT24
| vydavatel = Česká televize
| odkaz na vydavatele = Česká televize
| url = https://ct24.ceskatelevize.cz/domaci/3275330-v-cesku-byla-potvrzena-nakazlivejsi-jihoafricka-varianta-koronaviru
| datum vydání = 2020-02-25
| datum přístupu = 2021-02-25
}}</ref><ref>{{Citace elektronického periodika
| titul = Czech Republic confirms first case of COVID-19 South African variant
| periodikum = Reuters
| odkaz na periodikum = Reuters
| datum_vydání = 2021-02-25
| url = https://www.reuters.com/article/health-coronavirus-czech-variants/czech-republic-confirms-first-case-of-covid-19-south-african-variant-idUSL8N2KV7M6
| datum_přístupu = 2021-02-28
| jazyk = en
}}</ref>
 
Vysoká infekčnost je spojována se substitucemi třech aminokyselin v klíčové části spike glykoproteinu (K417N, E484K, N501Y), kterou se váže na receptor lidských buněk (ACE2).<ref>{{Citace elektronické monografie
| titul = Statement of the WHO Working Group on COVID-19 Animal Models (WHO-COM) about the UK and South African SARS-CoV-2 new variants.
| url = https://www.who.int/docs/default-source/blue-print/who-com-statement_new-variant_rev1.pdf
| vydavatel = [[Světová zdravotnická organizace]]
| datum_vydání = 2020-12-23
| datum_přístupu = 2020-12-28
| jazyk = anglicky
}}</ref> Firmy Novavax a Janssen už ohlásily nižší účinnost svých vakcín proti této variantě viru,<ref>{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Gallagher | jméno1 = James | titul = Covid vaccine update: Those that work - and the others on the way | periodikum = BBC News | vydavatel = BBC | odkaz na vydavatele = BBC | url = https://www.bbc.com/news/health-51665497 | datum aktualizace = 2021-02-02 | datum přístupu = 2021-02-28 | jazyk = en}}</ref> ale proces výroby vakcín umožňuje pružně reagovat na jakékoli modifikace viru v relativně krátké době.<ref>{{Citace periodika
| titul = Covid-19 in South Africa: Scientists seek to understand new variant
| periodikum = BBC News
| vydavatel = BBC
| odkaz na vydavatele = BBC
| datum vydání = 2021-01-04
| jazyk = en-GB
| url = https://www.bbc.com/news/world-africa-55531838
| datum přístupu = 2021-02-25
}}</ref> Podobně byla o něco méně účinná i vakcína firmy Pfizer, ale celkově se ukázala být proti této variantě funkční.<ref name="bbc-2021-02-02">{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Roberts | jméno1 = Michelle | titul = South Africa coronavirus variant: What is the risk? | periodikum = BBC News | vydavatel = BBC | odkaz na vydavatele = BBC | url = https://www.bbc.com/news/health-55534727 | datum aktualizace = 2021-02-02 | datum přístupu = 2021-02-28 | jazyk = en}}</ref> Podobně vakcína AstraZeneca by mohla chránit proti těžkému průběhu nemoci.<ref name="bbc-2021-02-02" />
 
==== Varianta P.1 / 501Y.V3 ====
Tato varianta, označovaná také 501Y.V3, byla poprvé detekována v [[Tokio|Tokiu]] v lednu 2021 u čtyř turistů, kteří přiletěli z brazilského státu [[Amazonas (brazilský stát)|Amazonas]].<ref name="irozhlas-2021-02-16" /> Představuje nový fenotyp, konvergentně vyvinutý z původního kmene označovaného B.1.1.28. V Brazílii se P.1 nevyskytovala do listopadu 2020, ale ve vzorcích z druhé poloviny prosince 2020 už představovala 42 %. Varianta má 17 mutací, včetně biologicky významných záměn aminokyselin ve spike-proteinu (K417T, E454K a N501Y), které má společné s jihoafrickou variantou B.1.351 a delecí ''del. 11288-11296'' (ORF 1b), která je společná s britskou B 1.1.7. Všechny uvedené mutace zvyšují infekčnost viru a vedly k rapidnímu růstu hospitalizací ve městě [[Manaus]].<ref name="irozhlas-2021-02-16" /><ref>{{Citace elektronického periodika
| titul = Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings
| periodikum = Virological
| url = https://virological.org/t/genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-manaus-preliminary-findings/586
| datum vydání = 2021-01-12
| jazyk = en
| datum přístupu = 2021-02-25
}}</ref>
 
Kmen P.1 je podle lékařů až 2,2krát nakažlivější než předchozí verze SARS-CoV-2 a je u něj až o 61 procent vyšší riziko, že se lidé nakazí opakovaně. V Brazílii byl v březnu 2021 odpovědný za většinu nakažených a mezitím se stačil rozšířit do dalších 20 zemí. Zhruba třicet procent lidí, kteří po nákaze P.1 umírají, je mladší 60 let. Brazílie neprovádí v potřebném rozsahu sekvenaci vzorků viru, ale existují doklady že začala mutovat i samotná varianta P.1 a vykazuje změny, které by ji mohly učinit ještě nakažlivější. Vědci uvádějí, že podle předběžných studií jsou existující vakcíny účinné i proti kmeni P.1,<ref>[https://ct24.ceskatelevize.cz/veda/3290679-v-brazilii-radi-varianta-covidu-19-ktera-ohrozuje-cely-svet V Brazílii řádí varianta covidu-19, která ohrožuje celý svět, ČT24, 30.3.2021]</ref> ale čínská vakcína, kterou Brazílie užívá nejvíce, je šestkrát méně účinná proti variantě P.1 než proti původnímu kmenu SARS-CoV-2. Do 9. dubna 2021 bylo vakcinováno méně než 10 % obyvatel a celková úmrtnost činila 15 500 lidí za jediný týden.<ref>[https://cnn.iprima.cz/brazilie-je-hrozbou-pro-cely-svet-varuji-vedci-je-tovarnou-novych-variant-22775 Továrna na nové mutace koronaviru: Brazílie je hrozbou pro celý svět, varují vědci, CNN Prima News, 11.4.2021]</ref>
 
