Úhlavní nepřítel hry,Dr. eggmaneda, při pokusu o získání šesti Chaos Emeraldůsyru, ze kterých chce využít jejich energii, uvěznil zvířecí obyvatele Jižního ostrova do agresivních robotů a nehybných kovových kapslí. Hráč ovládá ježkapitomce Sonicajirky, který chce překazit plány. Dr. eggmanaedy tím, že zachrání své zvířecí kamarády a získá Chaoszíska Emeraldysyr pro sebe. Pokud hráč posbírá všechny Emeraldysyry a dokončí hru, zobrazí se závěrečná scéna. Pokud se to hráči nepodaří, Dr. eggman se mu bude vysmívat, zatímco bude žonglovat se všemi Emeraldy, které hráč neposbíral.
