Masarykova univerzita se v současnosti skládá z devítideseti [[Fakulta|fakult]]. Čtyři z nich byly založeny již při vzniku univerzity v roce 1919, jsou to [[Právnická fakulta Masarykovy univerzity|Právnická fakulta]] (zkratkou PrF), [[Lékařská fakulta Masarykovy univerzity|Lékařská fakulta]] (LF), [[Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity|Přírodovědecká fakulta]] (PřF) a [[Filozofická fakulta Masarykovy univerzity|Filozofická fakulta]] (FF). Po [[druhá světová válka|druhé světové válce]] vznikla roku 1946 [[Pedagogická fakulta Masarykovy univerzity|Pedagogická fakulta]] (PdF), jejíž založení bylo plánováno již při vzniku univerzity, ale zůstalo tehdy jen ve stádiu úvah. Po [[sametová revoluce|sametové revoluci]] došlo v reakci na změněné politicko-hospodářské poměry k založení [[Ekonomicko-správní fakulta Masarykovy univerzity|Ekonomicko-správní fakulty]] (ESF, 1990). V roce 1994 se z Přírodovědecké fakulty vydělila [[Fakulta informatiky Masarykovy univerzity|Fakulta informatiky]] (FI), v roce 1998 oddělením od Filozofické fakulty vznikla [[Fakulta sociálních studií Masarykovy univerzity|Fakulta sociálních studií]] (FSS) a roku 2002 byla založena dosud nejmladší [[Fakulta sportovních studií Masarykovy univerzity|Fakulta sportovních studií]] (FSpS).
Právnická fakulta v důsledku politických změn krátce po [[Únor 1948|nástupu komunismu]] roku 1950 zanikla a obnovena byla až v roce 1969. Pedagogická fakulta byla roku 1953 vyčleněna jako samostatná [[Vyšší pedagogická škola v Brně]] a posléze od roku 1959 fungovala jako tzv. [[Pedagogický institut v Brně]], než se v roce 1964 vrátila do svazku univerzity.