==== Varianta B.1.525 ====
Tato varianta, označovaná též VUI-21FEB-03 a považovaná spolu s B.1.526 za variantu hodnou zájmu (variant of interest),<ref>[https://www.nytimes.com/interactive/2021/health/coronavirus-variant-tracker.html Jonathan Corum and Carl Zimmer, Coronavirus Variants and Mutations, The New York Times, 22.3.2021]</ref> je v tisku uváděna jako nigerijská. Původně byla zachycena v prosinci 2020 ve Velké Británii (UK1188) a v Nigérii, kde se později stala převažující formou SARS-CoV-2. Vyskytuje se ve 36 zemích, včetně [[Polsko|Polska]], [[Německo|Německa]] a [[Rakousko|Rakouska]].<ref>[https://cov-lineages.org/global_report_B.1.525.html Global report investigating novel coronavirus haplotypes: B.1.525, Fig. 5, 8.4.2021]</ref> Nese stejnou záměnu E484K a deleci ΔH69/ΔV70 jako ostatní infekční formy viru, ale obsahuje důležitou novou mutaci F888L v S2 doméně spike proteinu, která zvyšuje rezistenci vůči protilátkám a mutaci Q677H, která stabilizuje dimer S1 a S2 spike proteinu. Varianta B.1.525 má řadu dalších mutací ve strukturálních transmembránových proteinech E: (l21F), M:(I82 F), a N:(A12G) a (T208I) a v proteinovém komplexu virové RNA dependentní RNA polymerázy: NSP3: (T1189I), NSP6: (delece tří aminokyselin 106- 108), a NSP12: (P323F). Tyto mutace mohou přispívat k vyšší účinnosti replikace.<ref>[https://www.forbes.com/sites/williamhaseltine/2021/02/24/new-nigerian-variant-continues-the-trend-of-dangerous-strains-threatening-covid-19-progress/ William A. Haseltine, A New Covid-19 Variant From Nigeria Raises Increased Concerns For Containment And Vaccination, Forbes, 24.2.2021]</ref>
==== Varianta B.1.617 ====
V [[Indie|Indii]] byla v březnu u 15–20 % zkoumaných vzorků zachycena nová varianta viru obsahující dvě významné mutace E484Q a L452R, které odpovídají za zvýšenou infekčnost viru a propůjčují viru vyšší odolnost vůči protilátkám. V dubnu již tvořila 61 % zachycených vzorků. Kromě ní se v Indii vyskytují mutace B.1.1.7, B.1.351 a P.1. V několika indických státech tvořila 33–50 % zachycených vzorků nová varianta viru s mutací N440K. Do března 2021 nebylo možné určit, zda odpovídá za rychlý růst počtu nakažených v několika regionech.<ref>[https://pib.gov.in/PressReleaseIframePage.aspx?PRID=1707177 Genome Sequencing by INSACOG shows variants of concern and a Novel variant in India, PIB Delhi, 24.3.2021]</ref> V Indii se v polovině dubnu 2021 nakazilo za jediný den až více než 200 000 obyvatel, celkem zemřelo 174 000 osob.<ref>https://www.seznamzpravy.cz/clanek/v-britanii-se-objevila-dvojita-mutace-koronaviru-u-vedcu-vyvolava-obavy-150958 Tato mutace koronaviru by nemusela reagovat na vakcíny, které jsou v současnosti k dispozici., Seznam Zprávy, 16.4.2021]</ref>
 
Ve indickém státě [[Maháráštra|Maharasthra]] byla třetí vlna pandemie spojena s variantou viru, který obsahuje současně tři nebezpečné mutace spike proteinu v doméně, kterou se váže na ACE receptor (RBD) – A484Q, T474K a L452R. Vědci analyzovali 598 kompletních genomů viru a kromě toho zkoumali krystalovou strukturu deseti mutantních spike proteinů s rozštěpeným furinovým místem v komplexu s ACE2 receptorem. Od ledna 2021 narůstala frekvence mutací L452R and E484Q v RBD a také další nesynonymní mutace mimo RBD: G142D a P681R a dále T19R, E154K, D614G, Q1071H, H1101D. Mutace přispívají ke stabilitě spike proteinu ve vodném prostředí (výměna hydrofobního L za hydrofilní R v pozici 452), usnadňují štěpení furinovou proteázou a následnou fúzi s membránou (P681R) nebo snižují účinnost terapeuticky užívaných monoklonálních protilátek (L452R a E484Q).<ref>[https://www.news-medical.net/news/20210427/Triple-mutation-in-SARS-CoV-2-seen-in-second-wave-of-COVID-19-in-India.aspx Lakshmi Supriya, Triple mutation in SARS-CoV-2 seen in second wave of COVID-19 in India, Medical, Life Science News, 27.4.2021]</ref>
 
==== Další varianty ====
Varianta 20A.EU1 se objevila počátkem léta 2020 ve Španělsku a turisté ji následně rozšířili po celé Evropě.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení2 = Zuber
| jméno2 = Moira
| příjmení3 = Nadeau
| jméno3 = Sarah
| titul = Emergence and spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020
| periodikum = medRxiv preprint
| url = https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.10.25.20219063v2.full.pdf
| doi = 10.1101/2020.10.25.20219063
| jazyk = anglicky
| jméno9 = Fernando González
| datum_přístupu = 2020-12-28
| datum_vydání = 2020-10-28
| jméno11 = Richard A.
| příjmení11 = Neher
| jméno10 = Tanja
| příjmení10 = Stadler
| příjmení1 = Hodcroft
| příjmení9 = Candelas
| jméno8 = Iñaki
| jméno1 = Emma B.
| jméno7 = Timothy G.
| příjmení7 = Vaughan
| jméno6 = David
| příjmení6 = Veesler
| jméno5 = Jesse D.
| příjmení5 = Bloom
| jméno4 = Katharine H. D.
| příjmení4 = Crawford
| příjmení8 = Comas
}}</ref>
 
V New Yorku se od listopadu 2020 rychle šířila nová varianta označovaná B.1.526. Kumuluje nebezpečné mutace spike proteinu, které odpovídají za nižší účinnost neutralizačních protilátek (E484K) a za vyšší afinitu k ACE2 receptoru na lidských buňkách (S477N).<ref>[https://outbreak.info/situation-reports?country=United%20States&division=California&division=New%20York&pango=B.1.526&muts=S%3AS477N&selected=Worldwide&selectedType=world B.1.526 Lineage with S:S477N Report, Outbreak info, 24.2.2021]</ref><ref>{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Mandavilli | jméno1 = Apoorva | titul = A New Coronavirus Variant Is Spreading in New York, Researchers Report | periodikum = The New York Times | odkaz na periodikum = The New York Times | vydavatel = The New York Times Company | datum vydání = 2021-02-24 | datum aktualizace = 2021-02-25 | url = https://www.nytimes.com/2021/02/24/health/coronavirus-variant-nyc.html | jazyk = en}}</ref> V polovině února 2021 tvořila varianta B.1.526 už 27 % nových virových sekvencí dodaných do databáze [[GISAID]].<ref>[https://nymag.com/intelligencer/2021/02/new-york-city-coronavirus-variant-b-1-526-what-we-know.html Matt Stieb, Everything We Know About the Coronavirus Variant Spreading in New York City, New York Intelligencer, 24.2.2021]</ref>
 
Dvě příbuzné kalifornské varianty viru, označované B.1.427 a B.1.429 / S:452R, způsobují vážnější průběh onemocnění, při kterém je třeba pacienty připojit na kyslíkovou podporu. Vyznačují se rovněž asi o 20 % vyšší infekčností a zvýšenou rezistencí vůči protilátkám získaných po prodělání onemocnění nebo po vakcinaci.<ref>[https://www.seznamzpravy.cz/clanek/nove-a-urputnejsi-vyzkousejte-si-jak-se-siri-varianty-covidu-150662 Jiří Burýšek, Pavel kasík, Nové a urputnější. Varianty viru se učí uhodnout heslo, v Česku měly příležitost, Seznam Zprávy, 17.4.2021]</ref>
V [[Bretaň|Bretani]] byla nalezena varianta covidu-19, kterou neodhalily běžné PCR testy a byla potvrzena až po odběru krve. Sekvenováním byla zjištěna u osmi z celkem 79 hospitalizovaných pacientů v nemocnici města [[Lannion]], a ukázalo se že jde o novou, dosud neznámou mutaci viru. K březnu 2021 chyběly údaje o infekčnosti nebo závažnosti onemocnění a nebylo známo, do jaké míry je proti této nové mutaci účinné očkování.<ref>[https://www.bloomberg.com/news/articles/2021-03-16/france-finds-variant-in-brittany-that-evades-standard-tests Marthe Fourcade, France Finds Covid-19 Variant That Evades Gold-Standard Tests, Bloomberg, 16.3.2021]</ref>
 
