Město založil izraelský král [[OmriOmrí (král)|Omrí]] (886 – 875 př. n. l.) a učinil z něj hlavní město "severního" [[Izraelské království|Izraelského království]], místo dřívějšího města Tirza. Bylo dobyto a zničeno v roce [[722 př. n. l.]] [[Asýrie|asyrským]] králem [[Salmanassar V.|Salmanassarem V]] a král Sargon II. odvedl bohatší obyvatele do Babylonu a nahradil je mezopotámskými přistěhovalci. Ti sice časem patrně přijali izraelské náboženství a [[Tóra|Tóru]], ovšem s jistými odlišnostmi. [[Samaritánský Pentateuch]] je psán zvláštním písmem a text se často shoduje s odchylkami řeckého překladu (Septuaginta). Centrem samařské bohoslužby se stala blízká hora [[Garizim]], kde podle izraelských pověstí měl [[Abrahám]] obětovat syna [[Izák]]a. Tím patrně začalo napětí až nepřátelství mezi Samařany a judskými Židy. Město se stalo centrem babylonské a pak asyrské provincie ''Samerina''. Za [[Perská říše|perské]] vlády (od konce 6. do konce 4. století př. n. l.) bylo Samaří sídlem rodu [[Sanballat]]ovců, správců na území bývalého [[Judsko|Judska]] a Izraele. Když se Izraelci v 6. století př. n. l. začali vracet z babylonského zajetí, Samařané také nabízeli pomoc při obnově jeruzalémského chrámu, byli však odmítnuti.{{citát bible|Ezd|4|1}} Město dobyl [[Alexandr Veliký]] a roku 107 př. n. l. je zbořil [[Hasmoneovské království|Hasmoneovec]] [[Jan Hyrkán]]. Císař [[Augustus]] je věnoval králi [[Herodes Veliký|Herodovi]], který je obnovil a rozšířil a k poctě Augustově nazval ''Sebasté''. Když však roku 72 založil císař [[Vespasián]] v sousedství město ''[[Náblus|Flavia Neapolis]]'', ztratila Samarie-Sebasté význam a v byzantské době byla definitivně opuštěna.
