Starší osídlení v lokalitě obce potvrzují archeolgickéarcheologické nálezy z období paleolitu, eneolitného sídliště s kanelovanou keramikou, sídliště laténské a slovanského z doby velkomoravské. První písemná zmínka o obci je z roku 1156 (''Gyrki''), kdy zdejší desítek připadl Ostrihomské kapitule, která v roce 1279 získala téměř celou obec. Od roku 1512 obec uvádějí pod názvem ''Gyerk''. V roce 1552 Turci obsadili celé okolí a obec velmi poškodily. Přestože s velkými ztrátami, Hrkovce přes 130leté panování Turků přežili. V roce 1664 již mohli Turci zdaněny jen 88 osob obce (mužů nad 15 let). Uprostřed obce stál již v 12. století kostel, který v roce 1808 padl za oběť požáru. Spolu s ním shořela i většina domů se slaměnou střechou. Obyvatelé se zabírali zemědělstvím, vinohradnictvím a rybolovem. Později se zde rozšířilo Košíkářství. V letech 1938 - 44 byla obec připojena k Maďarsku. Od 1. ledna v roce 1980 ji přičlenili k Saham, Ale od 1. dubna v roce 1998 se opět stala samostatnou obcí.