V Japonsku byla u turisty, který přicestoval z [[Filipíny|Filipín]], zachycena nová varianta SARS-CoV-2, prozatímně označovaná jako P.3 nebo VUI-21MAR-02(9.3), známá od 9. března a odlišná od britské, brazilské nebo jihoafrické varianty. Je považována za stejně nebezpečnou neboť může být odolnější vůči neutralizačním protilátkám získaným vakcinací.<ref>[https://www.japantimes.co.jp/news/2021/03/13/national/new-variant-philippines/ Japanese authorities discover a new coronavirus variant in traveler from Philippines, The japan Times, 13.3.2021]</ref> Nově byla filipínská varianta viru zanesena také do [[Anglie]]. Podle analýz obsahuje nová varianta epidemiologicky významné záměny E484K a N501Y. Na [[Filipíny|Filipínách]] byly předtím zachyceny všechny nové nakažlivější mutace, včetně B 1.1.7, B.1.351 a P 1.<ref>[https://www.novinky.cz/zahranicni/svet/clanek/v-anglii-se-objevila-filipinska-mutace-40354234 Alex Švamberk, V Anglii se objevila filipínská mutace, Novinky.cz, 17.3.2021]</ref>
 
==== Konkrétní záměny aminokyselin u nejvýznamnějších mutací ====
* '''D614G''' záměna [[Kyselina asparagová|kyseliny asparagové]] za [[glycin]] v pozici 614 spike-proteinu. Dominantní a nakažlivější varianta viru SARS-CoV-2 od července 2020, zejména v Evropě
* '''E484K''' záměna [[Kyselina glutamová|kyseliny glutamové]] za [[lysin]] v pozici 484 spike-proteinu. Vyskytuje se u vysoce infekčních variant viru P.1 a P.2 (B.1.1.248) z Japonska<ref>[https://www.novinky.cz/zahranicni/svet/clanek/v-japonsku-se-objevila-nova-mutace-40351543 Alex Švamberk, V Japonsku se objevila nová mutace, Novinky.cz, 19.2.2021]</ref> a Brazílie a u jihoafrické mutace 501.V2. Odpovídá za sníženou antigenicitu viru (tzv. ''escape mutation'') a snižuje vazbu neutralizačních protilátek 10-60násobně.
* '''N501Y''' záměna [[asparagin]]u za [[tyrosin]] v pozici 501 spike-proteinu, v místě kterým se váže na [[Angiotenzin konvertující enzym|receptor ACE2]] lidských buněk. Zvyšuje vazebnou afinitu spike-proteinu a tím i infekčnost této varianty SARS-CoV-2. Byla zjištěna u mutací označovaných jako P.1. (Japonsko, Brazílie), B.1.1.7, též známá jako Variant of Concern 202012/01 (Velká Británie a Evropa), 501.V2 (jižní Afrika) a COH.20G/501Y (dominantní v Columbus, Ohio, USA).
* '''L452R''' záměna [[leucin]]u za [[arginin]] v pozici 452 spike-proteinu. Charakteristická pro variantu viru B.1.429 dominantní v Kalifornii. Odstraňuje hydrofobní interakci v sousedství pozice 452 a je zřejmě odpovědná za vyšší stabilitu spike-proteinu ve vodném prostředí.
* '''S477N''' záměna [[serin]]u za [[asparagin]] v pozici 477 spike-proteinu. Odpovídá za vyšší vazebnou afinitu k receptoru ACE2.
* '''F888L''' záměna [[fenylalanin]]u za [[leucin]] v S2 subjednotce spike proteinu sousedící s membránou. Podobná záměna v pozici 870 se objevila u pacienta s přetrvávajícím onemocněním covid-19 a je patrně odpovědná za rezistenci vůči protilátkám.
* '''Q677H''' záměna [[glutamin]]u za [[histidin]]. Zvyšuje stabilitu komplexu S1 a S2 podjednotek a patrně tak podporuje otevřenou konformaci vazebné domény spike proteinu a tím zvyšuje infekčnost viru.
 
=== Rekombinantní mutace ===
Při současné replikaci dvou variant viru v jedné buňce může dojít k vzájemné rekombinaci a skokové evoluci vlastností viru. Tuto událost, kterou je možno zjistit pouze důslednou sekvenací genomů, se podařilo potvrdit počátkem února 2021 Bette Korber z [[Národní laboratoř Los Alamos|Národní laboratoře Los Alamos]] ve Spojených státech amerických. Rekombinantní virus, který vznikl mechanismem přepnutí šablon (template switching) během replikace, nese deleci Δ69/70 „britské“ varianty, která zřejmě zvyšuje infekčnost a mutaci L452R „kalifornské“ varianty, která zřejmě souvisí s odolností vůči protilátkám po nemoci.<ref>[https://www.osel.cz/11600-kalifornske-monstrum-rekombinantni-covid-kombinuje-britsky-a-kalifornsky.html Stanislav Mihulka, Monstrum: Z „britského“ a „kalifornského“ vznikl rekombinantní covid, Osel.cz, 16.2.2021]</ref>
 
== Fylogenetika ==
Řádek 2 716 ⟶ 2 358:
 
Také v [[Zoo Praha|pražské zoo]] se nakazil gorilí samec a dva lvi indičtí.<ref>[https://www.idnes.cz/praha/zpravy/koronavirus-zoo-praha-gorila-richard-lvi.A210225_162308_praha-zpravy_klu Koronavirus se rozšířil na zvířata v Zoo Praha, nakazil se i Richard, 25.2.2021]</ref>
 
== Významné varianty a mutace SARS-CoV-2 ==
Virus během šíření v populaci přirozeně mutuje s frekvencí 1–2 mutace/měsíc<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Duchene
| jméno1 = Sebastian
| příjmení2 = Featherstone
| jméno2 = Leo
| příjmení3 = Haritopoulou-Sinanidou
| jméno3 = Melina
| příjmení4 = Rambaut
| jméno4 = Andrew
| příjmení5 = Lemey
| jméno5 = Philippe
| příjmení6 = Baele
| jméno6 = Guy
| titul = Temporal signal and the phylodynamic threshold of SARS-CoV-2
| periodikum = Virus Evolution
| ročník = 6
| číslo = 2
| datum_vydání = 2020-07-01
| strany = veaa061
| url = https://academic.oup.com/ve/article/6/2/veaa061/5894560
| datum_přístupu = 2020-12-28
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1093/ve/veaa061
}}</ref> a dominantní se stávají linie s vyšší transmisí. V únoru 2020 se objevila mutace D614G a rychle se stala dominantní,<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Korber
| jméno1 = Bette
| příjmení2 = Fischer
| jméno2 = Will M.
| příjmení3 = Gnanakaran
| jméno3 = Sandrasegaram
| příjmení4 = Yoon
| jméno4 = Hyejin
| příjmení5 = Theiler
| jméno5 = James
| příjmení6 = Abfalterer
| jméno6 = Werner
| příjmení7 = Hengartner
| jméno7 = Nick
| příjmení8 = Giorgi
| jméno8 = Elena E.
| příjmení9 = Bhattacharya
| jméno9 = Tanmoy
| příjmení10 = Foley
| jméno10 = Brian
| příjmení11 = Hastie
| jméno11 = Kathryn M.
| příjmení12 = Parker
| jméno12 = Matthew D.
| příjmení13 = Partridge
| jméno13 = David G.
| příjmení14 = Evans
| jméno14 = Cariad M.
| příjmení15 = Freeman
| jméno15 = Timothy M.
| příjmení16 = de Silva
| jméno16 = Thushan I.
| příjmení17 = McDanal
| jméno17 = Charlene
| příjmení18 = Perez
| jméno18 = Lautaro G.
| příjmení19 = Tang
| jméno19 = Haili
| příjmení20 = Moon-Walker
| jméno20 = Alex
| příjmení21 = Whelan
| jméno21 = Sean P.
| příjmení22 = LaBranche
| jméno22 = Celia C.
| příjmení23 = Saphire
| jméno23 = Erica O.
| příjmení24 = Montefiori
| jméno24 = David C.
| příjmení25 = Angyal
| jméno25 = Adrienne
| příjmení26 = Brown
| jméno26 = Rebecca L.
| příjmení27 = Carrilero
| jméno27 = Laura
| příjmení28 = Green
| jméno28 = Luke R.
| příjmení29 = Groves
| jméno29 = Danielle C.
| příjmení30 = Johnson
| jméno30 = Katie J.
| příjmení31 = Keeley
| jméno31 = Alexander J.
| příjmení32 = Lindsey
| jméno32 = Benjamin B.
| příjmení33 = Parsons
| jméno33 = Paul J.
| příjmení34 = Raza
| jméno34 = Mohammad
| příjmení35 = Rowland-Jones
| jméno35 = Sarah
| příjmení36 = Smith
| jméno36 = Nikki
| příjmení37 = Tucker
| jméno37 = Rachel M.
| příjmení38 = Wang
| jméno38 = Dennis
| příjmení39 = Wyles
| jméno39 = Matthew D.
| titul = Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus
| periodikum = Cell
| ročník = 182
| číslo = 4
| datum_vydání = 2020-08
| strany = 812–827.e19
| url = https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30820-5
| datum_přístupu = 2020-12-28
| jazyk = anglicky
| doi = 10.1016/j.cell.2020.06.043
}}</ref> a epidemiologická data ji nejčastěji spojují se ztrátou čichu.<ref>{{Citace periodika
| příjmení = Butowt
| jméno = Rafal
| příjmení2 = Bilinska
| jméno2 = Katarzyna
| příjmení3 = Von Bartheld
| jméno3 = Christopher S.
| titul = Chemosensory Dysfunction in COVID-19: Integration of Genetic and Epidemiological Data Points to D614G Spike Protein Variant as a Contributing Factor
| periodikum = ACS Chemical Neuroscience
| datum vydání = 2020-10-21
| ročník = 11
| číslo = 20
| strany = 3180–3184
| issn = 1948-7193
| pmid = 32997488
| doi = 10.1021/acschemneuro.0c00596
| jazyk = en
| url = https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acschemneuro.0c00596
| datum přístupu = 2021-02-25
}}</ref>
 
Prostředím pro častější vznik mutací jsou např. pacienti s oslabenou imunitou, u kterých onemocnění covid-19 může probíhat po dobu několik měsíců. Při léčbě konvalescentní plasmou pak dochází k selekci mutantních kmenů, které vykazují vyšší rezistenci vůči protilátkám díky kombinaci delecí a záměn aminokyselin ve spike-proteinu (D796H a ΔH69/ΔV70).<ref>[https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.05.20241927v2 Kemp s a et al., Neutralising antibodies drive Spike mediated SARS-CoV-2 evasion, MedXriv, 19.12.2020]</ref>
Podle generálního ředitele [[WHO]] [[Tedros Adhanom Ghebreyesus|Tedrose Adhanoma Ghebreyesuse]] se jedná o běžný a očekávaný jev a rychlost mutací koronaviru je stále nižší než u viru [[Chřipka|chřipky]] a jeho infekčnost je nižší než u [[Příušnice|příušnic]]. Jedinou cestou ke snížení frekvence mutací je omezení šíření viru v populaci.<ref>{{Citace elektronického periodika
| titul = WHO says no need for major alarm over new virus strain
| periodikum = rte.ie
| url = https://www.rte.ie/news/coronavirus/2020/1221/1185682-coronavirus-europe/
| jazyk = anglicky
| příjmení1 = Connelly
| jméno1 = Tony
| datum_vydání = 2020-12-21
| datum_přístupu = 2020-12-28
}}</ref> Řada expertů potvrzuje, že mutacemi získaná vyšší infekčnost virů je obvykle provázena nižší patogenitou a úmrtností.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení2 = Fox
| jméno2 = Kara
| titul = What we know -- and what we don't -- about the UK coronavirus variant
| periodikum = [[CNN]]
| url = https://edition.cnn.com/2020/12/21/uk/coronavirus-variant-uk-intl/index.html
| jazyk = anglicky
| příjmení1 = Rahim
| jméno1 = Zamira
| datum_vydání = 2020-12-23
| datum_přístupu = 2020-12-28
}}</ref>
 
Velká Británie, která dodala do světové databáze více než polovinu všech známých sekvencí viru SARS-CoV-2, zveřejnila 26. ledna 2021 vládní výzvu pro ostatní země, aby využily její laboratorní kapacity a vytvořily tak ''Novou platformu pro hodnocení variant viru'' (New Variant Assessment Platform).<ref>{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Donnelly | jméno1 = Laura | titul = UK to help sequence mutations of Covid around world to find dangerous new variants | periodikum = Telegraph.co.uk | vydavatel = Telegraph Media Group | datum vydání = 2021-01-26 | url = https://www.telegraph.co.uk/news/2021/01/26/uk-help-sequence-mutations-covid-around-world-find-dangerous/ | url archivu = https://web.archive.org/web/20210127230601/https://www.telegraph.co.uk/news/2021/01/26/uk-help-sequence-mutations-covid-around-world-find-dangerous/ | datum archivace = 2021-01-27 | jazyk = en
}}</ref>
 
=== Varianta B.1.1.7 ===
Potvrzuje se, že evoluční tlak vede k takovým mutacím, které zvyšují afinitu k receptoru nebo usnadňují vstup viru do cílové lidské buňky. Na jihovýchodě Velké Británie byla identifikována varianta viru označovaná B.1.1.7 (SARS-CoV-2 [[VUI 202012/01]] dle klasifikace WHO, také označována 501Y.V1), která se velmi rychle šíří a byla prvně přenesena do Nizozemska, Dánska, Itálie a Austrálie.<ref>{{Citace elektronického periodika
| titul = Nový nakažlivější kmen koronaviru už se šíří Evropou
| periodikum = Seznam Zprávy
| odkaz na periodikum = Seznam Zprávy
| vydavatel = Seznam.cz
| odkaz na vydavatele = Seznam.cz
| datum_vydání = 2020-12-20
| url = https://www.seznamzpravy.cz/clanek/novy-rychlejsi-kmen-koronaviru-desi-svet-134568
| datum_přístupu = 2020-12-28
}}</ref> Varianta byla poprvé detekována v září a v prosinci 2020 a v Londýně odpovídala za dvě třetiny nových infekcí.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Gallagher
| jméno1 = James
| titul = New coronavirus variant: What do we know?
| periodikum = [[BBC News]]
| datum_vydání = 2020-12-20
| url = https://www.bbc.com/news/health-55388846
| datum_přístupu = 2020-12-28
| jazyk = anglicky
}}</ref> Počátkem roku 2021 byla tato vysoce infekční varianta viru rozšířena již do 33 zemí.<ref>[https://www.nytimes.com/2021/01/01/world/British-variant-Turkey-US-travel-restrictions.html Jason Gutierrez, Michael Wolgelenter, Andrea Kannapell, Citing incoming travelers, Turkey becomes the 33rd country to find the virus variant first identified in Britain., The New York Times, 1.1.2021]</ref> Nakažlivost mutantního viru demonstruje případ Irska, které dříve patřilo k nejméně postiženým zemím a v první dekádě ledna 2021 se stalo zemí s nejvyšším počtem nově nakažených na 100 000 obyvatel na světě. „Britská“ varianta viru tam byla nalezena téměř u poloviny nových případů infekce.<ref>{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Ferguson | jméno1 = Amanda | příjmení2 = Adam | jméno2 = Karla | titul = Ireland had one of the lowest coronavirus rates in Europe. It’s now highest in the world | periodikum = The Washington Post | odkaz na periodikum = The Washington Post | datum vydání = 2021-01-11 | url = https://www.washingtonpost.com/world/europe/ireland-covid-curve/2021/01/11/aeb08592-51cc-11eb-a1f5-fdaf28cfca90_story.html | jazyk = anglicky}}</ref> V Dánsku, kde je díky důslednému sekvenování velmi přesný přehled o nových případech nakažení, tato varianta odpovídá každý týden za 70 % zjištěných případů a bude dominantní už v polovině února 2021.<ref>[https://www.nature.com/articles/d41586-021-00065-4 David Cyranoski, Alarming COVID variants show vital role of genomic surveillance, Nature, 15.1.2021]</ref><ref>{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Michael | jméno1 = Birnbaum | příjmení2 = Sorensen | jméno2 = Martin Selsoe | titul = Denmark is sequencing all coronavirus samples and has an alarming view of the U.K. variant | periodikum = The Washington Post | odkaz na periodikum = The Washington Post | datum vydání = 2021-01-22 | url = https://www.washingtonpost.com/world/europe/uk-variant-covid-denmark/2021/01/22/ddfaf420-5453-11eb-acc5-92d2819a1ccb_story.html | jazyk = anglicky}}</ref> Také [[Centers for Disease Control and Prevention|CDC]] ve [[Spojené státy americké|Spojených státech]] varuje, že tato nová nakažlivější varianta viru bude dominantní už koncem března 2021.
 
U varianty se očekává vyšší počet úmrtí v důsledku exponenciálního růstu počtu nemocných,<ref>{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Mandavilli | jméno1 = Apoorva | příjmení2 = Rabin | jméno2 = Roni Caryn | titul = C.D.C. Warns the New Virus Variant Could Fuel Huge Spikes in Covid-19 Cases | periodikum = The New York Times | odkaz na periodikum = The New York Times | vydavatel = The New York Times Company | datum vydání = 2021-01-15 | datum aktualizace = 2021-02-09 | url = https://www.nytimes.com/2021/01/15/health/covid-cdc-variant.html | jazyk = en}}</ref> varianta také zřejmě způsobuje těžší průběh a vyšší smrtnost.<ref>{{Citace elektronického periodika
| titul = Update note on B.1.1.7 severity - 11 February 2021
| vydavatel = NERVTAG
| url = https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/961042/S1095_NERVTAG_update_note_on_B.1.1.7_severity_20210211.pdf
| datum vydání = 2020-02-12
| datum přístupu = 2020-02-25
}}</ref> Podle matematické analýzy, provedené vědci z London School of Hygiene and Tropical Medicine, infekce touto nakažlivější variantou způsobuje těžší průběh nemoci a vyšší smrtnost průměrně o 61 %.<ref>[https://www.nature.com/articles/s41586-021-03426-1 Nicholas G. Davies et al., Increased mortality in community-tested cases of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7, Nature, 15.3.2021]</ref>
 
Pravděpodobný záchyt britské mutace koronaviru ohlásila 16. ledna 2021 také Národní referenční laboratoř [[Státní zdravotní ústav|Státního zdravotního ústavu]].<ref>{{Citace elektronické monografie | příjmení1 = Jiřincová | jméno1 = Helena | titul = Mimořádná zpráva NRL pro chřipku a nechřipková virová respirační onemocnění - Britská mutace | url = http://www.szu.cz/podezreni-na-vyskyt-britske-varianty-vui-202012-01-20b-yv1-v | druh nosiče = PDF| vydavatel = Státní zdravotní ústav | odkaz na vydavatele = Státní zdravotní ústav | datum vydání = 2021-01-16}}</ref> Podle analýzy společnosti Diana Biotechnologies, která zpracovává asi čtvrtinu českých PCR testů, byla tato varianta v půli února 2021 v České republice již dominantní.<ref>{{Citace elektronické monografie
| titul = Britská varianta COVID-19 se rychle šíří i přes současná opatření. Nejspíš již dominuje v celé ČR – DIANA
| url = https://www.dianabiotech.com/for-media/britska_varianta_dominuje/
| datum přístupu = 2021-02-25
| jazyk = en-US
}}</ref>
 
Tato varianta kumuluje neobvyklé množství mutací, které odpovídají za 14 záměn aminokyselin ve virových proteinech. Z nich nejvýznamnější je mutace v jednom ze šesti klíčových kontaktních míst domény spike proteinu, která se váže na receptor ACE 2 a odpovídá za zvýšenou vazebnou afinitu (N501Y). Další mutace spike proteinu je delece (69–70del), která je spojována s únikem před imunitní odpovědí (oslabením imunogenicity). Další mutace (P681H) je v bezprostřední blízkosti domény spike proteinu, která se štěpí furinovou proteázou a hraje roli při vstupu viru do lidské buňky.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení1 = Rambaut
| jméno1 = Andrew
| příjmení2 = Loman
| jméno2 = Nick
| příjmení3 = Pybus
| jméno3 = Oliver
| příjmení4 = Barclay
| jméno4 = Wendy
| příjmení5 = Barrett
| jméno5 = Jeff
| příjmení6 = Carabelli
| jméno6 = Alesandro
| příjmení7 = Connor
| jméno7 = Tom
| příjmení8 = Peacock
| jméno8 = Tom
| příjmení9 = Robertson
| jméno9 = David L
| příjmení10 = Volz
| jméno10 = Erik
| titul = Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations
| periodikum = Virological
| datum_vydání = 2020-12-19
| url = https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563
| datum_přístupu = 2020-12-28
| jazyk = anglicky
}}</ref>
 
=== Varianta B.1.351 / 501.V2 ===
Další varianta viru, označovaná 501Y.V2 (také označována B.1.351) pochází z [[Jihoafrická republika|Jihoafrické republiky]] a během dvou měsíců se zde stala dominantní. Lékaře znepokojuje, že způsobuje kritická onemocnění u mladších a jinak zdravých pacientů,<ref>{{Citace elektronické monografie
| titul = Update on Covid-19 (18th December 2020)
| url = https://sacoronavirus.co.za/2020/12/18/update-on-covid-19-18th-december-2020/
| vydavatel = sacoronavirus.co.za
| datum_vydání = 2020-12-18
| datum_přístupu = 2020-12-28
| jazyk = anglicky
| kapitola = Statement on the 501.V2 Variant
}}</ref> a také napadá i některé pacienty, kteří již onemocnění prodělali.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení = Kupferschmidt
| jméno = Kai
| příjmení2 =
| příjmení3 =
| jméno3 =
| titul = New coronavirus variants could cause more reinfections, require updated vaccines
| periodikum = Science
| vydavatel = AAAS
| url = https://www.sciencemag.org/news/2021/01/new-coronavirus-variants-could-cause-more-reinfections-require-updated-vaccines
| datum vydání = 2021-01-15
| jazyk = en
| datum přístupu = 2021-02-25
}}</ref> Tato varianta byla zanesena do [[Spojené království|Velké Británie]], [[Německo|Německa]], [[Francie]], [[Švýcarsko|Švýcarska]], [[Belgie]] nebo [[Rakousko|Rakouska]].<ref name="irozhlas-2021-02-16">{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Kubátová | jméno1 = Eliška | titul = Evropské země se snaží obrnit před mutacemi z Brazílie a JAR. Co o nakažlivějších variantách víme? | periodikum = iRozhlas.cz | odkaz na periodikum = iROZHLAS | vydavatel = Český rozhlas | odkaz na vydavatele = Český rozhlas | datum vydání = 2021-02-16 | url = https://www.irozhlas.cz/zpravy-svet/jihoafricka-brazilska-mutace-varianty-koronaviru-jar-reinfekce-vakciny-imunita_2102160616_eku | datum přístupu = 2021-02-28}}</ref> Přítomnost této varianty byla v únoru 2021 potvrzena také v České republice.<ref>{{Citace elektronického periodika
| autor = sob
| titul = V Česku byla potvrzena nakažlivější jihoafrická varianta koronaviru
| periodikum = ČT24
| odkaz na periodikum = ČT24
| vydavatel = Česká televize
| odkaz na vydavatele = Česká televize
| url = https://ct24.ceskatelevize.cz/domaci/3275330-v-cesku-byla-potvrzena-nakazlivejsi-jihoafricka-varianta-koronaviru
| datum vydání = 2020-02-25
| datum přístupu = 2021-02-25
}}</ref><ref>{{Citace elektronického periodika
| titul = Czech Republic confirms first case of COVID-19 South African variant
| periodikum = Reuters
| odkaz na periodikum = Reuters
| datum_vydání = 2021-02-25
| url = https://www.reuters.com/article/health-coronavirus-czech-variants/czech-republic-confirms-first-case-of-covid-19-south-african-variant-idUSL8N2KV7M6
| datum_přístupu = 2021-02-28
| jazyk = en
}}</ref>
 
Vysoká infekčnost je spojována se substitucemi třech aminokyselin v klíčové části spike glykoproteinu (K417N, E484K, N501Y), kterou se váže na receptor lidských buněk (ACE2).<ref>{{Citace elektronické monografie
| titul = Statement of the WHO Working Group on COVID-19 Animal Models (WHO-COM) about the UK and South African SARS-CoV-2 new variants.
| url = https://www.who.int/docs/default-source/blue-print/who-com-statement_new-variant_rev1.pdf
| vydavatel = [[Světová zdravotnická organizace]]
| datum_vydání = 2020-12-23
| datum_přístupu = 2020-12-28
| jazyk = anglicky
}}</ref> Firmy Novavax a Janssen už ohlásily nižší účinnost svých vakcín proti této variantě viru,<ref>{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Gallagher | jméno1 = James | titul = Covid vaccine update: Those that work - and the others on the way | periodikum = BBC News | vydavatel = BBC | odkaz na vydavatele = BBC | url = https://www.bbc.com/news/health-51665497 | datum aktualizace = 2021-02-02 | datum přístupu = 2021-02-28 | jazyk = en}}</ref> ale proces výroby vakcín umožňuje pružně reagovat na jakékoli modifikace viru v relativně krátké době.<ref>{{Citace periodika
| titul = Covid-19 in South Africa: Scientists seek to understand new variant
| periodikum = BBC News
| vydavatel = BBC
| odkaz na vydavatele = BBC
| datum vydání = 2021-01-04
| jazyk = en-GB
| url = https://www.bbc.com/news/world-africa-55531838
| datum přístupu = 2021-02-25
}}</ref> Podobně byla o něco méně účinná i vakcína firmy Pfizer, ale celkově se ukázala být proti této variantě funkční.<ref name="bbc-2021-02-02">{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Roberts | jméno1 = Michelle | titul = South Africa coronavirus variant: What is the risk? | periodikum = BBC News | vydavatel = BBC | odkaz na vydavatele = BBC | url = https://www.bbc.com/news/health-55534727 | datum aktualizace = 2021-02-02 | datum přístupu = 2021-02-28 | jazyk = en}}</ref> Podobně vakcína AstraZeneca by mohla chránit proti těžkému průběhu nemoci.<ref name="bbc-2021-02-02" />
 
=== Varianta P.1 / 501Y.V3 ===
Tato varianta, označovaná také 501Y.V3, byla poprvé detekována v [[Tokio|Tokiu]] v lednu 2021 u čtyř turistů, kteří přiletěli z brazilského státu [[Amazonas (brazilský stát)|Amazonas]].<ref name="irozhlas-2021-02-16" /> Představuje nový fenotyp, konvergentně vyvinutý z původního kmene označovaného B.1.1.28. V Brazílii se P.1 nevyskytovala do listopadu 2020, ale ve vzorcích z druhé poloviny prosince 2020 už představovala 42 %. Varianta má 17 mutací, včetně biologicky významných záměn aminokyselin ve spike-proteinu (K417T, E454K a N501Y), které má společné s jihoafrickou variantou B.1.351 a delecí ''del. 11288-11296'' (ORF 1b), která je společná s britskou B 1.1.7. Všechny uvedené mutace zvyšují infekčnost viru a vedly k rapidnímu růstu hospitalizací ve městě [[Manaus]].<ref name="irozhlas-2021-02-16" /><ref>{{Citace elektronického periodika
| titul = Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings
| periodikum = Virological
| url = https://virological.org/t/genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-manaus-preliminary-findings/586
| datum vydání = 2021-01-12
| jazyk = en
| datum přístupu = 2021-02-25
}}</ref>
 
Kmen P.1 je podle lékařů až 2,2krát nakažlivější než předchozí verze SARS-CoV-2 a je u něj až o 61 procent vyšší riziko, že se lidé nakazí opakovaně. V Brazílii byl v březnu 2021 odpovědný za většinu nakažených a mezitím se stačil rozšířit do dalších 20 zemí. Zhruba třicet procent lidí, kteří po nákaze P.1 umírají, je mladší 60 let. Brazílie neprovádí v potřebném rozsahu sekvenaci vzorků viru, ale existují doklady že začala mutovat i samotná varianta P.1 a vykazuje změny, které by ji mohly učinit ještě nakažlivější. Vědci uvádějí, že podle předběžných studií jsou existující vakcíny účinné i proti kmeni P.1,<ref>[https://ct24.ceskatelevize.cz/veda/3290679-v-brazilii-radi-varianta-covidu-19-ktera-ohrozuje-cely-svet V Brazílii řádí varianta covidu-19, která ohrožuje celý svět, ČT24, 30.3.2021]</ref> ale čínská vakcína, kterou Brazílie užívá nejvíce, je šestkrát méně účinná proti variantě P.1 než proti původnímu kmenu SARS-CoV-2. Do 9. dubna 2021 bylo vakcinováno méně než 10 % obyvatel a celková úmrtnost činila 15 500 lidí za jediný týden.<ref>[https://cnn.iprima.cz/brazilie-je-hrozbou-pro-cely-svet-varuji-vedci-je-tovarnou-novych-variant-22775 Továrna na nové mutace koronaviru: Brazílie je hrozbou pro celý svět, varují vědci, CNN Prima News, 11.4.2021]</ref>
 
=== Varianta B.1.525 ===
Tato varianta, označovaná též VUI-21FEB-03 a považovaná spolu s B.1.526 za variantu hodnou zájmu (variant of interest),<ref>[https://www.nytimes.com/interactive/2021/health/coronavirus-variant-tracker.html Jonathan Corum and Carl Zimmer, Coronavirus Variants and Mutations, The New York Times, 22.3.2021]</ref> je v tisku uváděna jako nigerijská. Původně byla zachycena v prosinci 2020 ve Velké Británii (UK1188) a v Nigérii, kde se později stala převažující formou SARS-CoV-2. Vyskytuje se ve 36 zemích, včetně [[Polsko|Polska]], [[Německo|Německa]] a [[Rakousko|Rakouska]].<ref>[https://cov-lineages.org/global_report_B.1.525.html Global report investigating novel coronavirus haplotypes: B.1.525, Fig. 5, 8.4.2021]</ref> Nese stejnou záměnu E484K a deleci ΔH69/ΔV70 jako ostatní infekční formy viru, ale obsahuje důležitou novou mutaci F888L v S2 doméně spike proteinu, která zvyšuje rezistenci vůči protilátkám a mutaci Q677H, která stabilizuje dimer S1 a S2 spike proteinu. Varianta B.1.525 má řadu dalších mutací ve strukturálních transmembránových proteinech E: (l21F), M:(I82 F), a N:(A12G) a (T208I) a v proteinovém komplexu virové RNA dependentní RNA polymerázy: NSP3: (T1189I), NSP6: (delece tří aminokyselin 106- 108), a NSP12: (P323F). Tyto mutace mohou přispívat k vyšší účinnosti replikace.<ref>[https://www.forbes.com/sites/williamhaseltine/2021/02/24/new-nigerian-variant-continues-the-trend-of-dangerous-strains-threatening-covid-19-progress/ William A. Haseltine, A New Covid-19 Variant From Nigeria Raises Increased Concerns For Containment And Vaccination, Forbes, 24.2.2021]</ref>
=== Varianta B.1.617 ===
V [[Indie|Indii]] byla v březnu u 15–20 % zkoumaných vzorků zachycena nová varianta viru obsahující dvě významné mutace E484Q a L452R, které odpovídají za zvýšenou infekčnost viru a propůjčují viru vyšší odolnost vůči protilátkám. V dubnu již tvořila 61 % zachycených vzorků. Kromě ní se v Indii vyskytují mutace B.1.1.7, B.1.351 a P.1. V několika indických státech tvořila 33–50 % zachycených vzorků nová varianta viru s mutací N440K. Do března 2021 nebylo možné určit, zda odpovídá za rychlý růst počtu nakažených v několika regionech.<ref>[https://pib.gov.in/PressReleaseIframePage.aspx?PRID=1707177 Genome Sequencing by INSACOG shows variants of concern and a Novel variant in India, PIB Delhi, 24.3.2021]</ref> V Indii se v polovině dubnu 2021 nakazilo za jediný den až více než 200 000 obyvatel, celkem zemřelo 174 000 osob.<ref>https://www.seznamzpravy.cz/clanek/v-britanii-se-objevila-dvojita-mutace-koronaviru-u-vedcu-vyvolava-obavy-150958 Tato mutace koronaviru by nemusela reagovat na vakcíny, které jsou v současnosti k dispozici., Seznam Zprávy, 16.4.2021]</ref>
 
Ve indickém státě [[Maháráštra|Maharasthra]] byla třetí vlna pandemie spojena s variantou viru, který obsahuje současně tři nebezpečné mutace spike proteinu v doméně, kterou se váže na ACE receptor (RBD) – A484Q, T474K a L452R. Vědci analyzovali 598 kompletních genomů viru a kromě toho zkoumali krystalovou strukturu deseti mutantních spike proteinů s rozštěpeným furinovým místem v komplexu s ACE2 receptorem. Od ledna 2021 narůstala frekvence mutací L452R and E484Q v RBD a také další nesynonymní mutace mimo RBD: G142D a P681R a dále T19R, E154K, D614G, Q1071H, H1101D. Mutace přispívají ke stabilitě spike proteinu ve vodném prostředí (výměna hydrofobního L za hydrofilní R v pozici 452), usnadňují štěpení furinovou proteázou a následnou fúzi s membránou (P681R) nebo snižují účinnost terapeuticky užívaných monoklonálních protilátek (L452R a E484Q).<ref>[https://www.news-medical.net/news/20210427/Triple-mutation-in-SARS-CoV-2-seen-in-second-wave-of-COVID-19-in-India.aspx Lakshmi Supriya, Triple mutation in SARS-CoV-2 seen in second wave of COVID-19 in India, Medical, Life Science News, 27.4.2021]</ref>
 
=== Další varianty ===
Varianta 20A.EU1 se objevila počátkem léta 2020 ve Španělsku a turisté ji následně rozšířili po celé Evropě.<ref>{{Citace elektronického periodika
| příjmení2 = Zuber
| jméno2 = Moira
| příjmení3 = Nadeau
| jméno3 = Sarah
| titul = Emergence and spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020
| periodikum = medRxiv preprint
| url = https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.10.25.20219063v2.full.pdf
| doi = 10.1101/2020.10.25.20219063
| jazyk = anglicky
| jméno9 = Fernando González
| datum_přístupu = 2020-12-28
| datum_vydání = 2020-10-28
| jméno11 = Richard A.
| příjmení11 = Neher
| jméno10 = Tanja
| příjmení10 = Stadler
| příjmení1 = Hodcroft
| příjmení9 = Candelas
| jméno8 = Iñaki
| jméno1 = Emma B.
| jméno7 = Timothy G.
| příjmení7 = Vaughan
| jméno6 = David
| příjmení6 = Veesler
| jméno5 = Jesse D.
| příjmení5 = Bloom
| jméno4 = Katharine H. D.
| příjmení4 = Crawford
| příjmení8 = Comas
}}</ref>
 
V New Yorku se od listopadu 2020 rychle šířila nová varianta označovaná B.1.526. Kumuluje nebezpečné mutace spike proteinu, které odpovídají za nižší účinnost neutralizačních protilátek (E484K) a za vyšší afinitu k ACE2 receptoru na lidských buňkách (S477N).<ref>[https://outbreak.info/situation-reports?country=United%20States&division=California&division=New%20York&pango=B.1.526&muts=S%3AS477N&selected=Worldwide&selectedType=world B.1.526 Lineage with S:S477N Report, Outbreak info, 24.2.2021]</ref><ref>{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Mandavilli | jméno1 = Apoorva | titul = A New Coronavirus Variant Is Spreading in New York, Researchers Report | periodikum = The New York Times | odkaz na periodikum = The New York Times | vydavatel = The New York Times Company | datum vydání = 2021-02-24 | datum aktualizace = 2021-02-25 | url = https://www.nytimes.com/2021/02/24/health/coronavirus-variant-nyc.html | jazyk = en}}</ref> V polovině února 2021 tvořila varianta B.1.526 už 27 % nových virových sekvencí dodaných do databáze [[GISAID]].<ref>[https://nymag.com/intelligencer/2021/02/new-york-city-coronavirus-variant-b-1-526-what-we-know.html Matt Stieb, Everything We Know About the Coronavirus Variant Spreading in New York City, New York Intelligencer, 24.2.2021]</ref>
 
Dvě příbuzné kalifornské varianty viru, označované B.1.427 a B.1.429 / S:452R, způsobují vážnější průběh onemocnění, při kterém je třeba pacienty připojit na kyslíkovou podporu. Vyznačují se rovněž asi o 20 % vyšší infekčností a zvýšenou rezistencí vůči protilátkám získaných po prodělání onemocnění nebo po vakcinaci.<ref>[https://www.seznamzpravy.cz/clanek/nove-a-urputnejsi-vyzkousejte-si-jak-se-siri-varianty-covidu-150662 Jiří Burýšek, Pavel kasík, Nové a urputnější. Varianty viru se učí uhodnout heslo, v Česku měly příležitost, Seznam Zprávy, 17.4.2021]</ref>
V [[Bretaň|Bretani]] byla nalezena varianta covidu-19, kterou neodhalily běžné PCR testy a byla potvrzena až po odběru krve. Sekvenováním byla zjištěna u osmi z celkem 79 hospitalizovaných pacientů v nemocnici města [[Lannion]], a ukázalo se že jde o novou, dosud neznámou mutaci viru. K březnu 2021 chyběly údaje o infekčnosti nebo závažnosti onemocnění a nebylo známo, do jaké míry je proti této nové mutaci účinné očkování.<ref>[https://www.bloomberg.com/news/articles/2021-03-16/france-finds-variant-in-brittany-that-evades-standard-tests Marthe Fourcade, France Finds Covid-19 Variant That Evades Gold-Standard Tests, Bloomberg, 16.3.2021]</ref>
 
V Japonsku byla u turisty, který přicestoval z [[Filipíny|Filipín]], zachycena nová varianta SARS-CoV-2, prozatímně označovaná jako P.3 nebo VUI-21MAR-02(9.3), známá od 9. března a odlišná od britské, brazilské nebo jihoafrické varianty. Je považována za stejně nebezpečnou neboť může být odolnější vůči neutralizačním protilátkám získaným vakcinací.<ref>[https://www.japantimes.co.jp/news/2021/03/13/national/new-variant-philippines/ Japanese authorities discover a new coronavirus variant in traveler from Philippines, The japan Times, 13.3.2021]</ref> Nově byla filipínská varianta viru zanesena také do [[Anglie]]. Podle analýz obsahuje nová varianta epidemiologicky významné záměny E484K a N501Y. Na [[Filipíny|Filipínách]] byly předtím zachyceny všechny nové nakažlivější mutace, včetně B 1.1.7, B.1.351 a P 1.<ref>[https://www.novinky.cz/zahranicni/svet/clanek/v-anglii-se-objevila-filipinska-mutace-40354234 Alex Švamberk, V Anglii se objevila filipínská mutace, Novinky.cz, 17.3.2021]</ref>
 
=== Konkrétní záměny aminokyselin u nejvýznamnějších mutací ===
* '''D614G''' záměna [[Kyselina asparagová|kyseliny asparagové]] za [[glycin]] v pozici 614 spike-proteinu. Dominantní a nakažlivější varianta viru SARS-CoV-2 od července 2020, zejména v Evropě
* '''E484K''' záměna [[Kyselina glutamová|kyseliny glutamové]] za [[lysin]] v pozici 484 spike-proteinu. Vyskytuje se u vysoce infekčních variant viru P.1 a P.2 (B.1.1.248) z Japonska<ref>[https://www.novinky.cz/zahranicni/svet/clanek/v-japonsku-se-objevila-nova-mutace-40351543 Alex Švamberk, V Japonsku se objevila nová mutace, Novinky.cz, 19.2.2021]</ref> a Brazílie a u jihoafrické mutace 501.V2. Odpovídá za sníženou antigenicitu viru (tzv. ''escape mutation'') a snižuje vazbu neutralizačních protilátek 10-60násobně.
* '''N501Y''' záměna [[asparagin]]u za [[tyrosin]] v pozici 501 spike-proteinu, v místě kterým se váže na [[Angiotenzin konvertující enzym|receptor ACE2]] lidských buněk. Zvyšuje vazebnou afinitu spike-proteinu a tím i infekčnost této varianty SARS-CoV-2. Byla zjištěna u mutací označovaných jako P.1. (Japonsko, Brazílie), B.1.1.7, též známá jako Variant of Concern 202012/01 (Velká Británie a Evropa), 501.V2 (jižní Afrika) a COH.20G/501Y (dominantní v Columbus, Ohio, USA).
* '''L452R''' záměna [[leucin]]u za [[arginin]] v pozici 452 spike-proteinu. Charakteristická pro variantu viru B.1.429 dominantní v Kalifornii. Odstraňuje hydrofobní interakci v sousedství pozice 452 a je zřejmě odpovědná za vyšší stabilitu spike-proteinu ve vodném prostředí.
* '''S477N''' záměna [[serin]]u za [[asparagin]] v pozici 477 spike-proteinu. Odpovídá za vyšší vazebnou afinitu k receptoru ACE2.
* '''F888L''' záměna [[fenylalanin]]u za [[leucin]] v S2 subjednotce spike proteinu sousedící s membránou. Podobná záměna v pozici 870 se objevila u pacienta s přetrvávajícím onemocněním covid-19 a je patrně odpovědná za rezistenci vůči protilátkám.
* '''Q677H''' záměna [[glutamin]]u za [[histidin]]. Zvyšuje stabilitu komplexu S1 a S2 podjednotek a patrně tak podporuje otevřenou konformaci vazebné domény spike proteinu a tím zvyšuje infekčnost viru.
 
=== Rekombinantní mutace ===
Při současné replikaci dvou variant viru v jedné buňce může dojít k vzájemné rekombinaci a skokové evoluci vlastností viru. Tuto událost, kterou je možno zjistit pouze důslednou sekvenací genomů, se podařilo potvrdit počátkem února 2021 Bette Korber z [[Národní laboratoř Los Alamos|Národní laboratoře Los Alamos]] ve Spojených státech amerických. Rekombinantní virus, který vznikl mechanismem přepnutí šablon (template switching) během replikace, nese deleci Δ69/70 „britské“ varianty, která zřejmě zvyšuje infekčnost a mutaci L452R „kalifornské“ varianty, která zřejmě souvisí s odolností vůči protilátkám po nemoci.<ref>[https://www.osel.cz/11600-kalifornske-monstrum-rekombinantni-covid-kombinuje-britsky-a-kalifornsky.html Stanislav Mihulka, Monstrum: Z „britského“ a „kalifornského“ vznikl rekombinantní covid, Osel.cz, 16.2.2021]</ref>
 
== Strukturní biologie ==
Citováno z „https://cs.wikipedia.org/wiki/SARS-CoV-2“